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A Process for Digitizing and Simulating Biologically Realistic Oligocellular Networks Demonstrated for the Neuro-Glio-Vascular Ensemble

Pierre Magistretti, Henry Markram, Felix Schürmann, Daniel Keller, Marwan Muhammad Ahmed Abdellah, Renaud Jolivet, Stefan Eilemann, Jay Coggan, Corrado Cali

One will not understand the brain without an integrated exploration of structure and function, these attributes being two sides of the same coin: together they form the currency of biological computation. Accordingly, biologically realistic models require ...

2018

Bio-physically plausible visualization of highly scattering fluorescent neocortical models for in silico experimentation

Henry Markram, Felix Schürmann, Marwan Muhammad Ahmed Abdellah, Julian Charles Shillcock, Stefan Eilemann, Ahmet Bilgili

Background: We present a visualization pipeline capable of accurate rendering of highly scattering fluorescent neocortical neuronal models. The pipeline is mainly developed to serve the computational neurobiology community. It allows the scientists to visu ...

2017

Reconstruction and visualization of large-scale volumetric models of neocortical circuits for physically-plausible in silico optical studies

Henry Markram, Felix Schürmann, Marwan Muhammad Ahmed Abdellah, Juan Bautista Hernando Vieites, Stefan Eilemann, Nicolas Antille

Background: We present a software workflow capable of building large scale, highly detailed and realistic volumetric models of neocortical circuits from the morphological skeletons of their digitally reconstructed neurons. The limitations of the existing a ...

2017