Microbiote intestinal humainvignette|Rôles du microbiote intestinal : il protège contre des pathogènes, synthétise des vitamines, participe au développement et à la maturation du système immunitaire, promeut l'angiogenèse, participe à la prise de poids, fermente les fibres en AGCC (acides gras à chaînes courtes), module le SNC (système nerveux central). Le 'microbiote intestinal humain', anciennement appelé flore intestinale humaine, est l'ensemble des microorganismes (archées, bactéries et levures — et les virus qui les infectent) du tractus digestif humain, c'est-à-dire .
Antibiotiquevignette|Gélules d'amoxicilline, l'un des antibiotiques les plus prescrits au monde, appartenant à la famille des bêta-lactamines. Un antibiotique (du grec anti : « contre », et bios : « la vie ») est une substance naturelle ou synthétique qui détruit ou bloque la croissance des bactéries. Dans le premier cas, on parle d'antibiotique bactéricide et dans le second cas d'antibiotique bactériostatique. Lorsque la substance est utilisée de manière externe pour tuer la bactérie par contact, on ne parle pas d'antibiotique mais d'antiseptique.
Microbiote de l'organisme humainLe microbiote de l'organisme humain, anciennement dénommé flore microbienne de l'organisme humain, est l'ensemble des bactéries, microchampignons et autres micro-organismes que le corps humain contient en grand nombre. Le plus étudié des microbiotes humains est le microbiote intestinal. Le microbiote intestinal est extrêmement divers (biodiversité taxonomique, génétique et fonctionnelle). Il varie selon les individus et fluctue dans le temps, surtout dans les mois qui suivent la naissance et en période de maladie.
QuinoloneLes quinolones et fluoroquinolones forment une large classe d'antibactériens de synthèse qui comprennent les dérivés de l'acide nalidixique découvert en 1962 et utilisé chez l'homme dès l'année suivante. Cette famille d'antibactériens a fait l'objet de recherches très importantes aboutissant au dépôt de plus de brevets. L'ajout de l'atome de fluor dans les années 1970 a permis d'augmenter fortement la pénétration des molécules quinolones dans les cellules (jusqu'à 200 fois plus) : ce fut la naissance des fluoroquinolones, puissants antibiotiques capables de lutter contre une grande variété de germes chez l'homme et l'animal.
Pathogenic bacteriaPathogenic bacteria are bacteria that can cause disease. This article focuses on the bacteria that are pathogenic to humans. Most species of bacteria are harmless and are often beneficial but others can cause infectious diseases. The number of these pathogenic species in humans is estimated to be fewer than a hundred. By contrast, several thousand species are part of the gut flora present in the digestive tract.
Antibiotique bêta-lactamineLes bêta-lactamines (β-lactamines) ou antibiotiques β-lactame sont une large classe d'antibiotiques qui comprennent les dérivés de la pénicilline, les céphalosporines, les monobactames, les carbapénèmes et les inhibiteurs de la β-lactamase, en bref, tout antibiotique qui contient un noyau β-lactame dans sa structure moléculaire. Ces molécules possèdent un noyau (cycle bêta-lactame) qui est la partie efficace de la molécule. Des variations au niveau de la chaîne latérale naturelle ou greffée permettent de modifier les propriétés de la molécule antibiotique.
Microbiotevignette|Escherichia coli, l'une des espèces bactériennes sous-dominantes du microbiote intestinal. Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes vivant dans un environnement spécifique (appelé microbiome) chez un hôte (animal : zoobiote ; végétal : phytobiote ; sol : microbiote tellurique ; air : aérobiote) ou une matière (d'origine animale ou végétale). Ces micro-organismes peuvent être présents sans impact sur leur hôte (commensalisme) ou entrer en interaction étroite avec lui (mutualisme, parasitisme non létal).
Utilisation des antibiotiques en élevagevignette|Les antibiotiques permettent de neutraliser les bactéries présentes dans l'organisme tant chez les animaux que chez les êtres humains. Pour éviter l'antibiorésistance, il est donc important de respecter les règles d'utilisation. L'utilisation des antibiotiques en élevage a plusieurs finalités. Les antibiotiques sont utilisés en élevage d'abord pour traiter les animaux malades (usage thérapeutique ou curatif).
Cyclines (antibiotiques)Les cyclines ou tétracyclines constituent une famille d'antibiotiques à large spectre. Ils sont isolés de bactéries du genre Streptomyces, notamment Streptomyces aureofaciens pour la chlortétracycline, tandis que les autres cyclines sont des produits hémisynthétiques. Ces molécules ont pour caractéristique commune de posséder quatre cycles accolés, d'où leur nom En plus de cette structure commune, les tétracyclines diffèrent par leurs substituants (méthyle, hydroxyle ou encore la présence de chlore) affectant les propriétés physicochimiques telles que la liaison aux protéines plasmatiques.
BactérieLe terme bactérie est un nom vernaculaire qui désigne certains organismes vivants microscopiques et procaryotes présents dans tous les milieux. Le plus souvent unicellulaires, elles sont parfois pluricellulaires (généralement filamenteuses), la plupart des espèces bactériennes ne vivant pas individuellement en suspension, mais en communautés complexes adhérant à des surfaces au sein d'un gel muqueux (biofilm). vignette|200px|Coques à gauche, Spirillum au centre, bacille à droite.
