Daniel SageExpertise
Publications
Enseignement et PhD A co-dirigé les thèses EPFL de Daniel Andreas Schmitter, Anaïs Badoual, Laurène Donati Cours Bioimage informatics BIO-410 Le cours fournit une complète revue des méthodes, algorithmes et des outils logiciels utilisés en analyse d'images biologiques. Il expose les concepts fondamentaux et les solutions informatiques permettant d'extraire des informations quantitatives à partir d'images multidimensionnelles. Fundamentals of Image Analysis EE
Victor Carle Adrien BoureauExpertise
Aberration-corrected TEM and STEMQuantative microscopyElectron diffractionStrain mapping (GPA, precession 4D-STEM)Electric and magnetic field mapping (electron holography, DPC, 4D-STEM)
Enseignement et PhD A co-dirigé les thèses EPFL de Pierpaolo Ranieri Cours Scanning and Analytical Transmission Electron Microscopy MSE-735 Transmission electron microscopy and diffraction (a) MSE-637(a) This course is for potential new users of transmission electron microscopes for
Bernard SchneiderEnseignement et PhD Doctorant·es actuel·les Yesica Gloria, Christian Schellhaas A dirigé les thèses EPFL de Vanessa Laversenne, Sameer Mohammad Khaleel Nazeeruddin, Emma Charlotta Källstig A co-dirigé les thèses EPFL de Philippe Guillaume Coune, Emilda Pino, Elisabeth Anne Dirren, Aurélien Lathuilière, Wojciech Janusz Bobela, Lu Zheng, Cylia Cloé Rochat Cours Methods: from disease models to therapy BIOENG-518 Ce cours décrira les méthodes qui sont à la base des approches translationnelles
Georges WagnièresGeorges Wagnières a obtenu son diplôme (MSc) en physique à l'Université de Lausanne, Suisse, en 1986. Il a reçu son doctorat ès science (PhD) en physique (Optique Biomédicale) de l'Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL) en 1992, et a effectué un travail de postdoctorat dans les "Wellman Laboratories of Photomedicine" (Harvard Medical School) situés à Boston, MA, USA, en 1993 et 1994. Il a aussi obtenu, en 2001, un "Master in management of technology" délivré par l'Ecole des Hautes Etudes Commerciales (HEC) de l'Université de Lausanne et l'EPFL. Depuis 1994, il gère un groupe de recherche de l'EPFL actif dans les domaines suivants: - Caractérisation et détection de lésions cancéreuses par spectroscopie et imagerie de fluorescence ainsi que par imagerie à fort grossissement. - Traitement du cancer ainsi que d'autres pathologies associées à des désordres immunologiques (maladie de Crohn, Colite ulcéreuse) ou vasculaires par thérapie photodynamique (PDT). - Développement préclinique et clinique de photosensibilisateurs, de marqueurs fluorescents et d'instruments optiques pour le photodiagnostic. - Traitement de diverses pathologies, y compris les maladies neuro-dégénératives (Parkinson, Alzheimer), par photobiomodulation. - Monitorage de la dose optique pour la PDT basée sur l'imagerie de fluorescence de photosensibilisateurs. - Induction de l'extravasation d'agent chimiothérapeutiques par PDT. - Mesure in vivo de la concentration d'oxygène dans des tissus biologiques par spectroscopie et imagerie optiques résolues en temps. - Monitorage d'un traitement au laser de la rétine par imagerie de reflectance. - Développement de distributeurs de lumière pour des applications biomédicales. - Dosimétrie de lumière / Radiométrie. - Spectroscopie et imagerie en optique biomédicale. Georges Wagnières est aussi co-fondateur et a présidé une société "spin-off" de l'EPFL: - Medlight SA, fondée en 1997, qui développe, produit et commercialise des distributeurs de lumière pour la thérapie photodynamique. Georges Wagnières est l'auteur et co-auteur de plus de 235 articles scientifiques dont 150 ont été publiés dans des revues internationales ayant un comité de relecture (review board). De plus, il est inventeur de 18 brevets. Finalement, il supervise ou a supervisé 12 doctorants et enseigne actuellement à l'EPFL l'optique biomédicale et la photomédecine au niveaux "master". Ces cours sont aussi donnés à l'Ecole doctorale (EDCH, EDSV) de l'EPFL. Finalement, il donne le cours intitulé "Physique Générale I" aux biologistes de première année inscrits à l'Ecole de Biologie de l'Université de Lausanne. PUBLICATIONS PRINCIPALES: SVP visiter: https://www.epfl.ch/labs/lifmet/wagnieres/publications/ Paul Joseph DysonPaul Dyson rejoignit l’EPFL en 2002 à la tête du Laboratoire de chimie organométallique et médicinale de l’Institut des sciences et ingénierie chimiques, dont il en assuma ensuite la direction entre 2008 et 2016.
