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Téléchargement et interaction avec les modèles monocellulaires

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Description

Cette séance de cours couvre le processus de téléchargement et d'interaction avec des modèles de cellules uniques, en commençant par l'importation de paquets Python pour visualisation et analyse, le téléchargement d'un modèle de cellules Pyramidales Tufted Tufted Neocortical Layer 5, l'extraction des fichiers modèles, la compilation des mécanismes du simulateur NEURON et la visualisation de la morphologie cellulaire à l'aide de NeuroM. La séance de cours explique également comment initialiser le modèle en chargeant le fichier 'init.hoc', en créant une cellule avec des synapses et en injectant un courant d'étape dans le soma du neurone.

Dans MOOC

Simulation de la neuroscience

Source officielle

Concepts associés (8)

Neurosciences

thumb|250px|Dessin de neurones du cervelet de pigeon par Santiago Ramón y Cajal (1899). Les neurosciences sont les études scientifiques du système nerveux, tant du point de vue de sa structure que de son fonctionnement, depuis l'échelle moléculaire jusqu'au niveau des organes, comme le cerveau, voire de l'organisme tout entier. Le champ de la recherche en neurosciences est un champ transdisciplinaire : la biologie, la chimie, les mathématiques, la bio-informatique ainsi que la neuropsychologie sont utilisées en neurosciences.

Neurosciences computationnelles

Les neurosciences computationnelles (NSC) sont un champ de recherche des neurosciences qui s'applique à découvrir les principes computationnels des fonctions cérébrales et de l'activité neuronale, c'est-à-dire des algorithmes génériques qui permettent de comprendre l'implémentation dans notre système nerveux central du traitement de l'information associé à nos fonctions cognitives. Ce but a été défini en premier lieu par David Marr dans une série d'articles fondateurs.

Neurosciences cognitives

Les neurosciences cognitives sont le domaine de recherche dans lequel sont étudiés les mécanismes neurobiologiques qui sous-tendent la cognition (perception, motricité, langage, mémoire, raisonnement, émotions...). C'est une branche des sciences cognitives qui fait appel pour une large part aux neurosciences, à la neuropsychologie, à la psychologie cognitive, à l' ainsi qu'à la modélisation.

Culture cellulaire

La culture cellulaire est un ensemble de techniques de biologie utilisées pour faire croître des cellules hors de leur organisme (ex-vivo) ou de leur milieu d'origine, dans un but d'expérimentation scientifique ou de fécondation in vitro. Les cellules mises en culture peuvent être: des micro-organismes libres (bactéries ou levures) des cellules « saines » prélevées fraîchement d'un organisme (biopsie...), on parle alors de « culture primaire ».

Single-unit recording

In neuroscience, single-unit recordings (also, single-neuron recordings) provide a method of measuring the electro-physiological responses of a single neuron using a microelectrode system. When a neuron generates an action potential, the signal propagates down the neuron as a current which flows in and out of the cell through excitable membrane regions in the soma and axon. A microelectrode is inserted into the brain, where it can record the rate of change in voltage with respect to time.

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Modèles et données MOOC: Dynamique neuronale - Neuroscience computationnelle des neurones uniques

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Explore l'étude des neurones uniques, les défis de la classification et l'obtention de données à haute résolution.

Interfaces neuronales : Circuits et électronique

Explore les interfaces neuronales, fusionnant l'ingénierie, les neurosciences et l'informatique.

Neurosciences I : Neurosciences moléculaires et neurodégénérescence

Couvre les neurosciences moléculaires, la neurodégénérescence, les types cellulaires, la structure des neurones et l'histoire des percées en neurosciences.

Transcriptonomics dans le cortex virtuel de la souris

Il faut utiliser la transcriptonomie pour étudier le cortex virtuel de la souris et classer les neurones corticaux.

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Neurosciences

Neurosciences computationnelles

Neurosciences cognitives

Culture cellulaire

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