InfectionAn infection is the invasion of tissues by pathogens, their multiplication, and the reaction of host tissues to the infectious agent and the toxins they produce. An infectious disease, also known as a transmissible disease or communicable disease, is an illness resulting from an infection. Infections can be caused by a wide range of pathogens, most prominently bacteria and viruses. Hosts can fight infections using their immune systems. Mammalian hosts react to infections with an innate response, often involving inflammation, followed by an adaptive response.
Loi binomiale négativeEn probabilité et en statistiques, une loi binomiale négative est la distribution de probabilité discrète du nombre d'échecs dans une série d'épreuves de Bernoulli indépendantes et identiquement distribuées jusqu'à avoir un nombre fixe n de succès. Par exemple, c'est la distribution de probabilité du nombre de piles obtenus dans une série de pile ou face jusqu'à avoir vu n faces. Plus précisément, elle décrit la situation suivante : une expérience consiste en une série de tirages indépendants, donnant un succès avec probabilité p (constante durant toute l'expérience) et un échec avec une probabilité complémentaire 1-p.
OverdispersionIn statistics, overdispersion is the presence of greater variability (statistical dispersion) in a data set than would be expected based on a given statistical model. A common task in applied statistics is choosing a parametric model to fit a given set of empirical observations. This necessitates an assessment of the fit of the chosen model. It is usually possible to choose the model parameters in such a way that the theoretical population mean of the model is approximately equal to the sample mean.
Maladie infectieuse émergenteUne maladie infectieuse émergente est une maladie causée par un agent infectieux (d'origine bactérienne, virale, parasitaire, fongique ou un prion) ou présumée telle, inattendue, affectant l'humain ou l'animal ou les deux. Elle est inattendue parce qu'elle est réellement nouvelle (nouvel agent infectieux), ou parce que son identification est récente (nouvelle capacité à faire le diagnostic), ou parce que son agent infectieux s'est modifié en acquérant de nouvelles caractéristiques (nouvelle expression clinique ou épidémiologique, gravité modifiée, résistances aux traitements, etc.
Bactériémievignette|Relation entre SRIS et septicémie. La bactériémie est définie par la présence d'une bactérie pathogène dans le sang circulant, authentifiée par des hémocultures positives. Cette présence peut être éphémère ou chronique et peut être accompagnée de signes cliniques ou non. Une bactériémie peut être le point de départ d'un syndrome de réponse inflammatoire systémique (SRIS), d'un sepsis sévère ou non, voire dans les cas les plus graves d'un choc septique.
Modèles compartimentaux en épidémiologieLes modèles mathématiques de maladies infectieuses, d'abord outils purement théoriques, ont commencé à être mis en pratique avec le problème du SIDA dans les années 1980. Lors de la pandémie Covid 19, les modélisations mathématiques ont connu un essor lors de la prise de décision relatives aux politiques de santé publique et a également contribué à l'épidémiosurveillance de la maladie. Bien avant cela, depuis la pandémie de grippe espagnole, des modèles compartimentaux sont utilisés pour faciliter les calculs de probabilité de contagion.
Mathematical modelling of infectious diseasesMathematical models can project how infectious diseases progress to show the likely outcome of an epidemic (including in plants) and help inform public health and plant health interventions. Models use basic assumptions or collected statistics along with mathematics to find parameters for various infectious diseases and use those parameters to calculate the effects of different interventions, like mass vaccination programs. The modelling can help decide which intervention(s) to avoid and which to trial, or can predict future growth patterns, etc.
Régression de PoissonEn statistique, la régression de Poisson est un modèle linéaire généralisé utilisé pour les données de comptage et les tableaux de contingence. Cette régression suppose que la variable réponse Y suit une loi de Poisson et que le logarithme de son espérance peut être modélisé par une combinaison linéaire de paramètre inconnus. Soit un vecteur de variables indépendantes, et la variable que l'on cherche à prédire. Réaliser une régression de Poisson revient à supposer que suit une loi de Poisson de paramètre , avec et les paramètres de la régression à estimer, et le produit scalaire standard de .
Recherche des contactsLa recherche des contacts, identification des contacts ou traçage des contacts est le processus d'identification des personnes susceptibles d'avoir été en contact avec une personne infectée par une maladie infectieuse et la collecte ultérieure d'informations supplémentaires sur ces contacts. Elle a pour objectif principal la réduction des infections dans une population, en cherchant l'origine de l'infection (traçage rétrospectif) et/ou les potentielles infections supplémentaire qui ont pu en découler (traçage prospectif).
Loi bêta-binomialeEn théorie des probabilités, la loi bêta-binomiale est une loi de probabilité discrète à support fini, correspondant à un processus de tirages Bernoulli dont la probabilité de succès est aléatoire (suivant une loi bêta). Elle est fréquemment utilisée en inférence bayésienne. La loi de Bernoulli en est un cas particulier pour le paramètre n = 1. Pour α = β = 1, elle correspond à la loi uniforme discrète sur {0,..,n} . Elle approche également la loi binomiale lorsque les paramètres α et β sont arbitrairement grands.
