La sélection fréquence-dépendante est un mécanisme de sélection des individus par rapport à la fréquence de leur génotype dans une population polymorphique. Plusieurs allèles d'un même gène peuvent impliquer des phénotypes différents, aussi bien au niveau purement morphologique que comportemental. Ce qui importe ici est le gain en valeur sélective qui va dépendre de la fréquence des autres phénotypes : un individu avec un phénotype considéré comme "rare" par rapport aux autres individus pourra gagner en survie ou reproduction grâce à cette rareté : on parle alors de sélection fréquence-dépendante négative. C'est-à-dire qu'un individu sera favorisé et aura un gain plus important en fitness si son phénotype est moins fréquent que les autres individus de la population. C'est une des pressions de sélection les plus fortes connues à ce jour, cependant les exemples dans la nature sont assez rares, tout du moins difficilement observables directement. On peut définir la sélection fréquence-dépendante négative de la façon suivante : plus un allèle est répandu dans une population, plus la fitness associée à ce phénotype diminue. Cette sélection s'applique aussi bien sur des critères morphologiques comme la couleur du corps, mais également sur le comportement. Des études menées sur des Drosophiles par Mark J. Fitzpatrick (Maintaining a behaviour polymorphism by frequency-dependent selection on a single gene) ont permis de mettre en évidence une sélection fréquence-dépendante négative sur le comportement des larves de drosophile lorsque le milieu est pauvre en nourriture. Des drosophiles avec un comportement "rare" par rapport aux autres avaient une meilleure survie jusqu'au stade adulte. Cette différence n'était pas observable dans des milieux riches en nourriture. Cette étude a aussi mis en exergue le fait que la sélection fréquence-dépendante négative peut agir sur un seul gène, et qu'elle est parfois dépendante des conditions environnementales. thumb|Un Guppy mâle. D'après l'étude menée par Robert Olendorf, F.