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Récupération des propriétés dynamiques: Méthodes Intégrales de Chemin

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Description

Cette séance de cours porte sur l'utilisation des méthodes intégrées du chemin dans la modélisation atomistique, en mettant l'accent sur les méthodes généralisées d'équation langevine (GLE). L'instructeur explique la déconvolution des spectres GLE pour prédire et extraire les propriétés dynamiques non perturbées de la dynamique moléculaire thermostatée (MD). La séance de cours traite également de l'application de la déconvolution au thermostat quantique et à la dynamique quantique, ainsi qu'aux simulations PIGLET. La principale solution est la capacité de récupérer des propriétés dynamiques approximatives de la dynamique GLE, y compris la dynamique quantique accélérée GLE, montrant l'extrême flexibilité du cadre GLE.

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Concepts associés (18)

Dynamique moléculaire

La dynamique moléculaire est une technique de simulation numérique permettant de modéliser l'évolution d'un système de particules au cours du temps. Elle est particulièrement utilisée en sciences des matériaux et pour l'étude des molécules organiques, des protéines, de la matière molle et des macromolécules. En pratique, la dynamique moléculaire consiste à simuler le mouvement d'un ensemble de quelques dizaines à quelques milliers de particules dans un certain environnement (température, pression, champ électromagnétique, conditions aux limites.

Modélisation moléculaire

thumb|Animation d'un modèle compact d'ADN en forme B|327x327px|alt=Modèle de l'ADN en forme B La modélisation moléculaire est un ensemble de techniques pour modéliser ou simuler le comportement de molécules. Elle est utilisée pour reconstruire la structure tridimensionnelle de molécules, en particulier en biologie structurale, à partir de données expérimentales comme la cristallographie aux rayons X. Elle permet aussi de simuler le comportement dynamique des molécules et leur mouvements internes.

Coarse-grained modeling

Coarse-grained modeling, coarse-grained models, aim at simulating the behaviour of complex systems using their coarse-grained (simplified) representation. Coarse-grained models are widely used for molecular modeling of biomolecules at various granularity levels. A wide range of coarse-grained models have been proposed. They are usually dedicated to computational modeling of specific molecules: proteins, nucleic acids, lipid membranes, carbohydrates or water.

Predictive modelling

Predictive modelling uses statistics to predict outcomes. Most often the event one wants to predict is in the future, but predictive modelling can be applied to any type of unknown event, regardless of when it occurred. For example, predictive models are often used to detect crimes and identify suspects, after the crime has taken place. In many cases, the model is chosen on the basis of detection theory to try to guess the probability of an outcome given a set amount of input data, for example given an email determining how likely that it is spam.

Analyse prédictive

L'analyse (ou logique) prédictive englobe une variété de techniques issues des statistiques, d'extraction de connaissances à partir de données et de la théorie des jeux qui analysent des faits présents et passés pour faire des hypothèses prédictives sur des événements futurs. Dans le monde des affaires, des modèles prédictifs exploitent des schémas découverts à l'intérieur des ensembles de données historiques et transactionnelles pour identifier les risques et les opportunités.

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Séances de cours associées (39)

Équations langevines généralisées

Explore les équations généralisées de Langevin et leurs implications computationnelles dans les simulations de dynamique moléculaire, en mettant l'accent sur l'impact des détails sonores sur les trajectoires des particules.

Combiner les GLE et les PIMD

Explore la combinaison de GLE et PIMD pour des simulations rapides et précises dans la modélisation atomistique.

Dynamique moléculaire et intégrateurs

Explore la dynamique moléculaire, les intégrateurs, la génération de trajectoires et la surveillance des erreurs dans la modélisation atomistique.

Échantillonnage Equilibre GLE

Explore l'optimisation de l'efficacité d'échantillonnage Equilibrium GLE et des thermostats sur mesure dans la modélisation atomistique.

Dynamique moléculaire et Monte Carlo

Couvre les méthodes de calcul des systèmes moléculaires à température finie, en mettant l'accent sur l'échantillonnage stochastique et les simulations d'évolution du temps.

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Modélisation moléculaire

Coarse-grained modeling

Predictive modelling

Analyse prédictive

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