RhizomorpheLe rhizomorphe est un agrégat d'hyphes mycéliennes parallèlement orientées, plus ou moins ramifiées, organisées en canaux. Cet organe d'exploration à grande distance s'étend de manière subcorticale (sous des écorces) ou souterraine à la recherche de bois mort. Il s'agit d'un « faux tissu » (ou plectenchyme, caractéristique des Ascomycètes et Basidiomycètes) qui constitue une structure de résistance et de propagation souterraines de certains champignons. Les cordons matures sont entourés d’hyphes gainants plus étroits.
Ectomycorrhizal extramatrical myceliumEctomycorrhizal extramatrical mycelium (also known as extraradical mycelium) is the collection of filamentous fungal hyphae emanating from ectomycorrhizas. It may be composed of fine, hydrophilic hypha which branches frequently to explore and exploit the soil matrix or may aggregate to form rhizomorphs; highly differentiated, hydrophobic, enduring, transport structures. Apart from mycorrhizas, extramatrical mycelium is the primary vegetative body of ectomycorrhizal fungi.
Fungivignette|La présence de sporophores en console du Polypore amadouvier sur le volis et la chandelle d'un hêtre montre que ce dernier a été attaqué par ce champignon nécrotrophe lignicole à l'origine de la pourriture blanche qui creuse le cœur de l'arbre qu'il parasite en le faisant mourir d'épuisement. La poursuite du développement de ce macromycète sur le volis entraîne une modification rapide de l'orientation de la « fructification » en croissance, afin de pouvoir projeter les spores fongiques dans les conditions optimales.
MycéliumLe mycélium, appelé dans le langage courant blanc de champignon (référence à la couleur du feutrage que l'on observe par exemple dans la litière forestière), est l'appareil végétatif des champignons ou de certaines bactéries filamenteuses comme les Actinomycètes (Streptomyces, Mycobacterium...). Généralement peu visible, il est composé d'un ensemble de filaments, plus ou moins ramifiés, appelés hyphes, que l'on trouve dans le sol ou le substrat nutritif.
HypheUn hyphe est un élément végétatif filamenteux, souvent à plusieurs noyaux cellulaires (multinucléaire), caractéristique des champignons, de certaines algues et de certains protistes végétaux. Il peut mesurer plusieurs centimètres de long mais n'avoir que quelques microns de diamètre et donc, à l'état isolé, être invisible à l’œil nu. En mycologie, c’est le constituant essentiel du sporophore et du mycélium. Ces filaments deviennent visibles lorsqu'ils sont réunis en cordons suffisamment gros ; on parle alors de mycélium.
Réseau de Hartigvignette|droite|alt=Réseau d'hyphes à croissance interne|Réseau de Hartig Le réseau de Hartig est un réseau d'hyphes qui s'étend à l'intérieur de la racine et dont la croissance s'effectue dans les espaces intercellulaires entre l'épiderme et le cortex des plantes ectomycorhiziennes. Le réseau de Hartig porte le nom de Theodor Hartig, un biologiste forestier et botaniste allemand du siècle. Hartig a publié des travaux de recherche en 1842 sur l'anatomie de l'interface entre les champignons ectomycorhiziens et les racines des arbres.
AttiniLes Attini sont une tribu de fourmis (Formicidae) de la sous-famille des Myrmicinae. Des espèces fossiles ont été trouvées dans les genres Acanthognathus, Apterostigma, Cephalotes, Cyphomyrmex, Pheidole, Strumigenys et Trachymyrmex. Les fourmis des genres Atta et Acromyrmex sont des fourmis coupe-feuille qui cultivent des champignons qui produisent des gongylidia, des renflements riches en nutriments dont les fourmis se nourrissent. Cette tribu a de nombreux synonymes.
Champignon lignivorevignette|Le Polypore est un champignon saprotrophe lignicole qui s'infiltre par les racines de l'arbre dans le cœur du tronc et provoque une forte pourriture brune. Un champignon lignivore, appelé scientifiquement champignon saprotrophe lignicole, saproxylique ou lignolytique (lignivore signifiant littéralement « qui se nourrit du bois », le mode d'alimentation des champignons étant l'absorbotrophie) est un champignon qui se nourrit de bois, en causant sa décomposition.
Culture tissulairevignette|Flacons contenant un milieu de culture de culture tissulaire qui fournit la nourriture nécessaire à la croissance des cellules. La culture tissulaire est la croissance de tissus ou de cellules dans un milieu artificiel séparé de l'organisme parent. Cette technique est également appelée micropropagation. Elle est généralement facilitée par l'utilisation d'un milieu de culture liquide, semi-solide ou solide, tel que le bouillon ou la gélose.
Culture cellulaireLa culture cellulaire est un ensemble de techniques de biologie utilisées pour faire croître des cellules hors de leur organisme (ex-vivo) ou de leur milieu d'origine, dans un but d'expérimentation scientifique ou de fécondation in vitro. Les cellules mises en culture peuvent être: des micro-organismes libres (bactéries ou levures) des cellules « saines » prélevées fraîchement d'un organisme (biopsie...), on parle alors de « culture primaire ».
