Séance de cours

Approches hybrides QM/MM

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Description

Cette séance de cours présente les approches hybrides de la mécanique quantique/mécanique moléculaire (QM/MM), couvrant des sujets tels que la partition du système, les formes typiques du potentiel MM et la mise en œuvre pratique des simulations QM/MM. Il explique les schémas additifs et soustractifs, le pilote QM et l'interaction électrostatique QM/MM. La séance de cours traite également de la mise en oeuvre pratique des simulations QM/MM, de la structure du fichier d'entrée CPMD et de l'importance de la cohérence QM/MM dans l'électrostatique.

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Concepts associés (32)

Mécanique moléculaire

vignette|Physique à l'échelle moléculaire La mécanique moléculaire correspond à l'utilisation de la mécanique newtonienne pour modéliser la structure des systèmes moléculaires. L'approche de la mécanique moléculaire est souvent appliquée pour améliorer des structures moléculaires ou des simulations utilisant soit la dynamique moléculaire, soit la méthode de Monte-Carlo. Typiquement, la mécanique moléculaire considère l'ensemble des interactions entre une collection d'atomes sphériques reliés entre eux par des ressorts fictifs qui représentent les liaisons chimiques.

Simulation de phénomènes

La simulation de phénomènes est un outil utilisé dans le domaine de la recherche et du développement. Elle permet d'étudier les réactions d'un système à différentes contraintes pour en déduire les résultats recherchés en se passant d'expérimentation. Les systèmes technologiques (infrastructures, véhicules, réseaux de communication, de transport ou d'énergie) sont soumis à différentes contraintes et actions. Le moyen le plus simple d'étudier leurs réactions serait d'expérimenter, c'est-à-dire d'exercer l'action souhaitée sur l'élément en cause pour observer ou mesurer le résultat.

Modélisation moléculaire

thumb|Animation d'un modèle compact d'ADN en forme B|327x327px|alt=Modèle de l'ADN en forme B La modélisation moléculaire est un ensemble de techniques pour modéliser ou simuler le comportement de molécules. Elle est utilisée pour reconstruire la structure tridimensionnelle de molécules, en particulier en biologie structurale, à partir de données expérimentales comme la cristallographie aux rayons X. Elle permet aussi de simuler le comportement dynamique des molécules et leur mouvements internes.

Comparison of software for molecular mechanics modeling

This is a list of computer programs that are predominantly used for molecular mechanics calculations.

Jeu de simulation

vignette|FlightGear 3.0 Boeing 777-200 cockpit.png FlightGear 3.0, screenshot from cockpit view using low specs. Un jeu de simulation est un jeu (de société ou vidéo) qui reproduit une activité ou une action dans divers environnements. Les plus populaires sont les jeux économiques ou de gestion et les jeux de rôle. Lorsque la simulation porte sur une guerre ou une bataille réelle ou fictive, on parle plutôt de jeu de stratégie ou jeu de guerre dont le jeu de figurines est une forme de représentation.

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Séances de cours associées (64)

Simulations de dynamique moléculaire

Explore les surfaces d'énergie potentielles dans les simulations de dynamique moléculaire et l'utilisation de méthodes mécaniques quantiques / moléculaires mixtes.

Dynamique quantique : solutions basées sur la trajectoire

Explore la dynamique quantique avec les trajectoires et leurs applications dans la dynamique non adiabatique et le couplage avec les champs externes.

Dynamique moléculaire sous contraintes

Explore les simulations de dynamique moléculaire sous des contraintes holonomiques, en se concentrant sur l'intégration numérique et la formulation d'algorithmes.

Méthodes hybrides QM/MM

Explore l'intégration de la mécanique quantique et de la mécanique moléculaire dans la chimie computationnelle à l'aide du logiciel CP2K.

Méthodes numériques stochastiques efficaces

Explore des méthodes numériques stochastiques efficaces pour la modélisation et l'apprentissage, couvrant des sujets comme le moteur d'analyse et les inhibiteurs de la kinase.

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This is a list of computer programs that are predominantly used for molecular mechanics calculations.

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