Réparation de l'ADNright|vignette|Chromosomes montrant de nombreuses lésions. La réparation de l'ADN est un ensemble de processus par lesquels une cellule identifie et corrige les dommages aux molécules d'ADN qui codent son génome. Dans les cellules, l'acide désoxyribonucléique (ADN) est soumis continuellement à des activités métaboliques normales et à des facteurs environnementaux portant atteinte à son intégrité. Ces facteurs environnementaux sont le plus souvent de nature chimique comme les radicaux libres de l'oxygène et les agents alkylants, ou physique, comme les radiations ultraviolettes et les rayonnements ionisants.
Réparation par excision de nucléotidesvignette|Schéma de réparation d’excision par nucléotides La réparation par excision de nucléotides ou NER (pour nucleotide excision repair) est un des systèmes naturels permettant - dans une certaine mesure - la réparation de l'ADN dégradé (par exemple par une exposition aux ultraviolets ou à la radioactivité). Il permet de corriger principalement les lésions étendues ou qui déforment de manière importante l'ADN, comme les pontages avec des molécules exogènes.
Dimère de pyrimidinevignette| Formation d'un dimère de pyrimidine dans la double hélice d'ADN. redresse=2|vignette| Exemple de photoproduit 6,4 (à gauche) et de dimère cyclobutylique de pyrimidine (à droite). Un dimère de pyrimidine est une lésion moléculaire de l'ADN résultant d'une réaction photochimique entre des résidus de thymine ou de cytosine adjacents. La lumière ultraviolette induit la formation de liaisons covalentes par des réactions impliquant les doubles liaisons C=C.
Inactivation du chromosome XL'inactivation du chromosome X, aussi appelée lyonisation, est un processus à partir duquel un des deux chromosomes X de la femelle mammifère est inactivé. Au terme de ce processus, la majorité des gènes du chromosome X inactif cessent d'être exprimés. L'inactivation du chromosome X est un mécanisme de compensation de dose. En effet la femelle mammifère possède deux chromosomes X, et le mâle un seul. Or ce chromosome, contrairement au chromosome Y, possède de nombreux gènes impliqués dans le fonctionnement des cellules.
Taille du génomevignette|Arbre phylogénétique indiquant la taille des génomes chez les organismes des trois domaines du monde vivant: les bactéries Bacteria (en bleu), les archées Archaea (en vert) et les eucaryotes Eucarya (en rouge). La taille du génome correspond à la quantité d'ADN contenue dans une copie d'un génome. La taille d'un génome est également appelée valeur C.
Protéine enveloppe du CoronavirusLa protéine enveloppe du Coronavirus (protéine E) est la plus petite et la moins distincte des quatre principales protéines structurelles des Coronavirus. C'est une protéine membranaire intégrale longue de moins de 110 acides aminés. Dans le SARS-CoV-2, cause de la Covid-19, la protéine E a une longueur de 75 acides aminés. Bien que non essentielle pour la réplication virale, son absence peut avoir pour conséquence un assemblage anormal des capsides virales ou une baisse de la réplication.
Viral evolutionViral evolution is a subfield of evolutionary biology and virology that is specifically concerned with the evolution of viruses. Viruses have short generation times, and many—in particular RNA viruses—have relatively high mutation rates (on the order of one point mutation or more per genome per round of replication). Although most viral mutations confer no benefit and often even prove deleterious to viruses, the rapid rate of viral mutation combined with natural selection allows viruses to quickly adapt to changes in their host environment.
AdenoviridaeLes Adenoviridae, ou adénovirus, sont une famille de virus qui regroupe une centaine de variétés, dont une quarantaine environ peut infecter l'humain. C'est en 1953 que ceux-ci ont été mis en évidence par à partir de fragments d'amygdale (qui lui donne son nom, du grec adến : glande, et non de « ADN »). Les adénovirus sont des virus possédant de l'ADN double brin linéaire (, pb), les deux brins d'ADN possèdent à leurs extrémités des séquences répétées inversées qui permettent aux molécules monocaténaires (simple brin) de se circulariser (la protéine p55 permet la circularisation).
Coronavirus nucleocapsid proteinThe nucleocapsid (N) protein is a protein that packages the positive-sense RNA genome of coronaviruses to form ribonucleoprotein structures enclosed within the viral capsid. The N protein is the most highly expressed of the four major coronavirus structural proteins. In addition to its interactions with RNA, N forms protein-protein interactions with the coronavirus membrane protein (M) during the process of viral assembly. N also has additional functions in manipulating the cell cycle of the host cell.
Édition génomiquealt=|vignette|295x295px|Schéma général du processus de modification localisée du génome. L'édition génomique ou modification localisée de séquence génomique (genome editing pour les anglophones) regroupe un ensemble de techniques de manipulation du génome visant à la modification du matériel (et donc de l'information) génétique. Ces techniques sont plus précises et ciblées que les techniques OGM historiques qui consistent à modifier ces organismes par transgenèse, procédé qui introduit un fragment d'ADN exogène à un emplacement aléatoire du génome.
