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Séance de cours

Analyse protéomique: enzymes, flux de travail et applications

Dans cours

CH-419: Protein mass spectrometry and proteomics

In systems biology, proteomics represents an essential pillar. The understanding of protein function and regulation provides key information to decipher the complexity of living systems. Proteomic technology now enables deep quantitative proteome mapping v ...

Description

Cette séance de cours couvre l'analyse des peptides en protéomique, y compris l'utilisation d'enzymes comme la trypsine, la Lys-C et la chymotrypsine pour la digestion des protéines. Il explique les flux de travail tels que les approches descendantes et ascendantes, ainsi que des techniques telles que Peptide Mass Fingerprinting (PMF) et l’acquisition séquentielle de toutes les spectra de masse théoriques (SWATH-MS). L'importance de l'acquisition dépendante des données (DDA) et le rôle des différentes enzymes dans l'enrichissement en protéines et en peptides sont également discutés.

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Enseignant·e

Loïc Dayon

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Concepts associés (32)

Séquençage des protéines

Le séquençage des protéines est la détermination de la séquence polypeptidique. Elle est destinée à connaître le nombre, la nature chimique et l'ordre de tous les résidus d'acides aminés dans un polypeptide. Pour cela, si la protéine contient plus d'une chaîne polypeptidique, les chaînes doivent être d'abord séparées, puis purifiées. Généralement, toutes les liaisons disulfures seront réduites et les thiols ainsi obtenus alkylés.

Spectrométrie de masse

thumb|right|Spectromètre de masse La spectrométrie de masse est une technique physique d'analyse permettant de détecter et d'identifier des molécules d’intérêt par mesure de leur masse, et de caractériser leur structure chimique. Son principe réside dans la séparation en phase gazeuse de molécules chargées (ions) en fonction de leur rapport masse/charge (m/z). Elle est utilisée dans pratiquement tous les domaines scientifiques : physique, astrophysique, chimie en phase gazeuse, chimie organique, dosages, biologie, médecine, archéologie.

Tandem mass spectrometry

Tandem mass spectrometry, also known as MS/MS or MS2, is a technique in instrumental analysis where two or more mass analyzers are coupled together using an additional reaction step to increase their abilities to analyse chemical samples. A common use of tandem MS is the analysis of biomolecules, such as proteins and peptides. The molecules of a given sample are ionized and the first spectrometer (designated MS1) separates these ions by their mass-to-charge ratio (often given as m/z or m/Q).

Protéomique

La protéomique désigne la science qui étudie les protéomes, c'est-à-dire l'ensemble des protéines d'une cellule, d'un organite, d'un tissu, d'un organe ou d'un organisme à un moment donné et sous des conditions données. Dans la pratique, la protéomique s'attache à identifier de manière globale les protéines extraites d'une culture cellulaire, d'un tissu ou d'un fluide biologique, leur localisation dans les compartiments cellulaires, leurs éventuelles modifications post-traductionnelles ainsi que leur quantité.

Séquençage de l'ADN

cadre|Résultat du séquençage par la méthode de Sanger. L'ordre de chaque bande indique la position d'un nucléotide A,T,C ou G Le séquençage de l'ADN consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné. La séquence d’ADN contient l’information nécessaire aux êtres vivants pour survivre et se reproduire. Déterminer cette séquence est donc utile aussi bien pour les recherches visant à savoir comment vivent les organismes que pour des sujets appliqués.

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Séances de cours associées (33)

Explorer les protéines: structure, purification et analyse

Couvre les méthodes d'exploration, de purification et d'analyse des protéines, y compris le séquençage, la mesure de la concentration et la détection des anticorps.

Exploration de la structure protéique

Explore la composition, la synthèse, la purification et les techniques d'analyse des protéines pour comprendre la structure et la fonction des protéines.

Protéomique : Modifications et interactions post-traductionnelles

Explore la protéomique pour les modifications post-traductionnelles et les interactions protéiques.

Spectrométrie de masse : Détecteurs et techniques

Explore les détecteurs de spectrométrie de masse, MS/MS et diverses techniques de détection et d'analyse des ions.

Méthodes de profilage en protéomique

Explore les méthodes de profilage protéomique, y compris les approches ABPP, MS et l'identification quantitative des cibles à l'aide de l'étiquetage SILAC et TMT.

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Spectrométrie de masse

Tandem mass spectrometry

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Séquençage de l'ADN

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