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Séance de cours

Suivi et prévision de l'évolution des virus de l'ARN humain

Description

Cette séance de cours de l'instructeur de l'Université de Bâle porte sur le suivi et la prévision de l'évolution des virus de l'ARN humain, comme le SRAS-CoV et le SRAS-CoV-2. La présentation porte sur le suivi en temps réel à l'aide de Nextstrain, la diversité et la propagation du SRAS-CoV-2, les données disponibles sur les mutations virales et la phylogénie de différents génotypes. Il traite également de l'ensemble de données, de la phylogénie et des clades liés aux virus, soulignant l'importance de comprendre les mutations et les fréquences pour prédire l'évolution de ces virus.

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Concepts associés (32)

SARS-CoV-2

Le SARS-CoV-2 (acronyme anglais de severe acute respiratory syndrome ), soit du syndrome respiratoire aigu sévère, est le virus responsable de la Covid-19. Son acronyme est parfois partiellement francisé en SRAS-CoV-2. Ce coronavirus hautement pathogène a été découvert en dans la ville de Wuhan (province de Hubei, en Chine). Le SARS-CoV-2 est un virus à ARN monocaténaire de polarité positive du groupe de la classification Baltimore. C'est une souche nouvelle de l'espèce SARSr-CoV, dans le genre betacoronavirus qui regroupe entre autres les SARS-CoV-1 et MERS-CoV.

Virus

Un virus est un agent infectieux nécessitant un hôte, souvent une cellule, dont les constituants et le métabolisme déclenchent la réplication. Le nom virus a été emprunté au par Ambroise Paré au latin . La science des virus est la virologie, et ses experts sont des virologues ou virologistes. On considère de plus en plus les virus comme faisant partie des acaryotes. Ils changent de forme durant leur cycle, passant par deux stades : Une phase extracellulaire sous forme de particule virale.

Mutation génétique

thumb|Un exemple de mutation homéotique : une drosophile Antennapedia Une est une modification rare, accidentelle ou provoquée, de l'information génétique (séquence d’ADN ou d’ARN) dans le génome. Selon la partie du génome touchée, les conséquences d'une mutation peuvent varier. Une mutation est dite héréditaire si la séquence génétique mutée est transmise à la génération suivante (voir mutations germinales). Elle est l’un des éléments de la biodiversité et l’un des nombreux facteurs pouvant éventuellement participer dans l'évolution de l'espèce.

Arbre phylogénétique

vignette|upright=1.5|Arbre phylogénétique, basé sur le génome d'après Ciccarelli et al. (2006), mettant en évidence les trois domaines du vivant : les eucaryotes en rose (animaux, champignons, plantes et protistes), les bactéries en bleu, et les archées en vert. Un arbre phylogénétique est un arbre schématique qui montre les relations de parenté entre des groupes d'êtres vivants. Chacun des nœuds de l'arbre représente l'ancêtre commun de ses descendants ; le nom qu'il porte est celui du clade formé des groupes frères qui lui appartiennent, non celui de l'ancêtre qui reste impossible à déterminer.

Taux de mutation

En génétique le taux de mutation désigne la quantité de changement de l'information génétique au cours du temps. réplication de l'ADN, le complexe d'enzymes chargé de sa copie, l'ADN polymérase, laisse passer un certain nombre d'erreurs. À une grande échelle de temps, l'information génétique évolue en fonction de ces changements. Notamment, l'information codant l'ADN polymérase elle-même évolue en conséquence, ce qui rend ce taux de mutation variable entre les espèces et sur plusieurs centaines de milliers d'années.

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