Prédiction de contact avec les protéines : modèles de probabilités de Pseudo et de pots

Cette séance de cours introduit le problème de la prédiction des contacts dans les protéines basées sur la coévolution des acides aminés. Il présente une nouvelle approche de l'analyse de couplage direct (ACD) à l'aide des modèles Potts. Le modèle Potts est expliqué, ainsi que le problème inverse Potts et les techniques de régularisation utilisées pour éviter le surajustement. La séance de cours couvre la méthode pseudo-probabilité pour maximiser la probabilité du modèle Potts. Les scores de repondération et d'interaction des séquences sont discutés, ainsi que la comparaison entre le DCA moyen-champ et le DCA pseudo-probabilité. La séance de cours se termine par une comparaison des différentes méthodes de prédiction du contact dans les protéines.