Séance de cours

Construction d'arbres phylogénétiques

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Dans cours

BIO-109: Introduction to life sciences (for IC)

Ce cours présente les principes fondamentaux à l'œuvre dans les organismes vivants. Autant que possible, l'accent est mis sur les contributions de l'Informatique aux progrès des Sciences de la Vie. ...

Description

Cette séance de cours couvre les étapes de la construction d'un arbre phylogénétique à l'aide de séquences d'ADN, en commençant par un calcul de matrice de distance et en progressant à travers la méthode UPGMA. Le processus consiste à combiner des séquences avec le moins de différences, à calculer des distances moyennes et à joindre itérativement des clades pour construire l'arbre.

Enseignant·e

Romain Zufferey

Enseignement et PhD Cours Biologie pour ingénieurs MSE-212 Le cours est une introduction aux sciences de la vie en tant que domaine pluridisciplinaire ayant de multiples connexions avec l'ingénierie des matériaux. Il permettra aux étudiants de trouver dans la biologie une inspiration lors des leur activités dans le domaine des matérieaux. Cellular biology and biochemistry for engineers BIO-105 Cours intégré d'introduction à la biologie cellulaire et la biochimie pour étudiant

Source officielle

Proximité ontologique

Biologie

Zoologie: Zoologie

Concepts associés (26)

Phylogénétique moléculaire

vignette|Séquençage moléculaire La phylogénétique moléculaire est l'utilisation de séquences de macromolécules biologiques pour obtenir des informations sur l'histoire évolutive des organismes vivants, et notamment sur leurs liens de parenté (leur phylogénie). C'est un important outil d'étude parmi ceux de l'évolution moléculaire. Le produit d'une analyse de phylogénétique moléculaire est soit un arbre phylogénétique, soit un graphe du réseau phylogénétique.

Computational phylogenetics

Computational phylogenetics is the application of computational algorithms, methods, and programs to phylogenetic analyses. The goal is to assemble a phylogenetic tree representing a hypothesis about the evolutionary ancestry of a set of genes, species, or other taxa. For example, these techniques have been used to explore the family tree of hominid species and the relationships between specific genes shared by many types of organisms.

Phylogénie

La phylogenèse ou phylogénie, du grec ancien , « tribu, famille, clan » et , « création », est l'étude des liens de parenté (relations phylogénétiques ou phylétiques) entre les êtres vivants et ceux qui ont disparu : entre individus (niveau généalogique ; seule une généalogie individuelle peut répondre à la question « qui est l'ancêtre de qui ? », tandis qu'une phylogénie de groupe peut répondre à la question « qui est le plus proche parent de qui ? ») ; entre populations (à l'intérieur d'une même espèce qu

Classification phylogénétique

La classification phylogénétique ou classification cladistique est une forme de classification des êtres vivants qui repose sur leur phylogénie. Elle prend son origine dans les travaux d'une école de taxonomie dite systématique phylogénétique ou systématique cladistique ou cladisme. Cette approche a pour objectif de rendre compte des relations de parenté entre les taxons, s’agissant seulement de l'apparentement, c'est-à-dire des relations de groupes frères et non des relations généalogiques d'ancêtres à descendants, entre des groupes d'organismes quel que soit leur rang taxonomique.

Phylogenetic comparative methods

Phylogenetic comparative methods (PCMs) use information on the historical relationships of lineages (phylogenies) to test evolutionary hypotheses. The comparative method has a long history in evolutionary biology; indeed, Charles Darwin used differences and similarities between species as a major source of evidence in The Origin of Species. However, the fact that closely related lineages share many traits and trait combinations as a result of the process of descent with modification means that lineages are not independent.

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Séances de cours associées (11)

Construire des arbres phylogénétiques: Algorithme UPGMA

Couvre l'algorithme UPGMA pour construire des arbres phylogénétiques et comprendre les relations génétiques.

Exploration de l'évolution: preuves moléculaires et mécanismes

Explore les preuves moléculaires et les mécanismes de l'évolution, y compris les arbres phylogénétiques et les comparaisons de protéines.

Comprendre les modèles génériques des séquences protéiques

Explore un cadre unifié pour la compréhension et l'évaluation de modèles de séquences génériques d'ADN/ARN ou de protéines, couvrant des sujets tels que la coévolution, la conservation et différents modèles tels que GREMLIN et BERT.

Exploration de l'évolution: aperçu moléculaire et comparaison des protéines

Explore l'évolution à travers des enzymes, des modèles d'ADN et des comparaisons de protéines, en discutant des connaissances moléculaires et des mécanismes évolutifs.

Sélection naturelle et origine des espèces

Discute de la sélection naturelle, de l'origine de l'espèce, de la compatibilité de la reproduction, des barrières à l'écoulement des gènes, de la classification des espèces, des modes de spéciation et de la polyploïdie.

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Concepts associés (26)

Phylogénétique moléculaire

Computational phylogenetics

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