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Spectrométrie de masse des protéines et protéomique: Techniques et applications

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Dans cours

CH-419: Protein mass spectrometry and proteomics

In systems biology, proteomics represents an essential pillar. The understanding of protein function and regulation provides key information to decipher the complexity of living systems. Proteomic technology now enables deep quantitative proteome mapping v ...

Description

Cette séance de cours couvre diverses techniques de spectrométrie de masse des protéines et de protéomique, y compris les méthodes de marquage des protéines comme le SILAC et l'ICAT, l'analyse de l'intensité des ions précurseurs, le marquage des isotopes stables métaboliques et le SILAC pulsé. Il traite également de l'utilisation des marqueurs de masse tandem (TMT) et du marquage isobare pour la quantification relative et absolue (iTRAQ) dans la quantification de mélanges de protéines complexes. La séance de cours se penche sur la découverte de biomarqueurs, la réponse aux stimuli et les méthodes de SP ciblées pour une quantification précise. En outre, il explore des bases de données comme UniProtKB et la conversion des spectres de masse en listes de crêtes pour analyse.

Enseignant·e

Loïc Dayon

Enseignement et PhD Cours Protein mass spectrometry and proteomics CH-419 L'analyse protéomique est un pilier essentiel de la biologie des systèmes, permettant une meilleure compréhension du vivant. Les technologies protéomiques, et en particulier celles basées sur la spectrométrie de masse, permettent désormais de cartographier les protéomes à large échelle.

Source officielle

Proximité ontologique

Chimie

Chimie analytique: Spectrométrie de masse

Concepts associés (32)

Tandem mass spectrometry

Tandem mass spectrometry, also known as MS/MS or MS2, is a technique in instrumental analysis where two or more mass analyzers are coupled together using an additional reaction step to increase their abilities to analyse chemical samples. A common use of tandem MS is the analysis of biomolecules, such as proteins and peptides. The molecules of a given sample are ionized and the first spectrometer (designated MS1) separates these ions by their mass-to-charge ratio (often given as m/z or m/Q).

Traceur isotopique

Les traceurs isotopiques sont utilisés en chimie, en hydrochimie, en géologie isotopique et en biochimie afin de mieux comprendre certaines réactions chimiques, interactions ou la cinétique environnementale de certains éléments. Les processus biologiques, physiques et chimiques induisent en effet une répartition différentielle des isotopes légers et lourds, comportement appelé fractionnement isotopique. Le traçage isotopique utilise cette propriété des traceurs isotopiques.

Spectrométrie de masse

thumb|right|Spectromètre de masse La spectrométrie de masse est une technique physique d'analyse permettant de détecter et d'identifier des molécules d’intérêt par mesure de leur masse, et de caractériser leur structure chimique. Son principe réside dans la séparation en phase gazeuse de molécules chargées (ions) en fonction de leur rapport masse/charge (m/z). Elle est utilisée dans pratiquement tous les domaines scientifiques : physique, astrophysique, chimie en phase gazeuse, chimie organique, dosages, biologie, médecine, archéologie.

Quantification (logique)

vignette|Symboles mathématiques des deux quantificateurs logiques les plus courants.|236px En mathématiques, les expressions « pour tout » (ou « quel que soit ») et « il existe », utilisées pour formuler des propositions mathématiques dans le calcul des prédicats, sont appelées des quantifications. Les symboles qui les représentent en langage formel sont appelés des quantificateurs (ou autrefois des quanteurs). La quantification universelle (« pour tout ... » ou « quel que soit ... ») se dénote par le symbole ∀ (un A à l'envers).

Universal quantification

In mathematical logic, a universal quantification is a type of quantifier, a logical constant which is interpreted as "given any", "for all", or "for any". It expresses that a predicate can be satisfied by every member of a domain of discourse. In other words, it is the predication of a property or relation to every member of the domain. It asserts that a predicate within the scope of a universal quantifier is true of every value of a predicate variable.

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