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Comprendre la génomique du cancer

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Dans cours

BIO-471: Cancer biology I

The course covers in detail molecular mechanisms of cancer development with emphasis on cell cycle control, genome stability, oncogenes, tumor suppressor genes, signaling pathways involved in cancer, genomic cancer analysis and rational cancer therapies. ...

Description

Cette séance de cours couvre la révolution de la génomique du cancer, de The Cancer Genome Atlas aux technologies de séquençage de nouvelle génération comme Illumina. Il explique l'influence des changements génomiques sur l'expression des gènes et l'utilisation d'outils tels que RNA-seq et Reverse Phase Protein Array (RPPA). La séance de cours explore également différentes méthodes de séquençage telles que le séquençage du génome entier, le séquençage de l'exome et le séquençage ciblé, soulignant leurs applications dans la recherche et les milieux cliniques.

Enseignant·e·s (3)

Joachim Lingner

Joachim Lingner obtained his PhD (1992) at the Biozentrum of the University of Basel in the laboratory of Walter Keller studying the 3' end formation of messenger RNAs. During his postdoctoral work (1993-1997) with Thomas Cech at the Howard Hughes Medical Institute of the University of Colorado at Boulder, Lingner discovered the catalytic subunit of telomerase (TERT) which counteracts telomere shortening and cellular senescence in cancer cells, stem cells and the germ line. Since 1997, Lingner is group lead

Viesturs Simanis

Expertise Cell cycleKinase, PhosphataseCytokinesis/Fission yeast model Enseignement et PhD A dirigé les thèses EPFL de Anupama Goyal, Evelyn Lattmann, Manuela Moraru, Özge Uysal Özdemir, Michael Grüner Vindfeldt

Elisa Oricchio

Enseignement et PhD Doctorant·es actuel·les Vamsi Krishna Polavarapu, Asli Ece Kasapoglu, Konstantina Georgakopoulou, Eleni Balli A dirigé les thèses EPFL de Maria Christine Donaldson, Elena Battistello, Daniel Pereira Duarte, Frédérica Schyrr, Ruxandra-Andreea Lambuta, Aaron Simone Petruzzella, Jixing Zhong, Justine Epiney Cours Cancer biology I BIO-471 Le cours couvre les mécanismes moléculaires du développement du cancer: le cycle cellulaire; la stabilité du génome; les oncogènes; les g

Source officielle

Proximité ontologique

Biologie

Génétique: Génomique

Concepts associés (31)

Exome sequencing

Exome sequencing, also known as whole exome sequencing (WES), is a genomic technique for sequencing all of the protein-coding regions of genes in a genome (known as the exome). It consists of two steps: the first step is to select only the subset of DNA that encodes proteins. These regions are known as exons—humans have about 180,000 exons, constituting about 1% of the human genome, or approximately 30 million base pairs. The second step is to sequence the exonic DNA using any high-throughput DNA sequencing technology.

Séquençage

En biochimie, le séquençage consiste à déterminer l'ordre linéaire des composants d'une macromolécule (les acides aminés d'une protéine, les nucléotides d'un acide nucléique comme l'ADN, les monosaccharides d'un polysaccharide, etc.). En génétique, le séquençage concerne la détermination de la séquence des gènes voire des chromosomes, voire du génome complet, ce qui techniquement revient à effectuer le séquençage de l'ADN constituant ces gènes ou ces chromosomes.

Exome

L'exome est la partie du génome d'un organisme eucaryote constituée par les exons, c'est-à-dire les parties des gènes qui sont exprimées pour synthétiser les produits fonctionnels sous forme de protéines. C'est la partie du génome la plus directement liée au phénotype de l'organisme, à ses qualités structurelles et fonctionnelles. L'exome d'un être humain est estimé à 1,2 % de son génome, ce qui montre l'importance de l'ADN non codant.

Séquençage shotgun

En génétique, le séquençage shotgun (littéralement séquençage "fusil de chasse") est une méthode utilisée pour séquencer des brins d'ADN aléatoires. On l'appelle ainsi par analogie avec le modèle de tir quasi-aléatoire en pleine expansion d'un fusil de chasse : cette métaphore illustre le caractère aléatoire de la fragmentation initiale de l'ADN génomique où l'on "arrose" tout le génome, un peu comme se dispersent les plombs de ce type d'arme à feu.

Massive parallel sequencing

Massive parallel sequencing or massively parallel sequencing is any of several high-throughput approaches to DNA sequencing using the concept of massively parallel processing; it is also called next-generation sequencing (NGS) or second-generation sequencing. Some of these technologies emerged between 1993 and 1998 and have been commercially available since 2005. These technologies use miniaturized and parallelized platforms for sequencing of 1 million to 43 billion short reads (50 to 400 bases each) per instrument run.

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Séances de cours associées (64)

ADN: PCR et techniques de séquençage

Explore l'ingénierie de l'ADN à travers la PCR, le séquençage Sanger, le projet du génome humain, l'ADN recombinant, la manipulation de l'ADN bactérien et CRISPR / Cas9.

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Séquençage du génome et autisme Neurobiologie MOOC: Les neurosciences reconstruites : Génétique et développement du cerveau

Couvre le processus de préparation des bibliothèques et de traitement des données dans le séquençage du génome, et discute d'une étude à grande échelle sur la neurobiologie de l'autisme.

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Massive parallel sequencing

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