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Séance de cours

Outils de biologie chimique

Description

Cette séance de cours porte sur les outils de biologie chimique avancés, y compris le digesteur de peptides/protéases pour l'identification des cibles à base de spectrométrie de masse, le retrait d'affinité pour l'enrichissement des cibles et la chimie du couplage de clics. Il explore l'identification quantitative des cibles à l'aide d'un étiquetage isotopique stable et d'un ABPP compétitif pour les interactions entre les petites molécules et les protéines.

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Concepts associés (32)

Inhibiteur enzymatique

thumb|upright=1.2|Complexe d'une protéase du VIH (rubans rouges, bleus et jaunes) associée à l'inhibiteur qu'est le ritonavir (petite structure en bâtons et boules près du centre). Un inhibiteur enzymatique est une substance se liant à une enzyme et qui en diminue l'activité. Un inhibiteur peut empêcher la fixation du substrat sur le site actif en se fixant à sa place, ou provoquer une déformation de l'enzyme qui rend celle-ci inactive (inhibiteur allostérique).

Interaction protéine-protéine

thumb|upright=1.2|L'inhibiteur de la ribonucléase en forme de fer à cheval (en représentation « fil de fer ») forme une interaction protéine–protéine avec la protéine de la ribonucléase. Les contacts entre les deux protéines sont représentés sous forme de taches colorées. Une Interaction protéine–protéine apparait lorsque deux ou plusieurs protéines se lient entre elles, le plus souvent pour mener à bien leur fonction biologique.

Protéomique

La protéomique désigne la science qui étudie les protéomes, c'est-à-dire l'ensemble des protéines d'une cellule, d'un organite, d'un tissu, d'un organe ou d'un organisme à un moment donné et sous des conditions données. Dans la pratique, la protéomique s'attache à identifier de manière globale les protéines extraites d'une culture cellulaire, d'un tissu ou d'un fluide biologique, leur localisation dans les compartiments cellulaires, leurs éventuelles modifications post-traductionnelles ainsi que leur quantité.

Métabolomique

La métabolomique est une science très récente qui étudie l'ensemble des métabolites primaires (sucres, acides aminés, acides gras) et des métabolites secondaires dans le cas des plantes (polyphénols, flavonoïdes, alcaloïdes) présents dans une cellule, un organe ou un organisme. C'est l'équivalent de la génomique pour l'ADN. Elle utilise la spectrométrie de masse et la résonance magnétique nucléaire. Médecine : selon des chercheurs de la Harvard Medical School, les taux sanguins de cinq acides aminés (isoleucine, leucine, valine, tyrosine et phénylalanine) aideraient à prédire le risque de diabète.

Interaction non covalente

Une interaction non covalente diffère d'une liaison covalente en ce qu'elle n'implique pas le partage d'électrons, mais implique plutôt des variations plus dispersées des interactions électromagnétiques entre molécules ou au sein d'une molécule. L' énergie chimique libérée lors de la formation d'interactions non covalentes est généralement de l'ordre de 1 à 5 kcal / mol ( à pour 6,02 × 1023 molécules). Les interactions non covalentes peuvent être classées en différentes catégories, telles que les effets électrostatiques, les effets π, les forces de van der Waals et les effets hydrophobes.

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Séances de cours associées (35)

Profilage des protéines : spectrométrie de masse et outils d'identification des cibles

Explore le profilage des protéines à l'aide de la spectrométrie de masse, des techniques d'enrichissement des cibles et de la protéomique quantitative.

Réactivité protéique et sondes chimiques

Explore la réactivité des protéines, les sondes chimiques et la chimioprotéomique quantitative dans les systèmes biologiques.

Profil de protéome quantitatif : Identification des cibles chimiques

Explore le profilage quantitatif des protéomes pour l'identification des cibles de médicaments au moyen du profilage des protéines basé sur l'activité et des techniques avancées de spectrométrie de masse.

Méthodes de profilage en protéomique

Explore les méthodes de profilage protéomique, y compris les approches ABPP, MS et l'identification quantitative des cibles à l'aide de l'étiquetage SILAC et TMT.

Profil de protéines fondé sur l'activité : Identification des sites drogués

Explore le profilage des protéines basé sur les activités pour l'identification des sites drogués et les stratégies visant à minimiser la réactivité non ciblée des inhibiteurs covalents.

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Concepts associés (32)

Inhibiteur enzymatique

Interaction protéine-protéine

Protéomique

Métabolomique

Interaction non covalente

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