Séance de cours

Normalisation quantitative en génomique

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Dans cours

BIO-373: Genetics and genomics

The theoretical part of this course covers classical genetics and contemporary genomics. Because bioinformatics has become important for genomic research, the course also includes practical applications to genomic analyses using Python, including group pro ...

Description

Cette séance de cours couvre le concept de normalisation quantile en génomique, en se concentrant sur le processus de préparation de l'environnement R, le chargement et le filtrage des données, et la réalisation de la normalisation quantile. L'instructeur explique l'importance de normaliser les données pour assurer une analyse et une interprétation précises des niveaux d'expression des gènes dans les expériences de séquençage de l'ARN unicellulaire.

Enseignant·e·s (2)

Bart Deplancke

Enseignement et PhD Doctorant·es actuel·les Wenyu Liu, Théo Nass, Augoustina Maria Economou, Horia Hashimi, Timothée Ferrari, Loïc David, Laurine Cécile Florentine Van Gijn, Angelika Gebhart, Camille Lucie Germaine Lambert, Marie Denise Rumpler, Antoni Jakub Gralak, Elisa Bugani, Geoffray Marie-Devillard A dirigé les thèses EPFL de Jovan Simicevic, Carine Delattre-Gubelmann, Andreas Massouras, Irina Krier, Alina Isakova, Sebastian Martin Waszak, Rachana Narendra Pradhan, Adamandia Kapopoulou, Roel Bevers,

Jacques Fellay

Jacques Fellay is a medical scientist with expertise in infectious diseases and human genomics. He obtained his MD from the University of Lausanne in 2002 and his PhD from University of Utrecht. After a clinical training in infectious diseases in Switzerland and a 4-years postdoctoral fellowship at Duke University, he joined the EPFL in April 2011 with an SNF Professorship. On top of his EPFL affiliation, Jacques is also Head of Precision Medicine at the University Hospital (CHUV) in Lausanne, Group Leader at the Swiss Institute of Bioinformatics, and Co-director of the Health2030 Genome Center at Campus Biotech in Geneva.

Source officielle

Proximité ontologique

Biologie

Génétique: Génomique

Concepts associés (29)

Microarray analysis techniques

Microarray analysis techniques are used in interpreting the data generated from experiments on DNA (Gene chip analysis), RNA, and protein microarrays, which allow researchers to investigate the expression state of a large number of genes - in many cases, an organism's entire genome - in a single experiment. Such experiments can generate very large amounts of data, allowing researchers to assess the overall state of a cell or organism. Data in such large quantities is difficult - if not impossible - to analyze without the help of computer programs.

Puce à ADN

thumb|upright=1.2|Principe d'utilisation de la puce à ADN. Une puce à ADN est un ensemble de molécules d'ADN fixées en rangées ordonnées sur une petite surface qui peut être du verre, du silicium ou du plastique. Cette biotechnologie récente permet d'analyser le niveau d'expression des gènes (transcrits) dans une cellule, un tissu, un organe, un organisme ou encore un mélange complexe, à un moment donné et dans un état donné par rapport à un échantillon de référence.

Gene expression profiling

In the field of molecular biology, gene expression profiling is the measurement of the activity (the expression) of thousands of genes at once, to create a global picture of cellular function. These profiles can, for example, distinguish between cells that are actively dividing, or show how the cells react to a particular treatment. Many experiments of this sort measure an entire genome simultaneously, that is, every gene present in a particular cell. Several transcriptomics technologies can be used to generate the necessary data to analyse.

Expression génétique

L'expression des gènes, encore appelée expression génique ou expression génétique, désigne l'ensemble des processus biochimiques par lesquels l'information héréditaire stockée dans un gène est lue pour aboutir à la fabrication de molécules qui auront un rôle actif dans le fonctionnement cellulaire, comme les protéines ou les ARN. Même si toutes les cellules d'un organisme partagent le même génome, certains gènes ne sont exprimés que dans certaines cellules, à certaines périodes de la vie de l'organisme ou sous certaines conditions.

Statistical population

In statistics, a population is a set of similar items or events which is of interest for some question or experiment. A statistical population can be a group of existing objects (e.g. the set of all stars within the Milky Way galaxy) or a hypothetical and potentially infinite group of objects conceived as a generalization from experience (e.g. the set of all possible hands in a game of poker). A common aim of statistical analysis is to produce information about some chosen population.

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Séances de cours associées (64)

ARN-séq à cellule unique et résolu spatialement MOOC: Les neurosciences reconstruites : Génétique et développement du cerveau

Explore l'ARN-séq monocellulaire, la dissociation tissulaire, les méthodes de capture et l'analyse de l'expression génétique différentielle.

Analyse des données génomiques : techniques et applications

Couvre les techniques de mesure de l'expression génique et les méthodes d'analyse en génomique.

ADN: PCR et techniques de séquençage

Explore l'ingénierie de l'ADN à travers la PCR, le séquençage Sanger, le projet du génome humain, l'ADN recombinant, la manipulation de l'ADN bactérien et CRISPR / Cas9.

Données disponibles sur les atlas du cerveau humain d'Allen

Couvre les données disponibles sur les atlas du cerveau humain Allen, y compris l'analyse de l'expression génétique et l'Atlas BrainSpan.

Mice transgénique: Cre-Lines et Optogénétique

Couvre les souris transgéniques utilisant les lignes de Cre et l'optogénétique, explorant les techniques de manipulation des cellules neurales et l'expression génétique spécifique à la région du cerveau.

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Concepts associés (29)

Microarray analysis techniques

Puce à ADN

Gene expression profiling

Expression génétique

Statistical population

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