Vertically transmitted infectionA vertically transmitted infection is an infection caused by pathogenic bacteria or viruses that use mother-to-child transmission, that is, transmission directly from the mother to an embryo, fetus, or baby during pregnancy or childbirth. It can occur when the mother has a pre-existing disease or becomes infected during pregnancy. Nutritional deficiencies may exacerbate the risks of perinatal infections. Vertical transmission is important for the mathematical modelling of infectious diseases, especially for diseases of animals with large litter sizes, as it causes a wave of new infectious individuals.
Distanciation physiquevignette|Respect des distances physiques dans la (avec marquage au sol) d'un bureau de poste à Genève en avril 2020. lang=fr|vignette|Affiche de l'Office suisse de la santé publique recommandant de « garder ses distances » pendant la pandémie de coronavirus de 2019-2020. vignette|alt=Alignements de petits cercles blancs, certains vides, certains occupés par une personne.|Marquages au sol pour favoriser le respect des distances physiques au Dolores Park de San Francisco. Mai 2020.
InfectiologieL'infectiologie est une spécialité médicale traitant du diagnostic, du contrôle et du traitement des infections. Le travail d'un infectiologue consiste en grande partie à gérer les infections nosocomiales (acquises à l'hôpital), mais peut aussi impliquer des consultations externes. Les infectiologues sont généralement des consultants auprès d'autres médecins en cas d'infections complexes, et gèrent souvent les patients atteints du SIDA et autres formes d'immunodéficience.
Maladie opportunisteAn opportunistic infection is an infection caused by pathogens (bacteria, fungi, parasites or viruses) that take advantage of an opportunity not normally available. These opportunities can stem from a variety of sources, such as a weakened immune system (as can occur in acquired immunodeficiency syndrome or when being treated with immunosuppressive drugs, as in cancer treatment), an altered microbiome (such as a disruption in gut microbiota), or breached integumentary barriers (as in penetrating trauma).
Nombre de reproduction de baseEn épidémiologie, le nombre de reproduction de base ou (ratio 0) d'une infection peut être défini comme le nombre moyen attendu de cas directement générés par un cas dans une population où tous les individus sont sensibles à l'infection. C'est un paramètre permettant de modéliser l'évolution d'une épidémie au fil du temps, en supposant que le facteur pathogène ne mute pas et que l'immunité acquise dure au-delà de la période épidémique.
Dirichlet negative multinomial distributionIn probability theory and statistics, the Dirichlet negative multinomial distribution is a multivariate distribution on the non-negative integers. It is a multivariate extension of the beta negative binomial distribution. It is also a generalization of the negative multinomial distribution (NM(k, p)) allowing for heterogeneity or overdispersion to the probability vector. It is used in quantitative marketing research to flexibly model the number of household transactions across multiple brands.
Compound Poisson distributionIn probability theory, a compound Poisson distribution is the probability distribution of the sum of a number of independent identically-distributed random variables, where the number of terms to be added is itself a Poisson-distributed variable. The result can be either a continuous or a discrete distribution. Suppose that i.e., N is a random variable whose distribution is a Poisson distribution with expected value λ, and that are identically distributed random variables that are mutually independent and also independent of N.
ZoonoseLes zoonoses sont des maladies et infections dont les agents se transmettent naturellement des animaux à l'humain, et vice-versa. Le terme a été créé au , à partir du grec ζῷον zôon, « animal » et νόσος nósos, « maladie », par Rudolf Virchow. Il couvre les zooanthroponoses (transmission de l’humain à l'animal) et les anthropozoonoses (transmission de l’animal à l'humain). D'un point de vue pratique, l'étude des zoonoses est principalement motivée dans le second cas, quand l'animal joue un rôle dans la transmission de l’agent pathogène d'une maladie affectant la santé humaine.
Immunité (médecine)En biologie et en médecine, l'immunité, est la capacité (naturelle ou acquise) d'un organisme à se défendre contre des substances étrangères et des agents infectieux (bactéries, virus, parasites). C'est l'une des principales lignes de défenses biologiques. Elle est mobilisée pour combattre l'infection et les maladies infectieuses, ou toute intrusion biologique indésirable, tout en présentant une certaine tolérance immunologique (nécessaire pour éviter l'allergie et la maladie auto-immune et empêcher le rejet de l'embryon/foetus par l'organisme de la mère).
Méthode de rejetLa méthode du rejet est une méthode utilisée dans le domaine des probabilités. La méthode de rejet est utilisée pour engendrer indirectement une variable aléatoire , de densité de probabilité lorsqu'on ne sait pas simuler directement la loi de densité de probabilité (c'est le cas par exemple si n'est pas une densité classique, mais aussi pour la loi de Gauss). Soit un couple de variables aléatoires indépendantes tirées selon une loi uniforme, i.e. est un point tiré uniformément dans le carré unité.
