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Programmation R : conditions, boucles, fonctions et graphiques

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Dans cours

BIO-373: Genetics and genomics

The theoretical part of this course covers classical genetics and contemporary genomics. Because bioinformatics has become important for genomic research, the course also includes practical applications to genomic analyses using Python, including group pro ...

Description

Cette séance de cours couvre l'utilisation des conditions (si, sinon), des boucles (pour, appliquer), des fonctions et des graphiques dans la programmation R. Il comprend des exemples pratiques tels que la création de trames de données, l'accès aux données et les fonctions d'écriture. La séance de cours se penche également sur l'application de la fonction « appliquer » pour le bouclage et le tracé de différents types de graphiques.

Enseignant·e·s (2)

Jacques Fellay

Jacques Fellay is a medical scientist with expertise in infectious diseases and human genomics. He obtained his MD from the University of Lausanne in 2002 and his PhD from University of Utrecht. After a clinical training in infectious diseases in Switzerland and a 4-years postdoctoral fellowship at Duke University, he joined the EPFL in April 2011 with an SNF Professorship. On top of his EPFL affiliation, Jacques is also Head of Precision Medicine at the University Hospital (CHUV) in Lausanne, Group Leader at the Swiss Institute of Bioinformatics, and Co-director of the Health2030 Genome Center at Campus Biotech in Geneva.

Bart Deplancke

Enseignement et PhD Doctorant·es actuel·les Wenyu Liu, Théo Nass, Augoustina Maria Economou, Horia Hashimi, Timothée Ferrari, Loïc David, Laurine Cécile Florentine Van Gijn, Angelika Gebhart, Camille Lucie Germaine Lambert, Marie Denise Rumpler, Antoni Jakub Gralak, Elisa Bugani, Geoffray Marie-Devillard A dirigé les thèses EPFL de Jovan Simicevic, Carine Delattre-Gubelmann, Andreas Massouras, Irina Krier, Alina Isakova, Sebastian Martin Waszak, Rachana Narendra Pradhan, Adamandia Kapopoulou, Roel Bevers,

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Concepts associés (32)

Système de fichiers

Le terme système de fichiers (abrégé « FS » pour File System, parfois filesystem en anglais) désigne de façon ambigüe : soit l'organisation hiérarchique des fichiers au sein d'un système d'exploitation (on parle par exemple du file system d'une machine unix organisé à partir de sa racine (/) ) soit l'organisation des fichiers au sein d'un volume physique ou logique, qui peut être de différents types (par exemple NTFS, , FAT32, ext2fs, ext3fs, ext4fs, zfs, btrfs, etc.

Fichier informatique

thumb|Pictogrammes représentant des fichiers. Un fichier informatique est au sens commun, une collection, un ensemble de données numériques réunies sous un même nom, enregistrées sur un support de stockage permanent, appelé mémoire de masse, tel qu'un disque dur, un cédérom, une mémoire flash ou une bande magnétique, une série de cartes perforées et manipulées comme une unité. Techniquement un fichier est une information numérique constituée d'une séquence d'octets, c'est-à-dire d'une séquence de nombres, permettant des usages divers.

Gestionnaire de fichiers

Un gestionnaire de fichiers présente les fichiers informatiques situés sur une ou plusieurs machines, affiche des informations sur eux (nom, taille, aperçu...), permet de trier leur présentation et d'effectuer sur eux quelques opérations, individuellement ou en les groupant. Il permet aussi la création et la suppression de fichiers et de répertoires Travaillant le plus souvent dans une interface graphique, il permet aussi ouverture, visualisation, impression, renommage, déplacement ou copie, la suppression, affichage et modification de propriétés et recherche de fichiers.

Descripteur de fichier

En informatique, un descripteur de fichier (file descriptor en anglais) est une clé abstraite pour accéder à un fichier (c'est un entier). On utilise généralement ce terme pour les systèmes d'exploitation POSIX. Dans la terminologie de Microsoft Windows et dans le contexte de la bibliothèque stdio.h, on préfère le terme filehandle, bien que ce soit techniquement un objet différent . Dans POSIX, un descripteur de fichier est un entier, et plus spécifiquement dans le langage C, un entier de type int.

File locking

File locking is a mechanism that restricts access to a , or to a region of a file, by allowing only one user or process to modify or delete it at a specific time and to prevent reading of the file while it's being modified or deleted. Systems implement locking to prevent the classic interceding update scenario, which is a typical example of a race condition, by enforcing the serialization of update processes to any given file.

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Séances de cours associées (64)

Programmation Python : Structures et fonctions de données

Couvre les concepts avancés de programmation Python, y compris les structures et fonctions de données.

Introduction à la programmation R pour la génétique et la génomique

Introduit un cours sur la génétique et la génomique, en se concentrant sur la programmation R avec des exercices interactifs.

Équation de Boltzmann: Terme de diffusion

Couvre le terme de diffusion de l'équation de Boltzmann et la diffusion des porteurs, y compris les phonons, les électrons, les photons et les molécules.

Matlab 2 : Vectorisation et fonctions

Couvre la vectorisation, les fonctions et le contrôle de flux dans Matlab, en soulignant l'importance d'éviter les variables globales et en fournissant des exemples de graphiques simples et de techniques de débogage.

Espaces de distribution et d'interpolation

Explore les espaces de distribution et d'interpolation, en montrant leur importance dans l'analyse mathématique et les calculs impliqués.

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Fichier informatique

Gestionnaire de fichiers

Descripteur de fichier

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