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En génétique, le centimorgan (noté cM) désigne une unité de mesure de liaison génétique : plus sa valeur est faible, plus la probabilité que deux gènes sur un même chromosome ségrègent ensemble (sous forme d'haplotype) est grande. Le centimorgan est l'unité de mesure usuelle sur les cartes génétiques. Le centimorgan a été nommé en l'honneur du généticien Thomas Hunt Morgan par Alfred Sturtevant, l'un de ses étudiants. Partant du constat qu'une mesure de liaison génétique qui se comporterait comme une distance physique serait grandement utile pour les travaux en génétique, le taux de recombinaison, classiquement utilisé pour mesurer les liaisons génétiques, a été proscrit du fait de sa non additivité : en effet, si on considère trois gènes A, B, et C alignés le long d'un chromosome dans cet ordre, le taux de recombinaison entre A et C n'est pas égal à la somme des taux de recombinaison entre A et B et le taux de recombinaison entre B et C. Ainsi, le centimorgan a été construit à partir du taux de recombinaison pour se comporter comme une distance physique (c'est pour cela que l'on parle la plupart du temps de distance en centimorgan). Toutefois, bien qu'elle en ait les propriétés, cette grandeur n'est pas une distance physique : la relation entre la distance en centimorgan et la distance physique (en nombre de paires de base) n'est ni constante ni universelle. Cette relation varie selon les espèces, mais aussi le long du génome au sein d'un même organisme : par exemple, chez les Humains, 1 cM correspond en moyenne à 1 mégabase, alors que chez l'Arabidopsis thaliana, 1 cM correspond en moyenne à 200 kilobases. Cette relation peut même varier selon le sexe des individus d'une même espèce. Ses propriétés sont particulièrement intéressantes pour modéliser les processus de recombinaison, et ainsi faciliter l'étude de l'histoire évolutive des populations en génétique. En effet, une des grandes difficultés pour modéliser et analyser une population, notamment en génétique des populations, est la prise en compte des recombinaisons génétiques et de leur accumulation au cours des générations.