Interaction biologiquevignette|Diagramme simplifié des six principales interactions biologiques. Une interaction biologique, appelée aussi interaction biotique ou interaction écologique, désigne un processus impliquant des échanges ou relations réciproques entre plusieurs individus ou espèces dans un écosystème (relations interspécifiques), ou entre deux ou plusieurs individus d'une même population (relations intraspécifiques).
Aire de répartitionvignette|Exemples d'aires de répartition d'espèces vivantes. L’aire de répartition, appelée aussi aire de distribution ou simplement distribution, est la zone délimitant la répartition géographique d'une espèce vivante ou de toute autre unité taxonomique qui inclut la totalité de ses populations. L'aire d'une espèce peut être continue ou au contraire disjointe (répartition en métapopulations). L'étude descriptive de la répartition géographique des espèces vivantes est la géonémie et celle explicative de ses causes est la chorologie.
Microbiomevignette|upright=2|Phytobiome (ou microbiome d'un végétal) occupant l'endosphère (toute la plante) et ici aussi représenté compartimenté, dont en rhizosphère (sur et à proximité des racines), et phyllosphère (sur et sous les feuilles uniquement). On retrouve aussi sur (voire dans) la plante des microbes plus ou moins ubiquistes et opportunistes, éventuellement pathogènes provenant de l'air et du sol.
Theoretical ecologyTheoretical ecology is the scientific discipline devoted to the study of ecological systems using theoretical methods such as simple conceptual models, mathematical models, computational simulations, and advanced data analysis. Effective models improve understanding of the natural world by revealing how the dynamics of species populations are often based on fundamental biological conditions and processes. Further, the field aims to unify a diverse range of empirical observations by assuming that common, mechanistic processes generate observable phenomena across species and ecological environments.
Abondance (écologie)thumb|upright=1.2|On estime que la Tourte voyageuse, maintenant disparue, était l’un des oiseaux les plus abondants au monde avec une population se situant entre 3 et 5 milliards d’individus. Ici un individu naturalisé du Boston Museum of Science. thumb|upright=1.2|Le Travailleur à bec rouge revendique maintenant le statut d’espèce aviaire la plus abondante au monde avec une population d’environ 1,5 milliard d’individus. thumb|upright=1.2|Les activités humaines peuvent avoir un impact important sur l’abondance de nombreuses espèces vivantes.
Relative species abundanceRelative species abundance is a component of biodiversity and is a measure of how common or rare a species is relative to other species in a defined location or community. Relative abundance is the percent composition of an organism of a particular kind relative to the total number of organisms in the area. Relative species abundances tend to conform to specific patterns that are among the best-known and most-studied patterns in macroecology. Different populations in a community exist in relative proportions; this idea is known as relative abundance.
Ecosystem modelAn ecosystem model is an abstract, usually mathematical, representation of an ecological system (ranging in scale from an individual population, to an ecological community, or even an entire biome), which is studied to better understand the real system. Using data gathered from the field, ecological relationships—such as the relation of sunlight and water availability to photosynthetic rate, or that between predator and prey populations—are derived, and these are combined to form ecosystem models.
Microbiote de l'organisme humainLe microbiote de l'organisme humain, anciennement dénommé flore microbienne de l'organisme humain, est l'ensemble des bactéries, microchampignons et autres micro-organismes que le corps humain contient en grand nombre. Le plus étudié des microbiotes humains est le microbiote intestinal. Le microbiote intestinal est extrêmement divers (biodiversité taxonomique, génétique et fonctionnelle). Il varie selon les individus et fluctue dans le temps, surtout dans les mois qui suivent la naissance et en période de maladie.
Écosystèmethumb|Tapis de Salix glauca sur le Scoresby Sund (Groenland) avec un crâne de bœuf musqué au premier plan, deux espèces caractéristiques de la toundra. En écologie, un écosystème est un ensemble formé par une communauté d'êtres vivants en interaction (biocénose) avec leur environnement (biotope). Les composants de l'écosystème développent un dense réseau de dépendances, d'échanges d'énergie, d'information et de matière permettant le maintien et le développement de la vie.
Clinical metagenomic sequencingClinical metagenomic next-generation sequencing (mNGS) is the comprehensive analysis of microbial and host genetic material (DNA or RNA) in clinical samples from patients by next-generation sequencing. It uses the techniques of metagenomics to identify and characterize the genome of bacteria, fungi, parasites, and viruses without the need for a prior knowledge of a specific pathogen directly from clinical specimens.
Métagénomiquevignette|300px|À titre d'exemple : Indices comparés de biodiversité pour 19 métagénomes marins échantillonnés par l'expédition , tels qu'analysés avec GenGIS. La métagénomique ou génomique environnementale est une méthode d'étude du contenu génétique d'échantillons issus d'environnements complexes (ex : intestin, océan, sols, air, etc.) prélevés dans la nature (par opposition à des échantillons cultivés en laboratoire).
