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Efficient String Matching Algorithms for Combinatorial Universal Denoising

2005
Conference Papers

Résumé

Inspired by the combinatorial denoising method {\tt DUDE} \cite{WOSVW04}, we present efficient algorithms for implementing this idea for arbitrary contexts or for using it within subsequences. We also propose effective, efficient denoising error estimators so we can find the best denoising of an input sequence over different context lengths. Our methods are simple, drawing from string matching methods and radix sorting. We also present experimental results of our proposed algorithms.

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2005
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Concepts associés (32)

Langage algébrique

En théorie des langages formels, un langage algébrique ou langage non contextuel est un langage qui est engendré par une grammaire algébrique. De manière équivalente, un langage algébrique est un langage reconnu par un automate à pile. Les langages algébriques forment les langages de dans la hiérarchie de Chomsky. Ils ont des applications importantes dans la description des langages de programmation et en linguistique. Ils interviennent également dans la description des langages XML.

Grammaire contextuelle

Une grammaire contextuelle est une grammaire formelle dans laquelle les substitutions d'un symbole non terminal sont soumises à la présence d'un contexte gauche et d'un contexte droit. Elles sont plus générales que les grammaires algébriques. Les langages formels engendrés par les grammaires contextuelles sont les langages contextuels. Ils sont reconnus par les automates linéairement bornés. Les grammaires contextuelles ont été décrites par Noam Chomsky. Ce sont les grammaires de type 1 dans la hiérarchie de Chomsky.

Tri par base

En algorithmique le tri par base, ou tri radix de radix sort en anglais, est un algorithme de tri, utilisé pour ordonner des éléments identifiés par une clef unique. Chaque clef est une chaîne de caractères ou un nombre que le tri par base trie selon l'ordre lexicographique. Cet algorithme a besoin d'être couplé avec un ou plusieurs algorithmes de tri stable. Le principe de l'algorithme est le suivant : On considère le chiffre le moins significatif de chaque clef. On trie la liste des éléments selon ce chiffre avec un algorithme de tri stable.

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