Séance de cours

Analyse des données génomiques: technologie de microarray

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Dans cours

MATH-474: Statistics for genomic data analysis

After a short introduction to basic molecular biology and genomic technologies, this course covers the most useful statistical concepts and methods for the analysis of genomic data. ...

Description

Cette séance de cours couvre l'application de la technologie de la microarraie dans l'analyse des données génomiques, en mettant l'accent sur Affymetrix GeneChip Probe Arrays. Parmi les sujets abordés, mentionnons la quantification des signaux, la conception de tableaux, l'analyse d'images, les artefacts en micropuces et les techniques de prétraitement des données telles que l'analyse exploratoire et la normalisation des données. L'instructeur explique le processus de mesure de l'expression génique, de correction de l'arrière-plan et de normalisation quantile. Différentes méthodes d'analyse de l'expression différentielle, telles que MAS 5.0, Li-Wong et RMA, sont discutées, ainsi que le compromis entre la variation des biais. Les conclusions d'études comparant diverses méthodes sont présentées, soulignant l'importance de choisir une approche d'analyse appropriée.

Enseignant·e

Darlene Goldstein

Source officielle

Proximité ontologique

Biologie

Génétique: Génomique

Concepts associés (32)

Puce à ADN

thumb|upright=1.2|Principe d'utilisation de la puce à ADN. Une puce à ADN est un ensemble de molécules d'ADN fixées en rangées ordonnées sur une petite surface qui peut être du verre, du silicium ou du plastique. Cette biotechnologie récente permet d'analyser le niveau d'expression des gènes (transcrits) dans une cellule, un tissu, un organe, un organisme ou encore un mélange complexe, à un moment donné et dans un état donné par rapport à un échantillon de référence.

Transcriptomique

La transcriptomique est l'étude de l'ensemble des ARN messagers produits lors du processus de transcription d'un génome. Elle repose sur la quantification systématique de ces ARNm, ce qui permet d'avoir une indication relative du taux de transcription de différents gènes dans des conditions données. Plusieurs techniques permettent d'avoir accès à cette information, en particulier celle des puces à ADN, celle de la PCR quantitative ou encore celle du séquençage systématique d'ADN complémentaires. Métatransc

Microarray analysis techniques

Microarray analysis techniques are used in interpreting the data generated from experiments on DNA (Gene chip analysis), RNA, and protein microarrays, which allow researchers to investigate the expression state of a large number of genes - in many cases, an organism's entire genome - in a single experiment. Such experiments can generate very large amounts of data, allowing researchers to assess the overall state of a cell or organism. Data in such large quantities is difficult - if not impossible - to analyze without the help of computer programs.

Microarray

A microarray is a multiplex lab-on-a-chip. Its purpose is to simultaneously detect the expression of thousands of biological interactions. It is a two-dimensional array on a solid substrate—usually a glass slide or silicon thin-film cell—that assays (tests) large amounts of biological material using high-throughput screening miniaturized, multiplexed and parallel processing and detection methods. The concept and methodology of microarrays was first introduced and illustrated in antibody microarrays (also referred to as antibody matrix) by Tse Wen Chang in 1983 in a scientific publication and a series of patents.

Statistique

La statistique est la discipline qui étudie des phénomènes à travers la collecte de données, leur traitement, leur analyse, l'interprétation des résultats et leur présentation afin de rendre ces données compréhensibles par tous. C'est à la fois une branche des mathématiques appliquées, une méthode et un ensemble de techniques. ce qui permet de différencier ses applications mathématiques avec une statistique (avec une minuscule). Le pluriel est également souvent utilisé pour la désigner : « les statistiques ».

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Analyse des données génomiques : techniques et applications

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Régression robuste dans l'analyse des données génomiques

Explore une régression robuste dans l'analyse des données génomiques, en mettant l'accent sur la pondération des résidus importants pour une meilleure précision des estimations et des mesures d'évaluation de la qualité telles que NUSE et RLE.

Données disponibles sur les atlas du cerveau humain d'Allen

Couvre les données disponibles sur les atlas du cerveau humain Allen, y compris l'analyse de l'expression génétique et l'Atlas BrainSpan.

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Explore les critères de sélection des modèles comme l'AIC, le BIC et le Cp en statistique pour la science des données.

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Puce à ADN

Transcriptomique

Microarray analysis techniques

Microarray

Statistique

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