Séance de cours

Exercices de modélisation métabolique

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Dans cours

ChE-411: Principles and applications of systems biology

The course introduces and develops the key concepts from systems biology and systems engineering in the context of complex biological networks. The lectures elaborate on techniques and methods to model and analyze complex biological problems. ...

Description

Cette séance de cours couvre des exercices sur des modèles métaboliques à l'échelle du génome, y compris l'analyse FBA et TFA, ainsi que la modélisation cinétique avec des équations différentielles ordinaires. Les élèves simuleront la croissance d'E. coli dans différentes conditions, étudieront l'absorption des nutriments par rapport aux compromis entre le taux de croissance et les phénotypes basés sur l'absorption d'oxygène et de glucose.

Enseignant·e

Vassily Hatzimanikatis

Enseignement et PhD Doctorant·es actuel·les Denis Alain Henri Lucien Joly, Luca Milazzo, David Liaskos, Konrad Lagoda, Omar Keshk, Yigit Sibal, Ioannis Tzegiannakis A dirigé les thèses EPFL de Keng Cher Soh, Julien Racle, Noushin Hadadi, Stefano Andreozzi, Stepan Tymoshenko, Meriç Ataman, Joana Raquel Pinto Vieira, Tiziano Dallavilla, Yves Berset, Anush Chiappino-Pepe, Milenko Tokic, Tuure Eelis Hameri, Jasmin Maria Hafner, Homa Mohammadi Peyhani, Daniel Robert Weilandt, Zhaleh Hosseini, Sofia Tsouka, Mar

Source officielle

Proximité ontologique

Génie informatique

Mémoire (informatique): Système de fichiers

Informatique théorique

Théorie des langages de programmation: Langage de programmation de haut niveau

Concepts associés (32)

Voie métabolique

Une voie métabolique est un ensemble de réactions chimiques catalysées par une série d'enzymes qui agissent de manière séquentielle. Chaque réaction constitue une étape d'un processus complexe de synthèse ou de dégradation d'une molécule biologique finale. Dans une voie métabolique, le produit de la réaction catalysée par une enzyme sert de substrat pour la réaction suivante. Les voies métaboliques peuvent être linéaires, ramifiées (ou branchées), voire cycliques.

Réseau métabolique

Un réseau métabolique est l'ensemble des processus métaboliques et physiques qui déterminent les propriétés physiologiques et biochimiques d'une cellule. Par conséquent, ces réseaux comprennent les réactions chimiques du métabolisme, les voies métaboliques, ainsi que les interactions régulatrices qui guident ces réactions. Avec le séquençage complet des génomes, il est maintenant possible de reconstituer le réseau de réactions biochimiques dans de nombreux organismes, des bactéries aux humains.

Cls (commande)

En informatique, la commande cls (pour ear creen en anglais) est utilisée pour effacer l'affichage. Elle est disponible avec l'interface en ligne de commande de nombreux systèmes d'exploitation mais aussi en tant qu'instruction avec certains langages de programmation comme le BASIC. Pour le langage de programmation BASIC, l'instruction CLS (noté en majuscule avec les premières versions du langage) est traduite par l'interpréteur en routine compréhensible par la machine. cls est une commande interne au programme command.

MATLAB

MATLAB (« matrix laboratory ») est un langage de script émulé par un environnement de développement du même nom ; il est utilisé à des fins de calcul numérique. Développé par la société The MathWorks, MATLAB permet de manipuler des matrices, d'afficher des courbes et des données, de mettre en œuvre des algorithmes, de créer des interfaces utilisateurs, et peut s’interfacer avec d’autres langages comme le C, C++, Java, et Fortran.

Interface en ligne de commande

vignette|300px|Capture d'écran d'un shell Bash sous Gentoo. Une interface en ligne de commande ou ILC (en anglais command line interface, couramment abrégé CLI) est une interface homme-machine dans laquelle la communication entre l'utilisateur et l'ordinateur s'effectue en mode texte : l'utilisateur tape une ligne de commande, c'est-à-dire du texte au clavier pour demander à l'ordinateur d'effectuer une opération ; l'ordinateur affiche du texte correspondant au résultat de l'exécution des commandes tapées ou à des questions qu'un logiciel pose à l'utilisateur.

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Séances de cours associées (32)

Modèles d'ondes tissulaires: oscillateurs cellulaires et ondes génétiques

Explore les modèles d'ondes au niveau des tissus, les oscillateurs cellulaires, les ondes génétiques et les modèles d'expression des gènes dans la différenciation cellulaire.

Modélisation métabolique : TFA et modèles cinétiques

Explore la modélisation métabolique à laide de modèles TFA et cinétiques, couvrant la simulation de croissance, les compromis nutritifs, lanalyse phénotypique et lintégration métabolomique.

Analyse des modèles de macrofinance

Couvre les modèles macroéconomiques intégrant les marchés financiers, l'analyse des décisions financières, les événements macroéconomiques et les réponses politiques.

Méthodes numériques : équations différentielles

Couvre l'application de méthodes numériques pour résoudre des équations différentielles à l'aide de MATLAB.

Méthode des éléments finis : Applications et formulations

Explore l'application et la formulation de la méthode des éléments finis dans la résolution de divers problèmes d'ingénierie.

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Interface en ligne de commande

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