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Séance de cours

DNA & Protein Arrays

Dans cours

MICRO-560: BioMEMS

This course covers the main applications of micro devices for life science and biomedical applications. The course is organized by application topic. It is also covering the basic physical, biological, chemical, technological concepts, which are presented ...

Description

Cette séance de cours couvre les applications des matrices d'ADN, y compris la quantification de l'ARNm transcrit et l'identification des variations génétiques. Il explique la fabrication de matrices d'ADN en utilisant différentes technologies telles qu'Affymetrix et des méthodes lithographiques. La séance de cours explore également la détection de polymorphismes mononucléotidiques (SNP) sur les puces Affymetrix et l'utilisation de matrices protéiques pour les études d'interaction. Diverses méthodes de structuration des réseaux et des substrats de base pour les microréseaux de protéines sont discutées, ainsi que la création in situ de réseaux de protéines à partir de réseaux d'ADN. La comparaison entre les microréseaux et l'ARN-Seq pour l'analyse du transcriptome est également présentée.

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Enseignant·e

Philippe Renaud

Philippe Renaud is Professor at the Microsystem Laboratory (LMIS4) at EPFL. He is also the scientific director of the EPFL Center of MicroNanoTechnology (CMI). His main research area is related to micronano technologies in biomedical applications (BioMEMS) with emphasis on cell-chips, nanofluidics and bioelectronics. Ph. Renaud is invloved in many scientifics papers in his research area. He received his diploma in physics from the University of Neuchâtel (1983) and his Ph.D. degree from the University of Lausanne (1988). He was postdoctoral fellow at University of California, Berkeley (1988-89) and then at the IBM Zürich Research Laboratory in Switzerland (1990-91). In 1992, he joined the Sensors and Actuators group of the Swiss Center for Electronics and Microtechnology (CSEM) at Neuchâtel, Switzerland. He was appointed assistant professor at EPFL in 1994 and full professor in 1997. In summer 1996, he was visiting professor at the Tohoku University, Japan. Ph. Renaud is active in several scientific committee (scientific journals, international conferences, scientific advisory boards of companies, PhD thesis committee). He is also co-founder of the Nanotech-Montreux conference. Ph. Renaud is committed to valorization of basic research through his involvement in several high-tech start-up companies.

Source officielle

Proximité ontologique

Biologie

Génétique: Génomique

Concepts associés (23)

Puce à ADN

thumb|upright=1.2|Principe d'utilisation de la puce à ADN. Une puce à ADN est un ensemble de molécules d'ADN fixées en rangées ordonnées sur une petite surface qui peut être du verre, du silicium ou du plastique. Cette biotechnologie récente permet d'analyser le niveau d'expression des gènes (transcrits) dans une cellule, un tissu, un organe, un organisme ou encore un mélange complexe, à un moment donné et dans un état donné par rapport à un échantillon de référence.

Protein microarray

A protein microarray (or protein chip) is a high-throughput method used to track the interactions and activities of proteins, and to determine their function, and determining function on a large scale. Its main advantage lies in the fact that large numbers of proteins can be tracked in parallel. The chip consists of a support surface such as a glass slide, nitrocellulose membrane, bead, or microtitre plate, to which an array of capture proteins is bound. Probe molecules, typically labeled with a fluorescent dye, are added to the array.

Microarray

A microarray is a multiplex lab-on-a-chip. Its purpose is to simultaneously detect the expression of thousands of biological interactions. It is a two-dimensional array on a solid substrate—usually a glass slide or silicon thin-film cell—that assays (tests) large amounts of biological material using high-throughput screening miniaturized, multiplexed and parallel processing and detection methods. The concept and methodology of microarrays was first introduced and illustrated in antibody microarrays (also referred to as antibody matrix) by Tse Wen Chang in 1983 in a scientific publication and a series of patents.

Séquençage de l'ADN

cadre|Résultat du séquençage par la méthode de Sanger. L'ordre de chaque bande indique la position d'un nucléotide A,T,C ou G Le séquençage de l'ADN consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné. La séquence d’ADN contient l’information nécessaire aux êtres vivants pour survivre et se reproduire. Déterminer cette séquence est donc utile aussi bien pour les recherches visant à savoir comment vivent les organismes que pour des sujets appliqués.

Transcriptomique

La transcriptomique est l'étude de l'ensemble des ARN messagers produits lors du processus de transcription d'un génome. Elle repose sur la quantification systématique de ces ARNm, ce qui permet d'avoir une indication relative du taux de transcription de différents gènes dans des conditions données. Plusieurs techniques permettent d'avoir accès à cette information, en particulier celle des puces à ADN, celle de la PCR quantitative ou encore celle du séquençage systématique d'ADN complémentaires. Métatransc

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Données disponibles sur les atlas du cerveau humain d'Allen

Couvre les données disponibles sur les atlas du cerveau humain Allen, y compris l'analyse de l'expression génétique et l'Atlas BrainSpan.

Analyse des données génomiques: technologie de microarray

Explore la technologie de microarray pour l'analyse des données génomiques, couvrant Affymetrix GeneChip Probe Arrays, le prétraitement des données, la normalisation, l'analyse de l'expression différentielle et les comparaisons de méthodes.

Protéomique en neurosciences : techniques et applications

Couvre les techniques de protéomique et leurs applications en neurosciences, en se concentrant sur la spectrométrie de masse et les défis de l'étude des protéines dans les fonctions cellulaires.

Introduction à la neuroinformatique MOOC: Simulation de la neuroscience

Couvre les données neurosciences hétérogènes, les techniques comme les microarrays et le séquençage des gènes, l'intégration des données, et l'importance des métadonnées dans l'organisation et le partage des données.

Microsystèmes pour la biologie: Nanopores et analyse de l'ADN

Déplacez-vous dans les microsystèmes pour la biologie, en soulignant l'utilisation des nanopores pour l'analyse de l'ADN.

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