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Un virus est un agent infectieux nécessitant un hôte, souvent une cellule, dont les constituants et le métabolisme déclenchent la réplication. Le nom virus a été emprunté au par Ambroise Paré au latin . La science des virus est la virologie, et ses experts sont des virologues ou virologistes. On considère de plus en plus les virus comme faisant partie des acaryotes. Ils changent de forme durant leur cycle, passant par deux stades : Une phase extracellulaire sous forme de particule virale. Ils sont alors des objets particulaires, infectieux, constitués au minimum d'un acide nucléique, souvent englobé dans une capside de protéines ; Une phase intracellulaire : soit comme séquence virale sous forme dormante, soit en train de détourner activement la machinerie cellulaire au profit de sa réplication en parasitant tout ou partie du métabolisme de son hôte. Sous la forme intracellulaire (à l'intérieur de la cellule hôte), les virus sont des éléments génétiques qui peuvent s'intégrer à un chromosome du génome hôte (on parle alors de provirus ou de prophage) ou non (cas par exemple des usines à virions). En 2022, de virus étaient décrites, réparties en et . Pour les humains, seules 129 espèces sont jugées pathogènes en 2018. Le débat sur la nature des virus (vivants ou pas) repose sur des notions complexes et reste aujourd'hui ouvert. Selon de nombreuses définitions du vivant (entité matérielle réalisant les fonctions de relation, nutrition, reproduction), les virus ne sont pas des êtres vivants, mais d'autres définitions permettent de les considérer comme vivants. Les maladies virales comme la rage, la fièvre jaune ou la variole affectent l'Homme depuis des millénaires. Des hiéroglyphes mettent en évidence la poliomyélite dans l'Égypte antique ; des écrits de l'Antiquité gréco-romaine et d'Extrême-Orient décrivent certaines maladies virales. Varron (116–27 av. J.-C.) affirme "qu'il y a des créatures minuscules qui ne peuvent être vues par les yeux", qui flottent dans l'air et pénètrent dans le corps par la bouche et le nez et y provoquent des maladies graves.
[2]Paolo Prandoni, [3]LCAV, EPFL
In [1]:
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import scipy.signal as sp
import seaborn as sns
sns.set()
In [2]:
plt.rcParams["figure.figsize"] = (14,4)
The basic reproduction number[4]¶
The propagation mechanism of an epidemic such as the one caused by
SARS-CoV-2 virus can be roughly modeled, at least in its inital phase,
as a process in which each infected individ