Classification des virusLa classification des virus n'est pas intégrée à celle réalisée pour les êtres vivants, l'appartenance même des virus au monde vivant étant sujette à débat. Deux méthodes font autorité : la classification Baltimore, proposée par David Baltimore, lauréat du prix Nobel de physiologie ou médecine en 1975, qui est basée sur le type d'acide nucléique des virus (ADN ou ARN) et son mode d'expression ; la classification de l'International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), qui utilise une méthode assez semblable à celle utilisée pour les êtres vivants, où les virus sont rangés par ordre, famille, sous-famille, genre et espèce.
InfectionAn infection is the invasion of tissues by pathogens, their multiplication, and the reaction of host tissues to the infectious agent and the toxins they produce. An infectious disease, also known as a transmissible disease or communicable disease, is an illness resulting from an infection. Infections can be caused by a wide range of pathogens, most prominently bacteria and viruses. Hosts can fight infections using their immune systems. Mammalian hosts react to infections with an innate response, often involving inflammation, followed by an adaptive response.
PaléovirologieLa paléovirologie est l'étude des virus ou d'anciennes souches virales qui existaient dans le passé et qu'on ne retrouve plus aujourd'hui. Elle cherche à retracer les vagues d’infections virales passées pour parvenir à comprendre comment les organismes infectés ont réussi à se prémunir contre ces attaques. De cette façon, les connaissances acquises contribuent à fournir un cadre conceptuel et les outils nécessaires au développement de nouvelles stratégies médicales de lutte contre les virus pathogènes.
Virus oncogèneLes virus oncogènes sont des virus ayant la capacité de rendre cancéreuse la cellule qu’ils infectent. Le mot « oncogène » est issu du grec oncos, qui signifie « tumeur ». De façon générale, ils sont responsables de 15 % des cancers. Ces virus possèdent globalement les mêmes caractéristiques que les autres virus (mode d’action, structure, composition...) et ont la faculté d’infecter aussi bien l’homme que d’autres espèces (animales ou végétales).
VirologieLa virologie est la discipline scientifique s'attachant à l'étude, l'utilisation et la lutte contre les virus et agents infectieux assimilés (viroïde, etc). La virologie est généralement considérée comme une branche de la biologie (microbiologie, agronomie en particulier pour créer des organismes génétiquement modifiés, évolution des espèces) ou de la médecine (pathologie, thérapie génique, autres thérapies innovantes basées sur les virus (cancérologie, contrôle du microbiote, etc)).
Realm (virologie)En virologie, le realm (terme anglais officiel) est le rang taxinomique le plus élevé d'une nouvelle classification établie en 2020 par lInternational Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV, « Comité international de taxinomie des virus »), qui supervise la taxinomie des virus. En français, ce terme peut être traduit par domaine (bien que l'ICTV ait cherché explicitement à faire la distinction avec le domaine en biologie) ou règne (différent du règne en biologie dont l'équivalent en anglais est « kingdom »).
Introduction to virusesA virus is a tiny infectious agent that reproduces inside the cells of living hosts. When infected, the host cell is forced to rapidly produce thousands of identical copies of the original virus. Unlike most living things, viruses do not have cells that divide; new viruses assemble in the infected host cell. But unlike simpler infectious agents like prions, they contain genes, which allow them to mutate and evolve. Over 4,800 species of viruses have been described in detail out of the millions in the environment.
Phytovirusvignette|Attaque du virus de la mosaïque jaune du navet sur chou. vignette|Symptômes du virus de la marbrure légère du piment sur poivrons. Un phytovirus, ou virus de plantes, est un virus s'attaquant aux organismes végétaux. Ces virus ont la particularité de pénétrer la cellule végétale de leur hôte afin de détourner à leur profit les mécanismes de la cellule et leur permettre de se reproduire. Cette multiplication virale finit par provoquer une modification métabolique ou la destruction de la cellule.
Ordre (biologie)vignette|Classification En biologie, l'ordre est le quatrième niveau de classification classique des espèces vivantes (voir systématique). Selon Ruggiero (2015), les 7 règnes du vivant sont constitués de 1468 ordres. Le nom des ordres se termine par le suffixe -ales chez les plantes, les algues et champignons. Pour le règne animal, des suffixes par défaut sont mis en place seulement à partir du rang de super-famille (ICZN article 29.2). Cependant, le nom des ordres est souvent terminé par le suffixe -formes voulant dire que l'ordre regroupe des espèces de même aspect.
Système immunitairevignette|Un lymphocyte, principale composante du système immunitaire adaptatif des vertébrés. Le système immunitaire d'un organisme est un système biologique complexe constitué d'un ensemble coordonné d'éléments de reconnaissance et de défense qui discrimine le soi du non-soi. Ce qui est reconnu comme non-soi est détruit. Il protège l'organisme des agents pathogènes : virus, bactéries, parasites, certaines particules ou molécules « étrangères » (dont certains poisons), mais est responsable du phénomène de rejet de greffe.
