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Recherche reproductible : principes et outils

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Dans cours (2)

MATH-474: Statistics for genomic data analysis

After a short introduction to basic molecular biology and genomic technologies, this course covers the most useful statistical concepts and methods for the analysis of genomic data. ...

MATH-493: Applied biostatistics

This course covers topics in applied biostatistics, with an emphasis on practical aspects of data analysis using R statistical software. Topics include types of studies and their design and analysis, high dimensional data analysis (genetic/genomic) and oth ...

Description

Cette séance de cours présente les principes et les outils de la recherche reproductible en biostatistique, soulignant l'importance de documenter l'environnement logiciel complet et les instructions utilisées pour générer des chiffres. Il couvre les étapes menant à un rapport, les problèmes liés aux approches traditionnelles, la programmation alphabétisée et les bonnes et mauvaises pratiques en matière de recherche. L'instructeur discute des obstacles à la recherche reproductible, des outils en R pour la recherche reproductible et de l'utilisation d'éditeurs de texte pour compiler les documents sources.

Enseignant·e

Darlene Goldstein

Source officielle

Concepts associés (32)

Programmation lettrée

La programmation lettrée (ou programmation littéraire) est une approche de la programmation préconisée par Donald Knuth qui se veut différente du paradigme de programmation structurée des années 1970. Le paradigme de la programmation lettrée, tel qu'il a été conçu par Knuth, s'éloigne dans son écriture de l'ordonnancement imposé par l'ordinateur, et à la place autorise les développeurs à utiliser un ordre imposé par la logique et le fil de leur pensée.

Environnement de développement

En programmation informatique, un environnement de développement est un ensemble d'outils qui permet d'augmenter la productivité des programmeurs qui développent des logiciels. Il comporte un éditeur de texte destiné à la programmation, des fonctions qui permettent, par pression sur un bouton, de démarrer le compilateur ou l'éditeur de liens ainsi qu'un débogueur en ligne, qui permet d'exécuter ligne par ligne le programme en cours de construction. Certains environnements sont dédiés à un langage de programmation en particulier.

Éditeur de texte

Un éditeur de texte est un logiciel destiné à la création et l'édition de fichiers textes. Chaque système d'exploitation fournit un éditeur, tant son usage est courant, voire indispensable pour certaines tâches informatiques de base comme l'administration de système et le développement de logiciels. thumb|Une chasse fixe conduit à un alignement vertical des caractères, où le i est aussi large que le w.

Dépôt (informatique)

En informatique, un dépôt ou référentiel (de l'anglais repository) est un stockage centralisé et organisé de données. Ce peut être une ou plusieurs bases de données où les fichiers sont localisés en vue de leur distribution sur le réseau ou bien un endroit directement accessible aux utilisateurs. En programmation informatique, le concept de dépôt s'applique aux logiciels de gestion de versions. La plupart des distributions GNU/Linux utilisent des dépôts accessibles sur Internet, officiels et non officiels, permettant aux utilisateurs de télécharger et de mettre à jour des logiciels compatibles.

Paradigme (programmation)

vignette|Schéma simple à 3 blocs, avec des connexions étiquetées Le paradigme de programmation est la façon (parmi d'autres) d'approcher la programmation informatique et de formuler les solutions aux problèmes et leur formalisation dans un langage de programmation approprié. Ce n'est pas de la méthodologie contenant une méthode ; cette dernière organise le traitement des problèmes reconnus dans l'écosystème concerné pour aboutir à la solution conceptuelle et programme exécutable.

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Séances de cours associées (64)

Programmation R : conditions, boucles, fonctions et graphiques

Couvre les conditions, les boucles, les fonctions et les graphiques en programmation R avec des exemples pratiques.

Agent Gitlab pour Kubernetes (agentk)

Couvre la configuration d'un agent Gitlab pour Kubernetes, en mettant l'accent sur l'installation, le contrôle de version et le dépannage.

Discussions de conception, documentation

Explore les discussions de conception et la documentation dans le développement de logiciels, en mettant l'accent sur la programmation scientifique et les outils de documentation de code comme Doxygen et Sphinx.

Programmation scientifique pour les ingénieurs: introduction à GIT

Couvre les bases de la programmation scientifique pour les ingénieurs, en soulignant l'importance de GIT pour le travail collaboratif et en fournissant un aperçu des défis du développement de logiciels scientifiques.

Comprendre l'analyse des données

Couvre les bases de l'analyse des données, des méthodes statistiques et des applications pratiques.

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Éditeur de texte

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