Antibiotic sensitivity testingAntibiotic sensitivity testing or antibiotic susceptibility testing is the measurement of the susceptibility of bacteria to antibiotics. It is used because bacteria may have resistance to some antibiotics. Sensitivity testing results can allow a clinician to change the choice of antibiotics from empiric therapy, which is when an antibiotic is selected based on clinical suspicion about the site of an infection and common causative bacteria, to directed therapy, in which the choice of antibiotic is based on knowledge of the organism and its sensitivities.
Antibiotique à large spectrevignette|Image colorée au microscope électronique du staphylocoque doré résistant à la méthicilline (MRSA), une bactérie couramment ciblée par les antibiotiques à large spectre. Un antibiotique à large spectre est un antibiotique efficace contre un grand nombre de bactéries. Le spectre d'activité de l'antibiotique définit l’ensemble des germes sensibles à chaque famille d’antibiotiques, plus il est large, plus le nombre de bactéries sensibles à cet antibiotique est élevé, à l'inverse d'un antibiotique à spectre étroit qui aura une action sur un petit nombre de bactéries, plus ciblées.
MacrolideLes macrolides sont des molécules à propriétés antibiotiques bactériostatiques, qui ont des macrocycles de lactone souvent associés à des sucres neutres ou aminés. Elles constituent une famille d'antibiotiques capables de diffuser dans les tissus, voire à l'intérieur des cellules. Elles font partie des inhibiteurs de la synthèse protéique. Ils sont donc actifs sur les germes intracellulaires. Ils sont utilisés dans le cas des infections pulmonaires atypiques (légionellose, infection à Chlamydia), de certaines infections à streptocoques, staphylocoques méti-S, entérocoques.
Antibiotic misuseAntibiotic misuse, sometimes called antibiotic abuse or antibiotic overuse, refers to the misuse or overuse of antibiotics, with potentially serious effects on health. It is a contributing factor to the development of antibiotic resistance, including the creation of multidrug-resistant bacteria, informally called "super bugs": relatively harmless bacteria (such as Staphylococcus, Enterococcus and Acinetobacter) can develop resistance to multiple antibiotics and cause life-threatening infections.
ÉrythromycineLérythromycine est un antibiotique macrolide qui a un spectre antimicrobien similaire ou légèrement plus large que celui des pénicillines. Elle est souvent utilisée chez des personnes allergiques aux pénicillines. Pour les infections des voies respiratoires, elle offre un meilleur spectre contre des organismes atypiques y compris le mycoplasme. On l'utilise également pour traiter les infections à Chlamydia, la syphilis, et la gonorrhée. Sous forme de traitement dermique local, elle est fréquemment utilisée pour traiter l'acné.
Axe intestin-cerveauvignette|L'axe intestin-cerveau est la relation entre le tractus gastro-intestinal et la fonction et le développement du cerveau. L'axe intestin-cerveau est la signalisation biochimique qui se produit entre le tractus gastro-intestinal et le système nerveux central (SNC). Le terme "axe intestin-cerveau" est parfois utilisé pour désigner le rôle du microbiote intestinal dans l'interaction, alors que le terme "axe microbiote-intestin-cerveau" inclut explicitement le rôle de la flore intestinale dans les événements de signalisation biochimique qui ont lieu entre le tractus gastro-intestinal et le SNC.
Antibiotic prophylaxisAntibiotic prophylaxis refers to, for humans, the prevention of infection complications using antimicrobial therapy (most commonly antibiotics). Antibiotic prophylaxis in domestic animal feed mixes has been employed in America since at least 1970. Antibiotic prophylaxis is most commonly used prior to dental surgery or medical surgery, however, may be used in other cases, such as prior to sexual intercourse for patients who suffer from recurrent urinary tract infections.
AminosideLes aminosides ou aminoglycosides constituent une famille d'antibiotiques actifs sur certains types de bactéries. Ils comprennent l'amikacine, l'isépamicine, la gentamicine, la kanamycine, la néomycine (dont la néomycine B ou framycétine), la nétilmicine, la paromomycine, la streptomycine (le plus connu, découvert non pas par Selman Waksman, comme on l'a longtemps cru, mais par son étudiant, Albert Schatz), la généticine et la tobramycine. La plupart de ces antibiotiques sont produits par des bactéries de la famille des actinomycètes, ou en sont dérivés par hémisynthèse.
Métagénomiquevignette|300px|À titre d'exemple : Indices comparés de biodiversité pour 19 métagénomes marins échantillonnés par l'expédition , tels qu'analysés avec GenGIS. La métagénomique ou génomique environnementale est une méthode d'étude du contenu génétique d'échantillons issus d'environnements complexes (ex : intestin, océan, sols, air, etc.) prélevés dans la nature (par opposition à des échantillons cultivés en laboratoire).
Microbiomevignette|upright=2|Phytobiome (ou microbiome d'un végétal) occupant l'endosphère (toute la plante) et ici aussi représenté compartimenté, dont en rhizosphère (sur et à proximité des racines), et phyllosphère (sur et sous les feuilles uniquement). On retrouve aussi sur (voire dans) la plante des microbes plus ou moins ubiquistes et opportunistes, éventuellement pathogènes provenant de l'air et du sol.
