Explore les fonctions énergétiques empiriques, les potentiels de liaison, les interactions de van der Waals et la loi de Coulomb dans les interactions moléculaires.
Plonge dans les principes de repliement des protéines, en mettant l'accent sur le rôle de la séquence dans la détermination de la structure et l'exploration de la thermodynamique et des interactions intermoléculaires.
Couvre la simulation MD de la miniprotéine Trp-cage, en mettant l'accent sur la modélisation implicite des solvants et l'analyse pratique des résultats de simulation.
Explore des sujets de physique avancée comme la cinématique en 3D, les coordonnées non-cartésiennes, et des exemples pratiques de collisions et de combats de boules de neige.
Explore les simulations de dynamique moléculaire sous des contraintes holonomiques, en se concentrant sur l'intégration numérique et la formulation d'algorithmes.
Explore les structures protéiques, les principes de pliage et les déterminants de séquence, en mettant l'accent sur les diverses structures tridimensionnelles que les protéines peuvent adopter.
