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Séance de cours

Exercices de modélisation métabolique

Dans cours

ChE-411: Principles and applications of systems biology

The course introduces and develops the key concepts from systems biology and systems engineering in the context of complex biological networks. The lectures elaborate on techniques and methods to model and analyze complex biological problems. ...

Description

Cette séance de cours couvre des exercices sur des modèles métaboliques à l'échelle du génome, y compris l'analyse FBA et TFA, ainsi que la modélisation cinétique avec des équations différentielles ordinaires. Les élèves simuleront la croissance d'E. coli dans différentes conditions, étudieront l'absorption des nutriments par rapport aux compromis entre le taux de croissance et les phénotypes basés sur l'absorption d'oxygène et de glucose.

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Enseignant·e

Vassily Hatzimanikatis

Dr. Vassily Hatzimanikatis is currently Associate Professor of Chemical Engineering and Bioengineering at Ecole Polytechnique Federale de Lausanne (EPFL), in Lausanne, Switzerland. Vassily received a PhD and an MS in Chemical Engineering from the California Institute of Technology, and his Diploma in Chemical Engineering from the University of Patras, in Greece. After the completion of his doctoral studies, he held a research group leader position at the Swiss Federal Institute of Technology in Zurich (ETHZ), Switzerland. Prior to joining EPFL, Vassily worked for three years in DuPont, Cargill, and Cargill Dow, and he has been assistant professor at Northwestern University, at Illinois, USA. Vassilys research interests are in the areas of computational systems biology, biotechnology, and complexity. He is associate editor of the journals Biotechnology & Bioengineering, Metabolic Engineering and Integrative Biology, and he serves on the editorial advisory board of the journals Bioprocess and Biosystems Engineering, Journal of Chemical Technology and Biotechnology, and Industrial Biotechnology. He has written over 70 technical publications and he is co-inventor in three patents and patent applications. Vassily is a fellow of the American Institute for Medical and Biological Engineering (2010), he was a DuPont Young Professor (2001-2004), and he has also received the Jay Bailey Young Investigator Award in Metabolic Engineering (2000), and the ACS Elmar Gaden Award (2011).

Source officielle

Proximité ontologique

Génie informatique

Mémoire (informatique): Système de fichiers

Informatique théorique

Théorie des langages de programmation: Langage de programmation de haut niveau

Concepts associés (32)

Voie métabolique

Une voie métabolique est un ensemble de réactions chimiques catalysées par une série d'enzymes qui agissent de manière séquentielle. Chaque réaction constitue une étape d'un processus complexe de synthèse ou de dégradation d'une molécule biologique finale. Dans une voie métabolique, le produit de la réaction catalysée par une enzyme sert de substrat pour la réaction suivante. Les voies métaboliques peuvent être linéaires, ramifiées (ou branchées), voire cycliques.

Glucose test

Many types of glucose tests exist and they can be used to estimate blood sugar levels at a given time or, over a longer period of time, to obtain average levels or to see how fast body is able to normalize changed glucose levels. Eating food for example leads to elevated blood sugar levels. In healthy people these levels quickly return to normal via increased cellular glucose uptake which is primarily mediated by increase in blood insulin levels. Glucose tests can reveal temporary/long-term hyperglycemia or hypoglycemia.

Interface en ligne de commande

vignette|300px|Capture d'écran d'un shell Bash sous Gentoo. Une interface en ligne de commande ou ILC (en anglais command line interface, couramment abrégé CLI) est une interface homme-machine dans laquelle la communication entre l'utilisateur et l'ordinateur s'effectue en mode texte : l'utilisateur tape une ligne de commande, c'est-à-dire du texte au clavier pour demander à l'ordinateur d'effectuer une opération ; l'ordinateur affiche du texte correspondant au résultat de l'exécution des commandes tapées ou à des questions qu'un logiciel pose à l'utilisateur.

Réseau métabolique

Un réseau métabolique est l'ensemble des processus métaboliques et physiques qui déterminent les propriétés physiologiques et biochimiques d'une cellule. Par conséquent, ces réseaux comprennent les réactions chimiques du métabolisme, les voies métaboliques, ainsi que les interactions régulatrices qui guident ces réactions. Avec le séquençage complet des génomes, il est maintenant possible de reconstituer le réseau de réactions biochimiques dans de nombreux organismes, des bactéries aux humains.

Blood glucose monitoring

Blood glucose monitoring is the use of a glucose meter for testing the concentration of glucose in the blood (glycemia). Particularly important in diabetes management, a blood glucose test is typically performed by piercing the skin (typically, via fingerstick) to draw blood, then applying the blood to a chemically active disposable 'test-strip'. The other main option is continuous glucose monitoring (CGM). Different manufacturers use different technology, but most systems measure an electrical characteristic and use this to determine the glucose level in the blood.

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Modèles d'ondes tissulaires: oscillateurs cellulaires et ondes génétiques

Explore les modèles d'ondes au niveau des tissus, les oscillateurs cellulaires, les ondes génétiques et les modèles d'expression des gènes dans la différenciation cellulaire.

Analyse des données neurophysiologiques

Explore l'analyse des données neurophysiologiques, couvrant l'identification AP, les taux de tir, l'activité sous le seuil, l'analyse spectrale FFT et l'analyse déclenchée par des événements à l'aide de MATLAB.

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MATLAB Essentials : fonctions et variables

Couvre les fonctions MATLAB essentielles, les variables, les boucles et les outils de débogage.

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Couvre les méthodes numériques pour résoudre les problèmes de valeurs limites en utilisant des méthodes de différence finie, de FFT et d'éléments finis.

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