BactérieLe terme bactérie est un nom vernaculaire qui désigne certains organismes vivants microscopiques et procaryotes présents dans tous les milieux. Le plus souvent unicellulaires, elles sont parfois pluricellulaires (généralement filamenteuses), la plupart des espèces bactériennes ne vivant pas individuellement en suspension, mais en communautés complexes adhérant à des surfaces au sein d'un gel muqueux (biofilm). vignette|200px|Coques à gauche, Spirillum au centre, bacille à droite.
CapsideChez un virus, la capside est la structure qui entoure le génome, l'acide nucléique (ADN ou ARN). Elle est constituée de très nombreuses unités protéiques qui se regroupent pour former des ensembles structurels identiques appelés capsomères. Le nucléocapside est l'ensemble formé de la capside du virus (présente chez les virus nus ou enveloppés, l'enveloppe ou péplos n'étant pas la capside, mais une enveloppe lipoprotéique entourant la capside) et du génome viral (ARN ou ADN).
Acide ribonucléiquevignette|Structure tridimensionnelle d'un ARN régulateur (riboswitch). vignette|Structure moléculaire de l'ARN. L'acide ribonucléique ou ARN (en anglais, RNA, pour ribonucleic acid) est un acide nucléique présent chez pratiquement tous les êtres vivants, et aussi chez certains virus. L'ARN est très proche chimiquement de l'ADN et il est d'ailleurs en général synthétisé dans les cellules à partir d'un segment d'ADN matrice dont il est une copie.
MycoplasmaMycoplasma est un genre de bactérie caractérisé par l'absence de paroi cellulaire. La forme des bactéries étant stabilisée par leur paroi, les mycoplasmes sont des bactéries pléomorphes. Les espèces de ce genre sont donc insensibles aux familles d'antibiotiques ciblant les parois cellulaires (polypeptides ou bêta-lactamines). Ce genre contient plus de 100 espèces qui sont parasites ou saprotrophes (commensales chez certaines espèces) appartenant à la famille des Mycoplasmataceae.
VirusUn virus est un agent infectieux nécessitant un hôte, souvent une cellule, dont les constituants et le métabolisme déclenchent la réplication. Le nom virus a été emprunté au par Ambroise Paré au latin . La science des virus est la virologie, et ses experts sont des virologues ou virologistes. On considère de plus en plus les virus comme faisant partie des acaryotes. Ils changent de forme durant leur cycle, passant par deux stades : Une phase extracellulaire sous forme de particule virale.
Acide ribonucléique messagervignette|Représentation schématique de la synthèse et de la maturation d'un ARN messager dans une cellule eucaryote. L'acide ribonucléique messager, ARN messager, ou ARNm (en anglais, mRNA, pour messenger ribonucleic acid), est une molécule intermédiaire d'acide ribonucléique (ARN), consistant en une copie transitoire d'une portion de l'ADN correspondant à un ou plusieurs gènes d'un organisme biologique. L'ARNm est utilisé comme intermédiaire par les cellules pour la synthèse des protéines.
Computational phylogeneticsComputational phylogenetics is the application of computational algorithms, methods, and programs to phylogenetic analyses. The goal is to assemble a phylogenetic tree representing a hypothesis about the evolutionary ancestry of a set of genes, species, or other taxa. For example, these techniques have been used to explore the family tree of hominid species and the relationships between specific genes shared by many types of organisms.
PhylogénieLa phylogenèse ou phylogénie, du grec ancien , « tribu, famille, clan » et , « création », est l'étude des liens de parenté (relations phylogénétiques ou phylétiques) entre les êtres vivants et ceux qui ont disparu : entre individus (niveau généalogique ; seule une généalogie individuelle peut répondre à la question « qui est l'ancêtre de qui ? », tandis qu'une phylogénie de groupe peut répondre à la question « qui est le plus proche parent de qui ? ») ; entre populations (à l'intérieur d'une même espèce qu
Arbre phylogénétiquevignette|upright=1.5|Arbre phylogénétique, basé sur le génome d'après Ciccarelli et al. (2006), mettant en évidence les trois domaines du vivant : les eucaryotes en rose (animaux, champignons, plantes et protistes), les bactéries en bleu, et les archées en vert. Un arbre phylogénétique est un arbre schématique qui montre les relations de parenté entre des groupes d'êtres vivants. Chacun des nœuds de l'arbre représente l'ancêtre commun de ses descendants ; le nom qu'il porte est celui du clade formé des groupes frères qui lui appartiennent, non celui de l'ancêtre qui reste impossible à déterminer.
Phyla bactériensalt=|vignette|500x500px|Arbre phylogénétique illustrant la diversité des bactéries (en bleu), comparée aux autres organismes (eucaryotes en rouge et archées en vert). Les phyla bactériens constituent les principaux taxons, au niveau du phylum, du domaine des Eubacteria. Dans la classification scientifique du vivant établie par Linné, chaque souche bactérienne est assignée à une espèce (nomenclature binominale), correspondant à un niveau inférieur dans la hiérarchie des groupes taxonomiques.