ChampignonLes champignons sont des eucaryotes pluricellulaires ou unicellulaires. Le taxon « champignon » est devenu ambigu et considéré par la science actuelle comme obsolète car il ne désigne pas un groupe monophylétique mais plusieurs taxons distincts. Il a en effet été divisé en eumycètes, oomycètes, chytridiomycètes et mycétozoaires. Leurs cellules, pourvues d'une paroi chitineuse ou cellulosique, sont immobiles et se nourrissent par l’absorption des molécules organiques directement dans le milieu.
Réseaux de régulation géniquedroite|vignette|360x360px| Structure d'un réseau de régulation génique droite|vignette|360x360px| Processus de contrôle d'un réseau de régulation génique Un réseau de régulation génique (ou génétique ) ( RRG ), réseau de régulation des gènes ou réseaux de régulation transcriptionnelle est un ensemble de régulateurs moléculaires qui interagissent entre eux et avec d'autres substances dans une cellule pour moduler l'expression génique de l'ARNm et des protéines qui, à leur tour, déterminent la fonction de la c
Filament d'actineUn filament d'actine, ou microfilament, est un homopolymère d'actine, protéine de 42 kDa (Unité de masse atomique). C'est un constituant essentiel du cytosquelette des cellules eucaryotes, ainsi que des fibres musculaires. L'actine représente ainsi environ 10 % du total des protéines d'une cellule animale typique, la moitié étant assemblée en filaments d'actine alors que l'autre moitié est libre dans le cytosol sous forme de monomères d'actine.
BiomathématiqueLa biomathématique est le domaine d'étude qui réunit la biologie et les mathématiques. De façon précise les biomathématiques sont constituées par l'ensemble des méthodes et techniques mathématiques, numériques et informatiques qui permettent d'étudier et de modéliser les phénomènes et processus biologiques. Il s'agit donc bien d'une science fortement pluridisciplinaire que le mathématicien seul (ou le biologiste seul) est incapable de développer. Pour naître et vivre cette discipline exige des équipes interdisciplinaires mues par le sens du concret.
ComputationA computation is any type of arithmetic or non-arithmetic calculation that is well-defined. Common examples of computations are mathematical equations and computer algorithms. Mechanical or electronic devices (or, historically, people) that perform computations are known as computers. The study of computation is the field of computability, itself a sub-field of computer science. The notion that mathematical statements should be ‘well-defined’ had been argued by mathematicians since at least the 1600s, but agreement on a suitable definition proved elusive.
Rhizoctone brunLe rhizoctone brun, appelé aussi « rhizoctone noir », « variole des tubercules » ou « maladie des manchettes », est une maladie cryptogamique qui affecte notamment diverses plantes cultivées dont la betterave, la pomme de terre, ainsi que carotte, chicorée, laitue, endive... et qui est causée par un champignon basidiomycète, Rhizoctonia solani Kühn. thumb|left|Betterave à sucre atteinte. Ce champignon à distribution cosmopolite, dont la téléomorphe est Thanatephorus cucumeris, a une vaste gamme de plantes-hôtes.
Interaction protéine-protéinethumb|upright=1.2|L'inhibiteur de la ribonucléase en forme de fer à cheval (en représentation « fil de fer ») forme une interaction protéine–protéine avec la protéine de la ribonucléase. Les contacts entre les deux protéines sont représentés sous forme de taches colorées. Une Interaction protéine–protéine apparait lorsque deux ou plusieurs protéines se lient entre elles, le plus souvent pour mener à bien leur fonction biologique.
Acide ribonucléique messagervignette|Représentation schématique de la synthèse et de la maturation d'un ARN messager dans une cellule eucaryote. L'acide ribonucléique messager, ARN messager, ou ARNm (en anglais, mRNA, pour messenger ribonucleic acid), est une molécule intermédiaire d'acide ribonucléique (ARN), consistant en une copie transitoire d'une portion de l'ADN correspondant à un ou plusieurs gènes d'un organisme biologique. L'ARNm est utilisé comme intermédiaire par les cellules pour la synthèse des protéines.
Chaîne de Markovvignette|Exemple élémentaire de chaîne de Markov, à deux états A et E. Les flèches indiquent les probabilités de transition d'un état à un autre. En mathématiques, une chaîne de Markov est un processus de Markov à temps discret, ou à temps continu et à espace d'états discret. Un processus de Markov est un processus stochastique possédant la propriété de Markov : l'information utile pour la prédiction du futur est entièrement contenue dans l'état présent du processus et n'est pas dépendante des états antérieurs (le système n'a pas de « mémoire »).
3'-UTRLa région 3' non traduite, ou 3'-UTR (de anglais, three prime Untranslated Transcribed Region) est la partie de l’ARN messager (ARNm) qui suit le codon STOP (à l'extrémité 3'). Une molécule d’ARNm est transcrite à partir de la séquence d’ADN pour être traduite plus tard en protéine. Plusieurs parties de l’ARNm ne sont pas traduites en protéine, dont la coiffe ou 5'-cap, les régions 5'-UTR et 3'-UTR et la queue poly(A). La partie 3'-UTR contient souvent des régions qui influencent l’expression des gènes après la transcription.