Le prof. Dyson a été récompensé par de nombreux prix dont le Prix Werner de la Société Suisse de Chimie en 2004, le Prix pour les réalisations exceptionnelles en chimie bio organométallique en 2010, la Médaille du Centenaire de la naissance de Luigi Sacconi (2011) de la Société Italienne de Chimie, le Prix de Chimie bio-inorganique de la Royal Society of Chemistry en 2015, le Prix européen pour une chimie durable de la Société Européenne de Chimie en 2018 et le Prix pour la chimie verte de la Royal Society of Chemistry en 2020.
Le prof. Dyson est également mentionné dans la liste établie par Clarivate des chercheurs les plus cités (Clarivate Highly Cited Researcher), avec un H-index >110 (Web of Science et Google Scholar). Paul Dyson a été élu membre de la Royal Société de Chimie en 2010, membre de l’Académie Européenne des Sciences en 2019 et membre à vie de l’Association Américaine pour l’Avancement de la Science en 2020. Au cours des dernières années il s’est vu décerner le titre de Professeurs Hôte par l’Université de Bourgogne, l’Université de Pierre et Marie Curie, l’Université de Vienne, l’Université de Rome Tor Vergara, l'Ecole Nationale Supérieure de chimie de Paris (Chimie ParisTech) et par l’Université de Shangai Jiao Tong.
De 2016 à 2021 il était membre du conseil de la recherche de la division de mathématique, sciences naturelles et de l’ingénieur du Fonds National Suisse. En 2021, il a été nommé doyen de la Faculté des Sciences de Base.
Gaspard PardonDr. Gaspard Pardon graduated with a MSc in Microengineering from EPFL in 2008, with a PhD in Electrical Engineering from KTH Royal Institute of Technology in Stockholm, Sweden. His graduate research focussed on the engineering of novel micro- and nanofluidic devices for rapid Point-of-Care diagnostics of infectious diseases, including the detection of airborne pathogens.
In 2016, Gaspard moved to the Silicon Valley in California where he conducted a postdoc at Stanford University. There, he developed novel in vitro cardiac models, a.k.a. organ-on-chip, using cardiac cells differentiated from human induced pluripotent stem cells. He focussed his research and technological developments on the study of genetic cardiomyopathies, including Duchenne Muscular Dystrophy.
Since March 2021, Gaspard joined EPFL to become Head of the Bioengineering and Technology platform at the AGORA Translational Cancer Research Center. This platform aims to provide infrastructure and support in the use, development and translation of bioengineering technologies and to foster cross-disciplinary collaborations centered around bioengineering between the researchers from the partner institution: CHUV, HUG, UNIL, EPFL, Ludwig Cancer Research Center and ISREC, as well as with industrial partners in the biotech and pharma industry.
Giovanna AmbrosiniCurrent Position Senior Scientist, School of Life Sciences, Bioinformatics Competence Center, école Polythechnique Fédérale de Lausanne, Lausanne.Senior bioinformatician and software engineer with proven experience working in higher education institutions. Solid experience in scientific computing and web design. Proficient in physics and computational genomics, with a focus on high-throughput genomic sequencing data analysis (ChIP-seq, ATAC-seq, RNA-seq, scRNA-seq, and exome sequencing) and other types of
Romain GuietExpertise
Development of BioImage Analysis workflows and algorithms to extract quantitative data from microscopy images.BioSample Preparation : in vitro cell, organoid, time-lapse, fixation, staining strategies, actin, mitochondria, fluorescent protein expressionBioImage Acquisition : Widefield, Confocal, Whole Slide Imaging, Super-resolution (SIM, STORM, STED), FRET, FRAP, FLIMBioImage Analysis: Colocalisation analysis, Deconvolution, Time-lapse , Whole Slide ImagingTools & Software: ImageJ/Fiji, QuPath, i
