Métagénomiquevignette|300px|À titre d'exemple : Indices comparés de biodiversité pour 19 métagénomes marins échantillonnés par l'expédition , tels qu'analysés avec GenGIS. La métagénomique ou génomique environnementale est une méthode d'étude du contenu génétique d'échantillons issus d'environnements complexes (ex : intestin, océan, sols, air, etc.) prélevés dans la nature (par opposition à des échantillons cultivés en laboratoire).
Appareil digestifLe système digestif, appelé aussi appareil digestif, est l'ensemble des organes qui chez les êtres vivants a pour rôle d'assurer l'ingestion et la digestion des aliments pour en extraire l'énergie et les nutriments nécessaires à la survie de l'organisme qui sont ensuite absorbés par l'organisme. Ce système est essentiel à la vie des animaux et se retrouve nécessairement pour toutes les espèces. Le rôle de ce système biologique est également d'assurer l'excrétion des matières alimentaires qui n'ont pu être absorbées par l'organisme.
Agent infectieuxUn est un agent biologique pathogène responsable d'une maladie infectieuse. Les agents infectieux sont majoritairement des micro-organismes, notamment des bactéries et des virus. Cependant, certains agents pathogènes ne sont pas des organismes (les prions), d'autres ne sont pas microscopiques (les vers parasites). Le pouvoir pathogène d'un agent infectieux mesure sa capacité à provoquer une maladie chez un organisme hôte. La virulence d'un agent infectieux mesure sa capacité à se développer dans un organisme (pouvoir invasif) et à y sécréter des toxines (pouvoir toxique).
Streptococcus pyogenesStreptococcus pyogenes, également appelée streptocoque du groupe A, est une bactérie responsable d'infections potentiellement graves chez l'Homme, à l'origine d'un demi-million de morts par an dans le monde. Elle appartient au genre Streptococcus. Il s'agit de cocci à Gram positif se présentant sous forme de chaînettes. Ils sont dépourvus de catalase et d'oxydase et sont anaérobies préférentiels aérotolérants. Sur gélose au sang, ils développent une large zone d'hémolyse complète (= hémolyse de type bêta).
Probiotiquevignette|Mécanismes proposés des actions des souches probiotiques au niveau de l'épithélium intestinal : compétition avec les pathogènes pour les nutriments nécessaires à leur multiplication (A), compétition pour l’adhésion aux sites récepteurs (B), stimulation immunitaire par leurs activités enzymatiques (C), action antagoniste directe par production de peptides antimicrobiens qui inhibent la croissance des pathogènes (D).
Helicobacter pyloriHelicobacter pylori est une bactérie qui infecte la muqueuse gastrique. Sa structure externe est hélicoïdale (d'où son nom « Helicobacter »). Elle est munie de flagelles. 80 % des ulcères gastro-duodénaux sont causés par des infections de Helicobacter pylori, même si, chez beaucoup d'humains infectés, la maladie reste asymptomatique. Elle favorise de multiples maladies si elle reste dans l'estomac trop d'années. Helicobacter pylori est une bactérie très commune (trouvée chez 50 % des humains).
