Antibiotic sensitivity testingAntibiotic sensitivity testing or antibiotic susceptibility testing is the measurement of the susceptibility of bacteria to antibiotics. It is used because bacteria may have resistance to some antibiotics. Sensitivity testing results can allow a clinician to change the choice of antibiotics from empiric therapy, which is when an antibiotic is selected based on clinical suspicion about the site of an infection and common causative bacteria, to directed therapy, in which the choice of antibiotic is based on knowledge of the organism and its sensitivities.
Microbiote de l'organisme humainLe microbiote de l'organisme humain, anciennement dénommé flore microbienne de l'organisme humain, est l'ensemble des bactéries, microchampignons et autres micro-organismes que le corps humain contient en grand nombre. Le plus étudié des microbiotes humains est le microbiote intestinal. Le microbiote intestinal est extrêmement divers (biodiversité taxonomique, génétique et fonctionnelle). Il varie selon les individus et fluctue dans le temps, surtout dans les mois qui suivent la naissance et en période de maladie.
Résistance aux antibiotiquesLa résistance aux antibiotiques ou antibiorésistance est la capacité d'une bactérie à résister aux effets des antibiotiques. C'est l'une des formes de la pharmacorésistance, différente du phénomène de tolérance aux antibiotiques. upright=1.2|vignette|Tests de résistance aux antibiotiques : une souche de bactérie cultivée en boîte de Petri est exposée à des disques blancs contenant chacun un antibiotique différent.
Cancer de la vessieLa paroi interne de la vessie est tapissée de cellules transitionnelles qui sont à l'origine de la plupart des cancers de la vessie. L'évolution et la prise en charge dépend beaucoup du caractère invasif de la tumeur. On distingue le cancer superficiel de la vessie du cancer invasif (tumeur infiltrante). Si le cancer superficiel reste de bon pronostic, le cancer invasif de la vessie est beaucoup plus grave et nécessite des traitements agressifs. Il s'agit de l'un des dix plus fréquents cancers avec un peu plus de 500 000 cas annuels de par le monde.
Écologie microbienneL'écologie microbienne aborde la place et le rôle des micro-organismes dans un habitat (environnement, écosystème) ainsi que les interactions des micro-organismes entre eux, avec leur milieu et/ou avec un hôle (holobionte). Les micro-organismes étant très nombreux, ubiquistes (présents partout dans le monde), très diversifiés, très adaptatifs, ont une importance primordiale dans de nombreux domaines.
Milieu de cultureUn milieu de culture est un support qui permet la culture de cellules, de bactéries, de levures, de moisissures afin de permettre leur étude. En principe, les cellules trouvent dans ce milieu les composants indispensables pour leur multiplication en grand nombre, rapidement, mais aussi parfois des éléments qui permettront de privilégier un genre bactérien ou une famille. Ainsi, selon le but de la culture, il est possible de placer les micro-organismes dans des conditions optimales, ou tout à fait défavorables.
Infection nosocomialeUne est une infection contractée dans un établissement de santé. Le terme « nosocomial » vient du grec ancien nosos (maladie) et de komein (soigner), qui forment le mot nosokomia, . Une infection est dite « nosocomiale » ou « hospitalière », si elle est absente lors de l'admission du patient à l'hôpital et qu'elle se développe au moins après l'admission ou un délai supérieur à la période d'incubation. Ce délai permet de distinguer une infection d'acquisition communautaire d'une infection nosocomiale.
Hémoculturevignette|Flacons d'hémoculture Une hémoculture (abrégé couramment en « hémoc' ») est un examen sanguin essentiel en infectiologie. Il consiste en un prélèvement de sang veineux, qui est ensuite mis en culture afin d'y rechercher des microorganismes. Il est effectué si possible avant la mise en route d'une antibiothérapie. On réalise en général 3 prélèvements différents, à quelques heures d'intervalle, effectués si possible au moment d'un pic d'hyperthermie ou d'hypothermie ou lors de frissons qui signent une décharge bactériémique.
VessieLa vessie est l'organe du système urinaire dont la fonction est de recevoir l'urine terminale produite par les reins puis de la conserver avant son évacuation au cours de la miction. L'urine arrive dans la vessie par les uretères et est émise via l'urètre. La vessie est un organe musculaire pelvien creux de la forme d'une pyramide dont l'apex est étirée vers le haut et l'avant. Le point le plus déclive de la vessie est l'urètre par lequel l'urine sera évacuée lors de la miction. Ses parois sont constituées d'un muscle lisse, détrusor.
Molecular diagnosticsMolecular diagnostics is a collection of techniques used to analyze biological markers in the genome and proteome, and how their cells express their genes as proteins, applying molecular biology to medical testing. In medicine the technique is used to diagnose and monitor disease, detect risk, and decide which therapies will work best for individual patients, and in agricultural biosecurity similarly to monitor crop- and livestock disease, estimate risk, and decide what quarantine measures must be taken.
Microbiomevignette|upright=2|Phytobiome (ou microbiome d'un végétal) occupant l'endosphère (toute la plante) et ici aussi représenté compartimenté, dont en rhizosphère (sur et à proximité des racines), et phyllosphère (sur et sous les feuilles uniquement). On retrouve aussi sur (voire dans) la plante des microbes plus ou moins ubiquistes et opportunistes, éventuellement pathogènes provenant de l'air et du sol.
