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Genes Mirror Géographie en Europe

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Description

Cette séance de cours traite de l'analyse des composantes principales utilisant des matrices pour rapprocher les données génétiques, en se concentrant sur l'article «Genes miroir géographie en Europe». Il couvre la construction de matrices à bas grade, de PCA et les différences génétiques entre les populations européennes.

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Concepts associés (32)

Analyse en composantes principales

L'analyse en composantes principales (ACP ou PCA en anglais pour principal component analysis), ou, selon le domaine d'application, transformation de Karhunen–Loève (KLT) ou transformation de Hotelling, est une méthode de la famille de l'analyse des données et plus généralement de la statistique multivariée, qui consiste à transformer des variables liées entre elles (dites « corrélées » en statistique) en nouvelles variables décorrélées les unes des autres. Ces nouvelles variables sont nommées « composantes principales » ou axes principaux.

Kernel principal component analysis

In the field of multivariate statistics, kernel principal component analysis (kernel PCA) is an extension of principal component analysis (PCA) using techniques of kernel methods. Using a kernel, the originally linear operations of PCA are performed in a reproducing kernel Hilbert space. Recall that conventional PCA operates on zero-centered data; that is, where is one of the multivariate observations.

Human genetic variation

Human genetic variation is the genetic differences in and among populations. There may be multiple variants of any given gene in the human population (alleles), a situation called polymorphism. No two humans are genetically identical. Even monozygotic twins (who develop from one zygote) have infrequent genetic differences due to mutations occurring during development and gene copy-number variation. Differences between individuals, even closely related individuals, are the key to techniques such as genetic fingerprinting.

Génétique des populations

La génétique des populations (GDP) est l'étude de la distribution et des changements de la fréquence des versions d'un gène (allèles) dans les populations d'êtres vivants, sous l'influence des « pressions évolutives » (sélection naturelle, dérive génétique, recombinaison, mutation, et migration). Les changements de fréquence des allèles sont un aspect majeur de l'évolution, la fixation de certains allèles conduit à une modification génétique de la population, et l'accumulation de tels changements dans différentes populations peut conduire au processus de spéciation.

Analyse génétique

Une analyse génétique est une technique d'analyse du génome des cellules d'un organisme. Les analyses génétiques se pratiquent sur tout type d'organisme. Chez les humains elles sont utilisées dans un cadre médical ou juridique (enquêtes criminelles, ou, de façon controversée, immigration). On parle d'ADN récréatif lorsque l'analyse est produite à des fins commerciales, une pratique interdite en France.

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Séances de cours associées (36)

Génétique : histoire et concepts clés

Couvre l'histoire de la génétique, des concepts clés, de la structure de l'ADN, de l'expression des gènes et du génie génétique.

Traitement statistique du signal

Couvre les modèles de mélange gaussien, le denoising, la classification des données et le tri à laide de lanalyse en composantes principales.

Analyse PCR: Différencier les origines de la viande

Explore l'analyse PCR pour la différenciation de l'origine de la viande et les variations génétiques dans les populations de poissons.

Post-génomique et défis de santé

Luca Chiapperino explore les implications de la post-génomique sur la santé et la société, en se concentrant sur la molécularisation de notre biographie, de nos expériences et de notre milieu de vie.

Simulation exacte des diffusions de Wright-Fisher couplées

Explore la simulation exacte des diffusions de Wright-Fisher couplées, couvrant la génétique des populations, les réseaux de loci en interaction et les défis de diffusion.

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Concepts associés (32)

Analyse en composantes principales

Kernel principal component analysis

Human genetic variation

Génétique des populations

Analyse génétique

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