Concept

Abalone (molecular mechanics)

Abalone is a general purpose molecular dynamics and molecular graphics program for simulations of bio-molecules in a periodic boundary conditions in explicit (flexible SPC water model) or in implicit water models. Mainly designed to simulate the protein folding and DNA-ligand complexes in AMBER force field.

Source officielle

https://en.wikipedia.org/wiki/Abalone_(molecular_mechanics)

À propos de ce résultat

Cette page est générée automatiquement et peut contenir des informations qui ne sont pas correctes, complètes, à jour ou pertinentes par rapport à votre recherche. Il en va de même pour toutes les autres pages de ce site. Veillez à vérifier les informations auprès des sources officielles de l'EPFL.

Séances de cours associées (6)

Dynamique du polymère d'anneau

Explore la dynamique moléculaire de l'anneau polymère et la dynamique moléculaire de Centroid, en approximant les observables et les corrélations de la mécanique quantique.

Méthodes hybrides QM/MM

Explore l'intégration de la mécanique quantique et de la mécanique moléculaire dans la chimie computationnelle à l'aide du logiciel CP2K.

Potentiels interatomiques pour les matériaux

Explore les progrès dans les potentiels interatomiques pour les matériaux, en mettant l'accent sur la précision, la modélisation à plusieurs échelles et les défis dans la création de potentiels réactifs.

Afficher plus

Publications associées (7)

DynaMate: An Autonomous Agent for Protein-Ligand Molecular Dynamics Simulations

Force field-based molecular dynamics (MD) simulations are indispensable for probing the structure, dynamics, and functions of biomolecular systems. Despite their broad utility in drug discovery and protein engineering, the technical complexity of a MD setup remains a major barrier for widespread and efficient usage. Agentic LLMs have demonstrated their capacity to autonomously execute multi-step scientific processes. Despite this progress, these systems have not been used to fully automate protein-ligand MD

Research Square Platform LLC2026

Elements and roadmap for interactive molecular graphics and modeling “in the Holodeck”

Molecular graphics have been instrumental in advancing chemistry, drug discovery, materials science and structural biology, enabling visualization of molecular systems from static images to dynamic web displays and immersive platforms. While effective visualization is largely a solved problem, in this perspective we argue that the next significant leap lies beyond passive viewing. Rather, the frontier is in enabling intuitive, immersive, direct 3D manipulation and interaction with molecular systems to addre

Wiley2026

Critical Assessment of a Structure-Based Pipeline for Targeting the Long Non-Coding RNA MALAT1

Long non-coding RNAs (lncRNAs) are increasingly recognized as druggable targets due to their conserved secondary/tertiary structures and regulatory roles in disease. A prototypical example is the MALAT1 triple helix, whose stability supports transcript persistence and is implicated in oncogenesis. Here, we evaluate the ability of a structure-based drug discovery (SBDD) pipeline, integrating molecular dynamics (MD), pocket analysis, ensemble docking, and diverse scoring functions, to capture the binding beha

Cold Spring Harbor Laboratory2025

Afficher plus

Personnes associées (6)

Grégoire Clément Gschwend

Concepts associés (7)

Comparison of force-field implementations

This is a table of notable computer programs implementing molecular mechanics force fields.

Molecular design software

Molecular design software is notable software for molecular modeling, that provides special support for developing molecular models de novo. In contrast to the usual molecular modeling programs, such as for molecular dynamics and quantum chemistry, such software directly supports the aspects related to constructing molecular models, including: Molecular graphics interactive molecular drawing and conformational editing building polymeric molecules, crystals, and solvated systems partial charges development g

Modèle d'eau

En chimie numérique, les modèles d'eau classiques sont utilisés pour la simulation de l'eau et des solutions aqueuses (avec ce qu'on appelle un solvant explicite, par opposition aux modèles à solvants implicites). Ces modèles utilisent généralement les approximations de la mécanique moléculaire. De nombreux et différents modèles ont été proposés ; ils peuvent être classés en fonction du nombre de points employés pour définir le modèle (atomes plus sites spécifiques), de la rigidité ou de la flexibilité de la structure, ou encore de la prise en compte des effets de polarisation.

Afficher plus

Graph Chat

Chattez avec Graph Search

Posez n’importe quelle question sur les cours, conférences, exercices, recherches, actualités, etc. de l’EPFL ou essayez les exemples de questions ci-dessous.

AVERTISSEMENT : Le chatbot Graph n'est pas programmé pour fournir des réponses explicites ou catégoriques à vos questions. Il transforme plutôt vos questions en demandes API qui sont distribuées aux différents services informatiques officiellement administrés par l'EPFL. Son but est uniquement de collecter et de recommander des références pertinentes à des contenus que vous pouvez explorer pour vous aider à répondre à vos questions.

Source officielle

https://en.wikipedia.org/wiki/Abalone_(molecular_mechanics)

À propos de ce résultat

Séances de cours associées (6)

Dynamique du polymère d'anneau

Explore la dynamique moléculaire de l'anneau polymère et la dynamique moléculaire de Centroid, en approximant les observables et les corrélations de la mécanique quantique.

Méthodes hybrides QM/MM

Explore l'intégration de la mécanique quantique et de la mécanique moléculaire dans la chimie computationnelle à l'aide du logiciel CP2K.

Potentiels interatomiques pour les matériaux

Afficher plus

Publications associées (7)

Personnes associées (6)

Grégoire Clément Gschwend

Concepts associés (7)

Comparison of force-field implementations

This is a table of notable computer programs implementing molecular mechanics force fields.

Molecular design software

Modèle d'eau

Afficher plus