Séance de cours

Dans Silico Neuroscience: Reproductibilité et réutilisabilité des données

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Dans cours

BIOENG-450: In silico neuroscience

"In silico Neuroscience" introduces students to a synthesis of modern neuroscience and state-of-the-art data management, modelling and computing technologies. ...

Description

Cette séance de cours porte sur l'importance de la reproductibilité et de la réutilisabilité des données dans les neurosciences silico, en mettant l'accent sur les outils et les méthodes de neuroinformatique. Il traite des défis liés à la recherche, au stockage, à l'analyse et à la publication de données sur les neurosciences, en mettant l'accent sur la nécessité de métadonnées normalisées et de vocabulaires contrôlés. La séance de cours explore également les concepts de provenance, la qualité des métadonnées et la norme Minimal Information for Neuroscience Datasets (MINDS). Il souligne l'importance de l'ontologie, du vocabulaire standard et des Principes directeurs FAIR pour la disponibilité des données, l'accessibilité, l'interopérabilité et la réutilisabilité. Les efforts déployés par le projet «Blue Brain» dans le domaine des neurosciences de simulation et de l'intégration des écosystèmes logiciels et matériels sont également discutés.

Enseignant·e·s (2)

Felix Schürmann

Felix Schürmann is co-director of the Blue Brain Project and involved in several research challenges of the European Human Brain Project. He studied physics at the University of Heidelberg, Germany, supported by the German National Academic Foundation. Later, as a Fulbright Scholar, he obtained his Master's degree (M.S.) in Physics from the State University of New York, Buffalo, USA, under the supervision of Richard Gonsalves. During these studies, he became curious about the role of different computing substrates and dedicated his master thesis to the simulation of quantum computing. He studied for his Ph.D. at the University of Heidelberg, Germany, under the supervision of Karlheinz Meier. For his thesis he co-designed an efficient implementation of a neural network in hardware.

Armando Romani

Source officielle

Concepts associés (32)

Donnée

Une donnée est ce qui est connu et qui sert de point de départ à un raisonnement ayant pour objet la détermination d'une solution à un problème en relation avec cette donnée. Cela peut être une description élémentaire qui vise à objectiver une réalité, le résultat d'une comparaison entre deux événements du même ordre (mesure) soit en d'autres termes une observation ou une mesure. La donnée brute est dépourvue de tout raisonnement, supposition, constatation, probabilité.

Fair data

Dans le contexte de l'accessibilité de l'Internet, du big data (mégadonnées) des données de la recherche et des sciences ouvertes et plus largement du partage et l'ouverture des données, la notion de FAIR data ou données FAIR recouvre les manières de construire, stocker, présenter ou publier des données de manière à permettre que les données soient (findable, accessible, interoperable, reusable), d'où l'acronyme « FAIR ». Le mot fair (« équitable », « juste ») fait aussi référence au fair use, commerce équitable (fair trade), fair play, etc.

Qualité des données

La qualité des données, en informatique se réfère à la conformité des données aux usages prévus, dans les modes opératoires, les processus, les prises de décision, et la planification (J.M. Juran). De même, les données sont jugées de grande qualité si elles représentent correctement la réalité à laquelle elles se réfèrent. Ces deux points de vue peuvent souvent entrer en contradiction, y compris lorsqu'un même ensemble de données est utilisé avec un objectif commun.

Romani diaspora

The Romani people have several distinct populations, the largest being the Roma and the Calé, who reached Anatolia and the Balkans in the early 12th century, from a migration out of the Indian subcontinent beginning about 1st century – 2nd century AD. They settled in the areas of present-day Turkey, Greece, Serbia, Romania, Croatia, Moldova, Bulgaria, North Macedonia, Hungary, Albania, Kosovo, Bosnia and Herzegovina, Czech Republic, Slovenia and Slovakia, by order of volume, and Spain.

Neuro-informatique

La neuro-informatique est un champ de recherche visant à l'organisation des données des neurosciences par l'application de modèles informatiques et d'outils analytiques. Ces domaines de recherche sont importants pour l'intégration et l'analyse d’un nombre croissant de données expérimentales tant par le volume que par la complexité et la précision. Les bioinformaticiens fournissent des outils informatiques, des modèles mathématiques, et créent des bases de données interopérables pour les cliniciens et les chercheurs.

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