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Séance de cours

Équations langevines généralisées

Description

Cette séance de cours couvre le concept des équations généralisées de Langevin, en se concentrant sur les formulations non markoviennes et leurs implications computationnelles dans les simulations de dynamique moléculaire. L'instructeur discute de la cartographie de la dynamique non markovienne sur la dynamique markovienne dans un espace de phase étendu, soulignant l'impact significatif des détails sonores sur les trajectoires des particules.

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Concepts associés (26)

Dynamique moléculaire

La dynamique moléculaire est une technique de simulation numérique permettant de modéliser l'évolution d'un système de particules au cours du temps. Elle est particulièrement utilisée en sciences des matériaux et pour l'étude des molécules organiques, des protéines, de la matière molle et des macromolécules. En pratique, la dynamique moléculaire consiste à simuler le mouvement d'un ensemble de quelques dizaines à quelques milliers de particules dans un certain environnement (température, pression, champ électromagnétique, conditions aux limites.

Modélisation moléculaire

thumb|Animation d'un modèle compact d'ADN en forme B|327x327px|alt=Modèle de l'ADN en forme B La modélisation moléculaire est un ensemble de techniques pour modéliser ou simuler le comportement de molécules. Elle est utilisée pour reconstruire la structure tridimensionnelle de molécules, en particulier en biologie structurale, à partir de données expérimentales comme la cristallographie aux rayons X. Elle permet aussi de simuler le comportement dynamique des molécules et leur mouvements internes.

Chimie numérique

La chimie numérique ou chimie informatique, parfois aussi chimie computationnelle, est une branche de la chimie et de la physico-chimie qui utilise les lois de la chimie théorique exploitées dans des programmes informatiques spécifiques afin de calculer structures et propriétés d'objets chimiques tels que les molécules, les solides, les agrégats atomiques (ou clusters), les surfaces, etc., en appliquant autant que possible ces programmes à des problèmes chimiques réels.

Coarse-grained modeling

Coarse-grained modeling, coarse-grained models, aim at simulating the behaviour of complex systems using their coarse-grained (simplified) representation. Coarse-grained models are widely used for molecular modeling of biomolecules at various granularity levels. A wide range of coarse-grained models have been proposed. They are usually dedicated to computational modeling of specific molecules: proteins, nucleic acids, lipid membranes, carbohydrates or water.

Open quantum system

In physics, an open quantum system is a quantum-mechanical system that interacts with an external quantum system, which is known as the environment or a bath. In general, these interactions significantly change the dynamics of the system and result in quantum dissipation, such that the information contained in the system is lost to its environment. Because no quantum system is completely isolated from its surroundings, it is important to develop a theoretical framework for treating these interactions in order to obtain an accurate understanding of quantum systems.

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Séances de cours associées (31)

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