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L', aussi appelée immunité de communauté, immunité collective ou encore immunité de groupe, est le phénomène par lequel la propagation d'une maladie contagieuse peut être enrayée dans une population si une certaine proportion des individus est immunisée, soit par vaccination, soit par immunité croisée, soit parce qu'après avoir été contaminés ils n'ont pas développé la maladie ou en ont guéri. En effet, plus la proportion de personnes immunisées augmente, plus le risque pour une personne non immunisée de rencontrer un malade et d'attraper sa maladie diminue. Au-delà d'un certain seuil, il devient impossible pour la maladie de se maintenir dans la population et elle finit par disparaître. Ce seuil dépend, entre autres, de la contagiosité de la maladie. Ainsi, au cours du , la vaccination de masse contre la variole a permis d'atteindre son seuil d'immunité grégaire (situé aux environs de 80-85 %) dans la plupart des pays du monde, permettant d'éliminer cette maladie. Dès la première moitié du , des observateurs notent des conséquences intéressantes de la vaccination contre la variole. Vers 1840, l'épidémiologiste William Farr (1807-1883) déclare : « La variole peut être entravée, et même arrêtée, par la vaccination ne protégeant qu'une partie de la population... », ce qui serait la première reconnaissance d'une protection indirecte par la vaccination, étendue aux non-vaccinés. Au début du , les épidémiologistes prennent en compte la dynamique des populations, l'équilibre évolutif qui s'instaure entre les individus infectés, susceptibles et immunisés (par la maladie ou un vaccin). Cela est rendu possible par une meilleure compréhension des maladies infectieuses étudiées non plus d'un point de vue individuel, mais collectif. Désormais, les statistiques sanitaires ne concernent plus seulement la mortalité, mais aussi la morbidité (taux de malades), d'autre part l'immunologie se développe en tant que discipline autonome, ce qui amène à un travail théorique réunissant les deux disciplines (épidémiologie et immunologie) dans un domaine commun.
[2]Paolo Prandoni, [3]LCAV, EPFL
In [1]:
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import scipy.signal as sp
import seaborn as sns
sns.set()
In [2]:
plt.rcParams["figure.figsize"] = (14,4)
The basic reproduction number[4]¶
The propagation mechanism of an epidemic such as the one caused by
SARS-CoV-2 virus can be roughly modeled, at least in its inital phase,
as a process in which each infected individ