AntimicrobienUn antimicrobien est une famille de substances qui tuent (microbicide) ou ralentissent (microbiostatique) la croissance des microbes tels les bactéries (activité antibactérienne), les mycètes (activité antimycosique), les virus (activité antivirale), ou les parasites (activité antiparasitaire). Les antibiotiques sont une classe d'antimicrobiens antibactériens et antimycotiques qui peuvent potentiellement être utilisés comme médicaments en médecine pour traiter les infections à cause de leur basse toxicité pour l'être humain et pour l'animal.
CorynebacteriumCorynebacterium (en français les Corynébactéries) sont un genre de bacilles Gram positif de la famille des Corynebacteriaceae. Ces bactéries sont très répandues dans l'environnement (air, sol, eau douce), chez l'animal (volailles, poissons) et l'être humain où elles abondent dans le microbiote cutané et dans certaines muqueuses. Ces bactéries sont de forme irrégulière, en général de forme renflée à une extrémité (en massue). Leur mode de groupement particulier (en V, N, L ou en idéogrammes, en palissades) témoigne de leur division par fission binaire inégale.
Escherichia coliEscherichia coli, en abrégée E. coli, est une bactérie intestinale des organismes à sang chaud, Gram négatif, du genre Escherichia, en forme de bâtonnet. E. coli est une bactérie aero-anaerobie facultative, appartenant au groupe des colibacilles, très commune chez l'être humain. E. coli constitue, avec d'autres bactéries anaérobies facultatives, 0,1% du microbiote intestinal. Découverte en 1885, par le pédiatre et bactériologiste austro-allemand Theodor Escherich, dans des selles de chèvres, c'est un coliforme fécal généralement commensal.
AntibiogouvernanceL’antibiogouvernance ou gouvernance relative aux antibiotiques est un ensemble de pratiques qui visent à se doter des moyens pour lutter contre l’antibiorésistance ou résistance aux antibiotiques. Les modifications des pratiques en usage concernent aussi bien le secteur bioalimentaire que les milieux hospitaliers et vétérinaires. Elle s'appuie sur le constat "...que 30 % à 50 % des prescriptions d’antibiotiques sont inappropriées, et ce, particulièrement lors d’infections respiratoires virales comme le rhume ou la grippe," favorisant ainsi le développement de certaines souches de bactéries résistantes et annulant par le fait même leur efficacité.
Infection urinaireUne infection urinaire (ou infection des voies urinaires ou IVU) est définie par la colonisation des urines par des bactéries, ce qui se traduit le plus souvent par des signes infectieux urinaires. Elles sont très fréquentes, en particulier chez les nourrissons et les jeunes enfants, les femmes enceintes. Il existe deux tableaux principaux d'infection urinaire : la cystite (infection de la vessie) et la pyélonéphrite aiguë (infection du rein, PNA). Elles se traitent très bien par antibiotiques.
Acide aminé essentielvignette|Formule de la L-Lysine, un acide aminé dont la présence est cruciale en alimentation humaine. Un acide aminé essentiel, ou acide aminé indispensable (en anglais : IAA), est un acide aminé qui ne peut être synthétisé de novo par l'organisme ou qui est synthétisé à une vitesse insuffisante, et doit donc être apporté par l'alimentation, condition nécessaire au bon fonctionnement de l'organisme. Chez l'humain, neuf acides aminés sont considérés comme essentiels : le tryptophane, la lysine, la méthionine, la phénylalanine, la thréonine, la valine, la leucine, l'isoleucine et l'histidine.
Concentration minimale inhibitriceEn microbiologie, la concentration minimale inhibitrice (CMI) est la plus faible concentration d'un produit chimique, généralement un médicament, qui empêche la croissance visible d'une ou de plusieurs bactéries. La CMI dépend du micro-organisme considéré, de l'être humain affecté (in vivo uniquement) et de l'antibiotique lui-même. La CMI est déterminée en préparant des solutions du produit chimique in vitro à diverses concentrations croissantes, en incubant les solutions avec des groupes séparés de bactéries en culture et en mesurant les résultats en utilisant une méthode de dilution standardisée (agar ou microdilution).
Pathogenic bacteriaPathogenic bacteria are bacteria that can cause disease. This article focuses on the bacteria that are pathogenic to humans. Most species of bacteria are harmless and are often beneficial but others can cause infectious diseases. The number of these pathogenic species in humans is estimated to be fewer than a hundred. By contrast, several thousand species are part of the gut flora present in the digestive tract.
BactérieLe terme bactérie est un nom vernaculaire qui désigne certains organismes vivants microscopiques et procaryotes présents dans tous les milieux. Le plus souvent unicellulaires, elles sont parfois pluricellulaires (généralement filamenteuses), la plupart des espèces bactériennes ne vivant pas individuellement en suspension, mais en communautés complexes adhérant à des surfaces au sein d'un gel muqueux (biofilm). vignette|200px|Coques à gauche, Spirillum au centre, bacille à droite.
