Séance de cours

Protéine Abondance: Random Walks

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Dans cours

BIO-369: Randomness and information in biological data

Biology is becoming more and more a data science, as illustrated by the explosion of available genome sequences. This course aims to show how we can make sense of such data and harness it in order to understand biological processes in a quantitative way. ...

Description

Cette séance de cours aborde le concept de l'abondance des protéines comme une marche aléatoire, explorant comment les fluctuations des niveaux de protéines dans les cellules peuvent être modélisées à l'aide d'une simple simulation. Il explore également le modèle Moran en génétique des populations, illustrant comment la sélection, lélimination et la reproduction ont un impact sur la dynamique des différents types dindividus au sein dune population.

Enseignant·e

Anne-Florence Raphaëlle Bitbol

I was trained in physics, and always had a strong interest in biology. I am broadly interested in understanding biological phenomena in a quantitative way, through physical concepts and mathematical and computational tools. I investigate the relative impacts of optimization and historical contingency in biological evolution, both at the scale of protein sequences and at the scale of microbial populations.Here is my research group website.Curriculum vitae Here is my complete CV. Professional experience:Since

Source officielle

Proximité ontologique

Biologie

Génétique: Génétique des populations

Concepts associés (32)

Génétique des populations

La génétique des populations (GDP) est l'étude de la distribution et des changements de la fréquence des versions d'un gène (allèles) dans les populations d'êtres vivants, sous l'influence des « pressions évolutives » (sélection naturelle, dérive génétique, recombinaison, mutation, et migration). Les changements de fréquence des allèles sont un aspect majeur de l'évolution, la fixation de certains allèles conduit à une modification génétique de la population, et l'accumulation de tels changements dans différentes populations peut conduire au processus de spéciation.

Population structure (genetics)

Population structure (also called genetic structure and population stratification) is the presence of a systematic difference in allele frequencies between subpopulations. In a randomly mating (or panmictic) population, allele frequencies are expected to be roughly similar between groups. However, mating tends to be non-random to some degree, causing structure to arise. For example, a barrier like a river can separate two groups of the same species and make it difficult for potential mates to cross; if a mutation occurs, over many generations it can spread and become common in one subpopulation while being completely absent in the other.

Sélection naturelle

vignette|Selon les principes de la sélection naturelle de Darwin, les pinsons des Galápagos sont issus d'une espèce souche venue du continent. La sélection s'est traduite par une spécialisation de la taille de leur bec en liaison avec leur régime alimentaire (seconde édition de son la publiée en 1845). En biologie, la est l'un des mécanismes moteurs de l'évolution des espèces qui explique le succès reproductif différentiel entre des individus d'une même espèce et le succès différentiel des gènes présents dans une population.

Directional selection

In population genetics, directional selection, is a mode of negative natural selection in which an extreme phenotype is favored over other phenotypes, causing the allele frequency to shift over time in the direction of that phenotype. Under directional selection, the advantageous allele increases as a consequence of differences in survival and reproduction among different phenotypes. The increases are independent of the dominance of the allele, and even if the allele is recessive, it will eventually become fixed.

Sélection stabilisatrice

En génétique des populations, la sélection stabilisatrice ou stabilisante (à ne pas confondre avec la sélection négative ou purificatrice) est un mode de sélection naturelle dans laquelle la moyenne de la population se stabilise sur une valeur de trait non extrême particulière. On pense que c'est le mécanisme d'action le plus courant pour la sélection naturelle car la plupart des traits ne semblent pas changer radicalement au cours du temps.

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Séances de cours associées (39)

Variation génétique dans les populations

Explore la variation génétique des populations, la loi Hardy-Weinberg, la sélection naturelle, et plus encore.

Random Walks et Moran Process

Explore les promenades aléatoires dans les systèmes biologiques, les abondances de protéines et le processus Moran dans la génétique des populations.

Diversité génétique : évolution et mécanismes

Couvre le rôle de la diversité génétique dans l'évolution, y compris la sélection naturelle, la mutation et la spéciation.

Random Walks et modèle Moran en génétique des populations

Explore les promenades aléatoires, le modèle Moran, la chimiotaxie bactérienne, l'entropie, la théorie de l'information et les sites en coévolution dans les protéines.

Expression des gènes : Introduction et analyse des données

Couvre la quantification des données d'expression génique, l'analyse du génome et les études à grande échelle.

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Concepts associés (32)

Génétique des populations

Population structure (genetics)

Sélection naturelle

Directional selection

Sélection stabilisatrice

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