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Séance de cours

Séquençage d'ARNm unicellulaire

Dans cours

MICRO-560: BioMEMS

This course covers the main applications of micro devices for life science and biomedical applications. The course is organized by application topic. It is also covering the basic physical, biological, chemical, technological concepts, which are presented ...

Description

Cette séance de cours couvre la méthode Drop Seq pour le séquençage de l'ARNm unicellulaire, qui implique des perles codées par code-barres avec des amorces uniques pour amplifier l'ARNm à partir de cellules individuelles, créant des gouttelettes avec des cellules et des perles pour le séquençage. Le processus comprend la lyse cellulaire, l'hybridation des ARNm, la création de codes à barres cellulaires et la génération de bibliothèques. En outre, il compare RNA Microarray avec le séquençage de l'ARN, soulignant les différences dans la détection, la quantification et les exigences de traitement des données.

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Enseignant·e

Philippe Renaud

Philippe Renaud is Professor at the Microsystem Laboratory (LMIS4) at EPFL. He is also the scientific director of the EPFL Center of MicroNanoTechnology (CMI). His main research area is related to micronano technologies in biomedical applications (BioMEMS) with emphasis on cell-chips, nanofluidics and bioelectronics. Ph. Renaud is invloved in many scientifics papers in his research area. He received his diploma in physics from the University of Neuchâtel (1983) and his Ph.D. degree from the University of Lausanne (1988). He was postdoctoral fellow at University of California, Berkeley (1988-89) and then at the IBM Zürich Research Laboratory in Switzerland (1990-91). In 1992, he joined the Sensors and Actuators group of the Swiss Center for Electronics and Microtechnology (CSEM) at Neuchâtel, Switzerland. He was appointed assistant professor at EPFL in 1994 and full professor in 1997. In summer 1996, he was visiting professor at the Tohoku University, Japan. Ph. Renaud is active in several scientific committee (scientific journals, international conferences, scientific advisory boards of companies, PhD thesis committee). He is also co-founder of the Nanotech-Montreux conference. Ph. Renaud is committed to valorization of basic research through his involvement in several high-tech start-up companies.

Source officielle

Proximité ontologique

Biologie

Génétique: Génomique

Concepts associés (30)

Séquençage de l'ADN

cadre|Résultat du séquençage par la méthode de Sanger. L'ordre de chaque bande indique la position d'un nucléotide A,T,C ou G Le séquençage de l'ADN consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné. La séquence d’ADN contient l’information nécessaire aux êtres vivants pour survivre et se reproduire. Déterminer cette séquence est donc utile aussi bien pour les recherches visant à savoir comment vivent les organismes que pour des sujets appliqués.

Microarray

A microarray is a multiplex lab-on-a-chip. Its purpose is to simultaneously detect the expression of thousands of biological interactions. It is a two-dimensional array on a solid substrate—usually a glass slide or silicon thin-film cell—that assays (tests) large amounts of biological material using high-throughput screening miniaturized, multiplexed and parallel processing and detection methods. The concept and methodology of microarrays was first introduced and illustrated in antibody microarrays (also referred to as antibody matrix) by Tse Wen Chang in 1983 in a scientific publication and a series of patents.

Puce à ADN

thumb|upright=1.2|Principe d'utilisation de la puce à ADN. Une puce à ADN est un ensemble de molécules d'ADN fixées en rangées ordonnées sur une petite surface qui peut être du verre, du silicium ou du plastique. Cette biotechnologie récente permet d'analyser le niveau d'expression des gènes (transcrits) dans une cellule, un tissu, un organe, un organisme ou encore un mélange complexe, à un moment donné et dans un état donné par rapport à un échantillon de référence.

Quantification (logique)

vignette|Symboles mathématiques des deux quantificateurs logiques les plus courants.|236px En mathématiques, les expressions « pour tout » (ou « quel que soit ») et « il existe », utilisées pour formuler des propositions mathématiques dans le calcul des prédicats, sont appelées des quantifications. Les symboles qui les représentent en langage formel sont appelés des quantificateurs (ou autrefois des quanteurs). La quantification universelle (« pour tout ... » ou « quel que soit ... ») se dénote par le symbole ∀ (un A à l'envers).

Whole genome sequencing

Whole genome sequencing (WGS), also known as full genome sequencing, complete genome sequencing, or entire genome sequencing, is the process of determining the entirety, or nearly the entirety, of the DNA sequence of an organism's genome at a single time. This entails sequencing all of an organism's chromosomal DNA as well as DNA contained in the mitochondria and, for plants, in the chloroplast. Whole genome sequencing has largely been used as a research tool, but was being introduced to clinics in 2014.

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Séances de cours associées (33)

Données disponibles sur les atlas du cerveau humain d'Allen

Couvre les données disponibles sur les atlas du cerveau humain Allen, y compris l'analyse de l'expression génétique et l'Atlas BrainSpan.

Analyse des données génomiques : techniques et applications

Couvre les techniques de mesure de l'expression génique et les méthodes d'analyse en génomique.

Normalisation quantitative en génomique

Explore la normalisation quantile en génomique, en mettant l'accent sur la préparation des données, le chargement, le filtrage et l'importance d'une analyse précise de l'expression des gènes.

Introduction à la neuroinformatique MOOC: Simulation de la neuroscience

Couvre les données neurosciences hétérogènes, les techniques comme les microarrays et le séquençage des gènes, l'intégration des données, et l'importance des métadonnées dans l'organisation et le partage des données.

Techniques d'analyse ADN

Explore l'importance des techniques d'analyse de l'ADN dans les soins de santé et l'industrie alimentaire.

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