Séance de cours

Modélisation métabolique : TFA et modèles cinétiques

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Dans cours

ChE-411: Principles and applications of systems biology

The course introduces and develops the key concepts from systems biology and systems engineering in the context of complex biological networks. The lectures elaborate on techniques and methods to model and analyze complex biological problems. ...

Description

Cette séance de cours couvre les principes et les applications de la biologie des systèmes, en se concentrant sur la modélisation métabolique à l'aide de l'analyse de l'équilibre des flux basée sur la thermodynamique (TFA) et des modèles cinétiques. Les sujets abordés comprennent la simulation des conditions de croissance, l'étude des compromis entre l'absorption des nutriments, l'analyse phénotypique et l'intégration des données métabolomiques. Les étudiants apprendront à utiliser MATLAB pour modéliser les distributions de flux, les présentations et les évaluations de projets.

Enseignant·e

Vassily Hatzimanikatis

Enseignement et PhD Doctorant·es actuel·les Denis Alain Henri Lucien Joly, Luca Milazzo, David Liaskos, Konrad Lagoda, Omar Keshk, Yigit Sibal, Ioannis Tzegiannakis A dirigé les thèses EPFL de Keng Cher Soh, Julien Racle, Noushin Hadadi, Stefano Andreozzi, Stepan Tymoshenko, Meriç Ataman, Joana Raquel Pinto Vieira, Tiziano Dallavilla, Yves Berset, Anush Chiappino-Pepe, Milenko Tokic, Tuure Eelis Hameri, Jasmin Maria Hafner, Homa Mohammadi Peyhani, Daniel Robert Weilandt, Zhaleh Hosseini, Sofia Tsouka, Mar

Source officielle

Concepts associés (32)

Voie métabolique

Une voie métabolique est un ensemble de réactions chimiques catalysées par une série d'enzymes qui agissent de manière séquentielle. Chaque réaction constitue une étape d'un processus complexe de synthèse ou de dégradation d'une molécule biologique finale. Dans une voie métabolique, le produit de la réaction catalysée par une enzyme sert de substrat pour la réaction suivante. Les voies métaboliques peuvent être linéaires, ramifiées (ou branchées), voire cycliques.

COMMAND

COMMAND (programme exécutable : COMMAND.COM) est un interpréteur de commandes standard pour les systèmes compatibles MS-DOS comme PC-DOS et IBM-DOS. Il est livré par défaut avec ces systèmes. Il existe d'autres interpréteurs pour les systèmes MS-DOS ultérieurs à ce logiciel, notamment 4DOS qui lui ajoute des fonctionnalités supplémentaires. On ne les confondra pas avec Cmd, qui est l'interpréteur de commande standard des systèmes postérieurs à MS-DOS comme Windows NT (Windows 2000, Windows XP...) et OS/2.

Metabolic network modelling

Metabolic network modelling, also known as metabolic network reconstruction or metabolic pathway analysis, allows for an in-depth insight into the molecular mechanisms of a particular organism. In particular, these models correlate the genome with molecular physiology. A reconstruction breaks down metabolic pathways (such as glycolysis and the citric acid cycle) into their respective reactions and enzymes, and analyzes them within the perspective of the entire network.

Cd (commande)

cd (ou parfois chdir, abréviation de l'anglais change directory) est une commande informatique disponible dans les interfaces en ligne de commande pour changer de répertoire courant. chdir est un appel système qui modifie l'attribut current working directory du processus qui l'invoque, cette fonction n'est pas un programme à part, et elle est intégrée à l'interpréteur de commandes. On spécifie comme premier paramètre le répertoire où l'on désire aller :

> cd Exemples :

> cd /home $> cd home Lorsque le répertoire n'est pas spécifié, le répertoire personnel de l'utilisateur qui a lancé la commande est choisi.

Cls (commande)

En informatique, la commande cls (pour ear creen en anglais) est utilisée pour effacer l'affichage. Elle est disponible avec l'interface en ligne de commande de nombreux systèmes d'exploitation mais aussi en tant qu'instruction avec certains langages de programmation comme le BASIC. Pour le langage de programmation BASIC, l'instruction CLS (noté en majuscule avec les premières versions du langage) est traduite par l'interpréteur en routine compréhensible par la machine. cls est une commande interne au programme command.

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Séances de cours associées (64)

Exercices de modélisation métabolique

Couvre des exercices sur des modèles métaboliques à l'échelle du génome, y compris l'analyse FBA et TFA, ainsi que la cinétique de modélisation.

Analyse du modèle macroéconomique

Explore l'impact des chocs de productivité et des politiques gouvernementales sur les variables économiques clés.

Matlab: Mode interactif et étapes du projet

Introduit les notions de base de Matlab, la gestion des erreurs et les concepts de projet de billard.

MATLAB Essentials : fonctions et variables

Couvre les fonctions MATLAB essentielles, les variables, les boucles et les outils de débogage.

Biologie des systèmes : effet Warburg

Explore l'effet Warburg dans les cellules cancéreuses, en discutant des changements métaboliques et de la construction du modèle cinétique.

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Concepts associés (32)

Voie métabolique

COMMAND

Metabolic network modelling

Cd (commande)

> cd Exemples :

> cd /home $> cd home Lorsque le répertoire n'est pas spécifié, le répertoire personnel de l'utilisateur qui a lancé la commande est choisi.

Cls (commande)

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