Diversité génétiquevignette|Dans la seconde édition de son la publiée en 1845, Darwin décrit l'extrême diversité des becs des pinsons des Galápagos, reliée au régime alimentaire de ces oiseaux, et émet l'hypothèse qu'il s'agit de différentes variétés d'une même espèce de pinsons, une espèce souche venue du continent. La diversité génétique désigne le degré de variétés des gènes au sein d'une même espèce, correspondant au nombre total de caractéristiques génétiques dans la constitution génétique de l'espèce (voire de la sous-espèce).
Espèce clé de voûteUne espèce clé de voûte est « une espèce qui a un effet important et disproportionné par rapport à son abondance » sur la stabilité et la diversité spécifique d'une communauté. La caractère clé de voûte d'une espèce n'est pas intrinsèque. En effet, le rôle d'une espèce au sein d'une communauté dépend des conditions biotiques et abiotiques du milieu dans lequel elle se trouve. Ce concept a été introduit pour la première fois par R. T. Paine dans son article « A note on trophic Complexity and Community stability », publié en 1969.
Dynamique écologiqueLa dynamique écologique est l'évolution des différents changements graduels des successions écologiques d'un milieu. L'étude de ces dynamiques écologiques utilise la notion de patch dynamics (tache) introduite en 1978 par Thompson, et vise à comprendre les bases de la « stabilité écologique », ses liens avec la diversité biologique (encore mal compris, voire débattus), ainsi qu'à décrire ou prévoir la dynamique des populations et des écosystèmes après une perturbation (naturelle ou anthropique).
Espèce ingénieureDans le domaine de l'écologie et plus précisément des interactions biologiques et interactions durables, on parle d' « espèce ingénieure » pour décrire les espèces qui par leur seule présence et activité modifient significativement à fortement leur environnement (souvent sans directement agir sur un autre organisme). Les termes « organisme ingénieur », « ingénieur d'écosystème » et « ingénierie écologique » sont des synonymes. Cette transformation se fait en leur faveur et souvent en faveur d'autres espèces (on parle alors aussi d'espèces facilitatrices).
Séquençage de l'ADNcadre|Résultat du séquençage par la méthode de Sanger. L'ordre de chaque bande indique la position d'un nucléotide A,T,C ou G Le séquençage de l'ADN consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné. La séquence d’ADN contient l’information nécessaire aux êtres vivants pour survivre et se reproduire. Déterminer cette séquence est donc utile aussi bien pour les recherches visant à savoir comment vivent les organismes que pour des sujets appliqués.
Résilience (écologie)alt=|vignette|Colonisation d'un sol incendié par de jeunes plants de pins d’Alep, une espèce résiliente aux feux : ses cônes sérotineux s’ouvrent sous l’action de la chaleur libérant une grande quantité de graines. La résilience écologique est la capacité d'un système vivant (écosystème, biome, population, biosphère) à retrouver les structures et les fonctions de son état de référence après une perturbation. Une faible résilience peut conduire un système écologique, à changer profondément de structure et de fonctionnement après une perturbation.
Richesse spécifiquevignette|, montrant les principaux taxons. La largeur des branches représente la richesse spécifique de ces taxons. La richesse spécifique, ou diversité alpha, est une mesure de la biodiversité de tout ou partie d'un écosystème ; elle désigne le nombre d'espèces présentes dans un milieu donné. Désigne la variété et la variabilité (prend en compte tous les niveaux taxonomiques du règne à la sous-espèce ou à la race) parmi les diverses formes de vie et dans les complexes écologiques dans lesquels elles se rencontrent.
Diversité spécifiqueLa diversité spécifique est un indicateur de biodiversité qui prend en compte à la fois la richesse spécifique et l'abondance relative des espèces (« equitability ») dans un assemblage donné. La diversité spécifique est l'un des paramètres les plus importants de l'évaluation environnementale. Elle est notamment utilisée pour dresser un état des lieux, ou mesurer des tendances sur le court, moyen ou long terme. Elle tend à augmenter en zone tropicale et à diminuer dans les milieux extrêmes (zones polaires, désertiques, haute montagne, zones salinisées, etc.
Projet microbiote humainLe projet microbiote humain (en anglais, Human Microbiome Project ou HMP) est une initiative des National Institutes of Health (NIH) américains dont le but est d'identifier et de caractériser l'ensemble des micro-organismes qui vivent en association avec les humains, le microbiote. Lancé en 2008, ce projet de cinq ans, d'un budget total de $115 millions, avait pour but de découvrir les liens entre l'état de santé et les maladies d'une part et le microbiote des personnes impliquées dans cette étude.
