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Analyse protéomique: enzymes, flux de travail et applications

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Dans cours

CH-419: Protein mass spectrometry and proteomics

In systems biology, proteomics represents an essential pillar. The understanding of protein function and regulation provides key information to decipher the complexity of living systems. Proteomic technology now enables deep quantitative proteome mapping v ...

Description

Cette séance de cours couvre l'analyse des peptides en protéomique, y compris l'utilisation d'enzymes comme la trypsine, la Lys-C et la chymotrypsine pour la digestion des protéines. Il explique les flux de travail tels que les approches descendantes et ascendantes, ainsi que des techniques telles que Peptide Mass Fingerprinting (PMF) et l’acquisition séquentielle de toutes les spectra de masse théoriques (SWATH-MS). L'importance de l'acquisition dépendante des données (DDA) et le rôle des différentes enzymes dans l'enrichissement en protéines et en peptides sont également discutés.

Enseignant·e

Loïc Dayon

Enseignement et PhD Cours Protein mass spectrometry and proteomics CH-419 L'analyse protéomique est un pilier essentiel de la biologie des systèmes, permettant une meilleure compréhension du vivant. Les technologies protéomiques, et en particulier celles basées sur la spectrométrie de masse, permettent désormais de cartographier les protéomes à large échelle.

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Concepts associés (32)

Séquençage des protéines

Le séquençage des protéines est la détermination de la séquence polypeptidique. Elle est destinée à connaître le nombre, la nature chimique et l'ordre de tous les résidus d'acides aminés dans un polypeptide. Pour cela, si la protéine contient plus d'une chaîne polypeptidique, les chaînes doivent être d'abord séparées, puis purifiées. Généralement, toutes les liaisons disulfures seront réduites et les thiols ainsi obtenus alkylés.

Protéomique

La protéomique désigne la science qui étudie les protéomes, c'est-à-dire l'ensemble des protéines d'une cellule, d'un organite, d'un tissu, d'un organe ou d'un organisme à un moment donné et sous des conditions données. Dans la pratique, la protéomique s'attache à identifier de manière globale les protéines extraites d'une culture cellulaire, d'un tissu ou d'un fluide biologique, leur localisation dans les compartiments cellulaires, leurs éventuelles modifications post-traductionnelles ainsi que leur quantité.

Séquençage de l'ADN

cadre|Résultat du séquençage par la méthode de Sanger. L'ordre de chaque bande indique la position d'un nucléotide A,T,C ou G Le séquençage de l'ADN consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné. La séquence d’ADN contient l’information nécessaire aux êtres vivants pour survivre et se reproduire. Déterminer cette séquence est donc utile aussi bien pour les recherches visant à savoir comment vivent les organismes que pour des sujets appliqués.

Séquençage

En biochimie, le séquençage consiste à déterminer l'ordre linéaire des composants d'une macromolécule (les acides aminés d'une protéine, les nucléotides d'un acide nucléique comme l'ADN, les monosaccharides d'un polysaccharide, etc.). En génétique, le séquençage concerne la détermination de la séquence des gènes voire des chromosomes, voire du génome complet, ce qui techniquement revient à effectuer le séquençage de l'ADN constituant ces gènes ou ces chromosomes.

Exome sequencing

Exome sequencing, also known as whole exome sequencing (WES), is a genomic technique for sequencing all of the protein-coding regions of genes in a genome (known as the exome). It consists of two steps: the first step is to select only the subset of DNA that encodes proteins. These regions are known as exons—humans have about 180,000 exons, constituting about 1% of the human genome, or approximately 30 million base pairs. The second step is to sequence the exonic DNA using any high-throughput DNA sequencing technology.

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Explorer les protéines: structure, purification et analyse

Couvre les méthodes d'exploration, de purification et d'analyse des protéines, y compris le séquençage, la mesure de la concentration et la détection des anticorps.

Exploration de la structure protéique

Explore la composition, la synthèse, la purification et les techniques d'analyse des protéines pour comprendre la structure et la fonction des protéines.

Spectrométrie de masse des protéines et protéomique

Couvre la spectrométrie de masse des protéines, les techniques de protéomique, les défis et les applications dans l'analyse de mélanges de protéines complexes.

Protéomique et spectrométrie de masse

Explore la spectrométrie de masse des protéines, les techniques de protéomique, la préparation des échantillons, les méthodes de séparation, les flux de travail quantitatifs, la bioinformatique et les applications en biologie.

Protéomique : Modifications et interactions post-traductionnelles

Explore la protéomique pour les modifications post-traductionnelles et les interactions protéiques.

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