CapsideChez un virus, la capside est la structure qui entoure le génome, l'acide nucléique (ADN ou ARN). Elle est constituée de très nombreuses unités protéiques qui se regroupent pour former des ensembles structurels identiques appelés capsomères. Le nucléocapside est l'ensemble formé de la capside du virus (présente chez les virus nus ou enveloppés, l'enveloppe ou péplos n'étant pas la capside, mais une enveloppe lipoprotéique entourant la capside) et du génome viral (ARN ou ADN).
Origine de réplicationvignette|Origines de la réplication de l'ADN L'origine de réplication (aussi appelée « ori ») est une séquence unique d'ADN permettant l'initiation de la réplication. C'est à partir de cette séquence que débute une réplication unidirectionnelle ou bidirectionnelle. La structure de l'origine de réplication varie d'une espèce à l'autre ; elle est donc spécifique bien qu'elles aient toutes certaines caractéristiques. Un complexe protéique se forme au niveau de cette séquence et permet l'ouverture de l'ADN et le démarrage de la réplication.
Coronavirus membrane proteinThe membrane (M) protein (previously called E1, sometimes also matrix protein) is an integral membrane protein that is the most abundant of the four major structural proteins found in coronaviruses. The M protein organizes the assembly of coronavirus virions through protein-protein interactions with other M protein molecules as well as with the other three structural proteins, the envelope (E), spike (S), and nucleocapsid (N) proteins. The M protein is a transmembrane protein with three transmembrane domains and is around 230 amino acid residues long.
Ultravioletvignette|redresse=1.5|Diagramme montrant le spectre électromagnétique dans lequel se distinguent plusieurs domaines spectraux (dont celui des UV) en fonction des longueurs d'onde (avec des exemples de tailles), les fréquences correspondantes, et les températures du corps noir dont l'émission est maximum à ces longueurs d'onde. Le rayonnement ultraviolet (UV), également appelé « lumière noire » parce que généralement invisible à l’œil nu, est un rayonnement électromagnétique de longueur d'onde inférieure à celle de la lumière visible, mais supérieure à celle des .
Genome instabilityGenome instability (also genetic instability or genomic instability) refers to a high frequency of mutations within the genome of a cellular lineage. These mutations can include changes in nucleic acid sequences, chromosomal rearrangements or aneuploidy. Genome instability does occur in bacteria. In multicellular organisms genome instability is central to carcinogenesis, and in humans it is also a factor in some neurodegenerative diseases such as amyotrophic lateral sclerosis or the neuromuscular disease myotonic dystrophy.
Acide désoxyribonucléiquevignette|Structure de la double hélice d'ADN. vignette|Structure chimique de l'ADN illustrant les quatre configurations des paires AT et GC entre les deux armatures de la double hélice, constituées d'une alternance de phosphate et de désoxyribose. L'acide désoxyribonucléique, ou ADN, est une macromolécule biologique présente dans presque toutes les cellules ainsi que chez de nombreux virus. L'ADN contient toute l'information génétique, appelée génome, permettant le développement, le fonctionnement et la reproduction des êtres vivants.
Élément viral endogèneUn élément viral endogène (EVE), ou endovirus (mot-valise construit sur endogenous virus, « virus endogène »), est une séquence d'ADN présente dans la lignée germinale d'un organisme non viral mais dérivée d'un virus. Les EVE peuvent être des génomes viraux entiers (provirus) ou des fragments de génomes viraux. Les EVE résultent de l'intégration d'une séquence d'ADN viral dans le génome d'une cellule germinale qui produit ensuite un organisme viable. Un EVE nouvellement établi peut être hérité d'une génération à l'autre en tant qu'allèle de l'espèce hôte.
Viral entryViral entry is the earliest stage of infection in the viral life cycle, as the virus comes into contact with the host cell and introduces viral material into the cell. The major steps involved in viral entry are shown below. Despite the variation among viruses, there are several shared generalities concerning viral entry. How a virus enters a cell is different depending on the type of virus it is. A virus with a nonenveloped capsid enters the cell by attaching to the attachment factor located on a host cell.
Carbone organique dissousLe carbone organique dissous ou COD (en anglais, dissolved organic carbon ou DOC) est un paramètre global de la chimie de l'eau utilisé pour caractériser et suivre l’évolution du taux de carbone dissous dans les eaux (douces, saumâtres ou marines), ou la pollution organique des milieux aquatiques. C'est une fraction parfois importante du Carbone organique total (COT). La pollution par certaines matières organiques et le carbone dissous tend à augmenter dans le monde, dont en France, en Bretagne par exemple.
Stress oxydantLe stress oxydant, appelé aussi stress oxydatif (anglicisme) ou pression oxydative, est un type d'agression des constituants de la cellule. Il apparait quand des espèces réactives oxygénées (ou radicaux libres) et/ou des espèces réactives oxygénées et azotées oxydant pénètrent la cellule ou s'y forment ; ces molécules sont instables et très cytotoxiques car elles « oxydent » d'autres molécules en leur soustrayant un électron ce qui les rend à leur tour instables. Ces espèces peuvent être ou non des radicaux.
