Publication

Trans-acting Determinants of Gene Expression: Effects of Transcription Factor Affinity, Abundance, and Localization

2026

Résumé

Transcription factors (TFs) regulate gene expression by binding cis-regulatory DNA elements, yet how trans-regulatory characteristics such as TF affinity, concentration, and localization interact with cis-regulatory elements remains largely unclear. We systematically analyzed TF affinity mutants across abundance, and localization states and found that promoter binding-site strength most readily modulated expression levels, followed by TF localization and concentration, while affinity variations were mainly buffered. We further uncover performance trade-offs between TF abundance, localization, and affinity. Together, these results reveal how trans and cis factors collectively shape gene-regulatory output.

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https://infoscience.epfl.ch/entities/publication/f7800d13-810d-4b8b-b014-8cd0d7a3fcc4

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Concepts associés (29)

Transcription (biologie)

En biologie moléculaire, la transcription est la première étape de l'expression génique basée sur l'ADN, au cours de laquelle un segment particulier d'ADN est « copié » en ARN par une enzyme appelée ARN polymérase. Chez les eucaryotes, la transcription se déroule dans le noyau des cellules. Certains types d'ARN appélés « ARN non codants » n'ont pas vocation à être traduits en protéines et peuvent jouer un rôle régulateur ou structurel (par exemple les ARN ribosomiques).

Cis-regulatory element

Cis-regulatory elements (CREs) or Cis''-regulatory modules (CRMs) are regions of non-coding DNA which regulate the transcription of neighboring genes. CREs are vital components of genetic regulatory networks, which in turn control morphogenesis, the development of anatomy, and other aspects of embryonic development, studied in evolutionary developmental biology. CREs are found in the vicinity of the genes that they regulate. CREs typically regulate gene transcription by binding to transcription factors.

Expression génétique

L'expression des gènes, encore appelée expression génique ou expression génétique, désigne l'ensemble des processus biochimiques par lesquels l'information héréditaire stockée dans un gène est lue pour aboutir à la fabrication de molécules qui auront un rôle actif dans le fonctionnement cellulaire, comme les protéines ou les ARN. Même si toutes les cellules d'un organisme partagent le même génome, certains gènes ne sont exprimés que dans certaines cellules, à certaines périodes de la vie de l'organisme ou sous certaines conditions.

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