Séance de cours

Techniques de séquençage longue lecture

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Description

Cette séance de cours introduit des techniques de séquençage à longue lecture basées sur la technologie des nanopores, qui permet le séquençage de lectures simples de kilobases-longueur sans nécessité de ligature ou d'élongation. L'instructeur explique les principes physiques derrière le séquençage des nanopores, le rôle des protéines membranaires et la corrélation entre le passage de l'ADN à travers un nanopore et les changements de tension. La séance de cours couvre également le séquençage PacBio, qui utilise des adaptateurs pour former un modèle d'ADN circulaire pour la détermination de base précise et la lecture d'étirements d'ADN plus longs.

Dans MOOC

Les neurosciences reconstruites : Génétique et développement du cerveau

Source officielle

Concepts associés (21)

Séquençage de l'ADN

cadre|Résultat du séquençage par la méthode de Sanger. L'ordre de chaque bande indique la position d'un nucléotide A,T,C ou G Le séquençage de l'ADN consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné. La séquence d’ADN contient l’information nécessaire aux êtres vivants pour survivre et se reproduire. Déterminer cette séquence est donc utile aussi bien pour les recherches visant à savoir comment vivent les organismes que pour des sujets appliqués.

Third-generation sequencing

Third-generation sequencing (also known as long-read sequencing) is a class of DNA sequencing methods currently under active development. Third generation sequencing technologies have the capability to produce substantially longer reads than second generation sequencing, also known as next-generation sequencing. Such an advantage has critical implications for both genome science and the study of biology in general. However, third generation sequencing data have much higher error rates than previous technologies, which can complicate downstream genome assembly and analysis of the resulting data.

Massive parallel sequencing

Massive parallel sequencing or massively parallel sequencing is any of several high-throughput approaches to DNA sequencing using the concept of massively parallel processing; it is also called next-generation sequencing (NGS) or second-generation sequencing. Some of these technologies emerged between 1993 and 1998 and have been commercially available since 2005. These technologies use miniaturized and parallelized platforms for sequencing of 1 million to 43 billion short reads (50 to 400 bases each) per instrument run.

Clinical metagenomic sequencing

Clinical metagenomic next-generation sequencing (mNGS) is the comprehensive analysis of microbial and host genetic material (DNA or RNA) in clinical samples from patients by next-generation sequencing. It uses the techniques of metagenomics to identify and characterize the genome of bacteria, fungi, parasites, and viruses without the need for a prior knowledge of a specific pathogen directly from clinical specimens.

Protéine membranaire

Les protéines membranaires constituent l'une des trois principales classes de protéines à côté des protéines fibreuses et des protéines globulaires. Suivant le type de cellule et d'organite cellulaire, une membrane peut contenir des centaines de protéines différentes. Chaque protéine membranaire possède une orientation définie par rapport au cytoplasme : c'est pourquoi les propriétés des faces de la membrane sont très différentes. On parle de l’asymétrie de la membrane.

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Séances de cours associées (35)

Séquence: Danger et Illumina MOOC: Les neurosciences reconstruites : Génétique et développement du cerveau

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Osmose et loi Van't Hoff

Explore la pression osmotique, les solutions diluées et les applications biologiques de l'osmose.

Séquençage monomoléculaire : stratégies et technologies

Explore les stratégies de séquençage d'une seule molécule, y compris le séquençage par synthèse et le séquençage en temps réel basé sur des guides d'ondes en mode zéro, ainsi que la translocation de l'ADN à travers les nanopores.

Transformations énergétiques : ATP et travail cellulaire

Explore les grands thèmes de la biologie, en mettant l'accent sur les transformations énergétiques au sein des systèmes cellulaires et le rôle crucial de l'adénosine triphosphate (ATP).

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Séquençage de l'ADN

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Massive parallel sequencing

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