Séance de cours

Dynamique moléculaire et intégrateurs

Graph Chat

Chattez avec Graph Search

Posez n’importe quelle question sur les cours, conférences, exercices, recherches, actualités, etc. de l’EPFL ou essayez les exemples de questions ci-dessous.

AVERTISSEMENT : Le chatbot Graph n'est pas programmé pour fournir des réponses explicites ou catégoriques à vos questions. Il transforme plutôt vos questions en demandes API qui sont distribuées aux différents services informatiques officiellement administrés par l'EPFL. Son but est uniquement de collecter et de recommander des références pertinentes à des contenus que vous pouvez explorer pour vous aider à répondre à vos questions.

Description

Cette séance de cours porte sur les méthodes intégrales de la modélisation atomistique, axées sur la dynamique moléculaire et l'échantillonnage. L'instructeur explique comment les équations de Hamilton génèrent des trajectoires qui n'obéissent pas à l'équilibre détaillé mais remplissent les conditions nécessaires. Différents intégrateurs, tels que le Verlet à vitesse symétrique-split, sont discutés pour l'intégration discrète des étapes temporelles. La séance de cours porte également sur les erreurs de surveillance de l'intégration, la conservation de l'énergie dans le MD d'Hamilton et l'importance de contrôler les erreurs d'étapes temporelles dans les simulations de MD.

Source officielle

Proximité ontologique

Physique

Thermodynamique: Statistical mechanics

Concepts associés (32)

Distribution de Boltzmann

En physique statistique, la distribution de Boltzmann prédit la fonction de distribution pour le nombre fractionnaire de particules Ni / N occupant un ensemble d'états i qui ont chacun pour énergie Ei : où est la constante de Boltzmann, T est la température (postulée comme étant définie très précisément), est la dégénérescence, ou le nombre d'états d'énergie , N est le nombre total de particules : et Z(T) est appelée fonction de partition, qui peut être considérée comme égale à : D'autre part, pour un systè

Dynamique moléculaire

La dynamique moléculaire est une technique de simulation numérique permettant de modéliser l'évolution d'un système de particules au cours du temps. Elle est particulièrement utilisée en sciences des matériaux et pour l'étude des molécules organiques, des protéines, de la matière molle et des macromolécules. En pratique, la dynamique moléculaire consiste à simuler le mouvement d'un ensemble de quelques dizaines à quelques milliers de particules dans un certain environnement (température, pression, champ électromagnétique, conditions aux limites.

Statistical mechanics

In physics, statistical mechanics is a mathematical framework that applies statistical methods and probability theory to large assemblies of microscopic entities. It does not assume or postulate any natural laws, but explains the macroscopic behavior of nature from the behavior of such ensembles. Sometimes called statistical physics or statistical thermodynamics, its applications include many problems in the fields of physics, biology, chemistry, and neuroscience.

Loi de distribution des vitesses de Maxwell

En théorie cinétique des gaz, la loi de distribution de vitesses de Maxwell quantifie la répartition statistique des vitesses des particules dans un gaz homogène à l'équilibre thermodynamique. Les vecteurs vitesse des particules suivent une loi normale. Cette loi a été établie par James Clerk Maxwell en 1860 et confirmée ultérieurement par Ludwig Boltzmann à partir de bases physiques qui fondent la physique statistique en 1872 et 1877.

Modélisation moléculaire

thumb|Animation d'un modèle compact d'ADN en forme B|327x327px|alt=Modèle de l'ADN en forme B La modélisation moléculaire est un ensemble de techniques pour modéliser ou simuler le comportement de molécules. Elle est utilisée pour reconstruire la structure tridimensionnelle de molécules, en particulier en biologie structurale, à partir de données expérimentales comme la cristallographie aux rayons X. Elle permet aussi de simuler le comportement dynamique des molécules et leur mouvements internes.

Afficher plus

Séances de cours associées (64)

Dynamique moléculaire sous contraintes

Explore les simulations de dynamique moléculaire sous des contraintes holonomiques, en se concentrant sur l'intégration numérique et la formulation d'algorithmes.

Dynamique moléculaire et Monte Carlo

Couvre les méthodes de calcul des systèmes moléculaires à température finie, en mettant l'accent sur l'échantillonnage stochastique et les simulations d'évolution du temps.

Modélisation informatique atomistique des matériaux : simulation et échantillonnage

Couvre la simulation et l'échantillonnage dans la modélisation informatique atomistique des matériaux.

Path Integral Methods: Convergence et techniques de calcul

Couvre les méthodes intégrales de chemin, en se concentrant sur la convergence et les techniques de calcul pour les systèmes quantiques.

Bases de la dynamique moléculaire

Couvre les bases de la dynamique moléculaire, y compris l'intégrateur Verlet et les conditions de limites périodiques.

Afficher plus

Concepts associés (32)

Distribution de Boltzmann

Dynamique moléculaire

Statistical mechanics

Loi de distribution des vitesses de Maxwell

Modélisation moléculaire

Afficher plus