Microbiotevignette|Escherichia coli, l'une des espèces bactériennes sous-dominantes du microbiote intestinal. Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes vivant dans un environnement spécifique (appelé microbiome) chez un hôte (animal : zoobiote ; végétal : phytobiote ; sol : microbiote tellurique ; air : aérobiote) ou une matière (d'origine animale ou végétale). Ces micro-organismes peuvent être présents sans impact sur leur hôte (commensalisme) ou entrer en interaction étroite avec lui (mutualisme, parasitisme non létal).
Microbiote intestinal humainvignette|Rôles du microbiote intestinal : il protège contre des pathogènes, synthétise des vitamines, participe au développement et à la maturation du système immunitaire, promeut l'angiogenèse, participe à la prise de poids, fermente les fibres en AGCC (acides gras à chaînes courtes), module le SNC (système nerveux central). Le 'microbiote intestinal humain', anciennement appelé flore intestinale humaine, est l'ensemble des microorganismes (archées, bactéries et levures — et les virus qui les infectent) du tractus digestif humain, c'est-à-dire .
Microbiote de l'organisme humainLe microbiote de l'organisme humain, anciennement dénommé flore microbienne de l'organisme humain, est l'ensemble des bactéries, microchampignons et autres micro-organismes que le corps humain contient en grand nombre. Le plus étudié des microbiotes humains est le microbiote intestinal. Le microbiote intestinal est extrêmement divers (biodiversité taxonomique, génétique et fonctionnelle). Il varie selon les individus et fluctue dans le temps, surtout dans les mois qui suivent la naissance et en période de maladie.
Tuberculosis managementTuberculosis management describes the techniques and procedures utilized for treating tuberculosis (TB). The medical standard for active TB is a short course treatment involving a combination of isoniazid, rifampicin (also known as Rifampin), pyrazinamide, and ethambutol for the first two months. During this initial period, Isoniazid is taken alongside pyridoxal phosphate to obviate peripheral neuropathy. Isoniazid is then taken coincident with rifampicin for the remaining four months of treatment.
TuberculoseLa tuberculose est une maladie infectieuse causée par la bactérie Mycobacterium tuberculosis, qui se transmet par voie aérienne, avec des signes cliniques variables. Elle touche le plus souvent les poumons et peut parfois atteindre d’autres organes. Elle arrive en tête des causes de mortalité d'origine infectieuse à l’échelle mondiale, devant le sida. L'Organisation mondiale de la santé (OMS) rapporte à travers son rapport annuel consacré à la tuberculose et sorti en 2015 que de personnes sont mortes de la tuberculose l’année précédente.
Microbiote cutané humainvignette|upright=1.5|Représentation schématique de la couche cornée de la peau, et du film cutané recouvert d'une communauté de micro-organismes opportunistes commensaux habituels de l'homme, formant le microbiote cutané. thumb|Structure superficielle et micro-relief de la peau (biotope de la microflore externe humaine) thumb|Le dos est l'une des régions du corps qui abrite le plus de bactéries (après les mains, le cuir chevelu et le visage).
ExpectorationL'expectoration est l'expulsion par la bouche, au cours d'un effort de toux, de produits pathologiques provenant des voies bronchopulmonaires et aériennes supérieures. Le même terme d'expectoration peut aussi s'appliquer aux matières ainsi expulsées, l'expectorat : crachats ou glaires. Ces sécrétions sont issues de l'appareil respiratoire et de la cavité orale (mucus, salive...) et elles sont l'une des voies de contagion pour certaines bactéries ou virus infectant l'arbre respiratoire (virus grippal notamment).
Bactériothérapie fécaleLa ou , également nommée transplantation de microbiote fécal (TMF), transplantation fécale, greffe fécale ou transfusion fécale (en anglais, (HPI) et plus souvent dans les articles médicaux (FMT)), est un traitement médical destiné à des patients souffrant de certaines maladies intestinales résistantes aux traitements antibiotiques classiques : colite pseudo-membraneuse (CPM) induite par une infection par la bactérie Clostridium difficile, cause importante de diarrhée nosocomiale microbienne.
Staphylocoque doréLe staphylocoque doré (Staphylococcus aureus) est l'espèce la plus pathogène du genre Staphylococcus. Elle est responsable d'intoxications alimentaires, d'infections localisées suppurées et, dans certains cas extrêmes, d'infections potentiellement mortelles (patient immunodéprimé, prothèses cardiaques). S. aureus se présente comme une coque en amas (grappes de raisin), Gram positif et catalase positif. Sa teneur en caroténoïdes lui confère une couleur dorée à l'origine de son nom. L'espèce S.
Axe intestin-cerveauvignette|L'axe intestin-cerveau est la relation entre le tractus gastro-intestinal et la fonction et le développement du cerveau. L'axe intestin-cerveau est la signalisation biochimique qui se produit entre le tractus gastro-intestinal et le système nerveux central (SNC). Le terme "axe intestin-cerveau" est parfois utilisé pour désigner le rôle du microbiote intestinal dans l'interaction, alors que le terme "axe microbiote-intestin-cerveau" inclut explicitement le rôle de la flore intestinale dans les événements de signalisation biochimique qui ont lieu entre le tractus gastro-intestinal et le SNC.
Séquençage de l'ADNcadre|Résultat du séquençage par la méthode de Sanger. L'ordre de chaque bande indique la position d'un nucléotide A,T,C ou G Le séquençage de l'ADN consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné. La séquence d’ADN contient l’information nécessaire aux êtres vivants pour survivre et se reproduire. Déterminer cette séquence est donc utile aussi bien pour les recherches visant à savoir comment vivent les organismes que pour des sujets appliqués.
Sputum cultureA sputum culture is a test to detect and identify bacteria or fungi that infect the lungs or breathing passages. Sputum is a thick fluid produced in the lungs and in the adjacent airways. Normally, fresh morning sample is preferred for the bacteriological examination of sputum. A sample of sputum is collected in a sterile, wide-mouthed, dry, leak-proof and break-resistant plastic-container and sent to the laboratory for testing.
Sanger sequencingSanger sequencing is a method of DNA sequencing that involves electrophoresis and is based on the random incorporation of chain-terminating dideoxynucleotides by DNA polymerase during in vitro DNA replication. After first being developed by Frederick Sanger and colleagues in 1977, it became the most widely used sequencing method for approximately 40 years. It was first commercialized by Applied Biosystems in 1986. More recently, higher volume Sanger sequencing has been replaced by next generation sequencing methods, especially for large-scale, automated genome analyses.
Pathogenic bacteriaPathogenic bacteria are bacteria that can cause disease. This article focuses on the bacteria that are pathogenic to humans. Most species of bacteria are harmless and are often beneficial but others can cause infectious diseases. The number of these pathogenic species in humans is estimated to be fewer than a hundred. By contrast, several thousand species are part of the gut flora present in the digestive tract.
Staphylococcus aureus résistant à la méticillinevignette|Souche de SARM, en microscopie électronique vignette|Microscopie électronique, colorée vignette|Rupture d'un kyste infecté par une souche SARM vignette|Image de microscopie électronique à balayage (fausses couleur) de quatre staphylocoques aureus résistants à la méticilline en train de se faire ingérer par un globule blanc (neutrophile) Le Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) ou, en Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) est un Staphylococcus aureus (couramment appelé
Mycobacterium tuberculosisMycobacterium tuberculosis – aussi nommée bacille de Koch (BK) en référence à son découvreur Robert Koch – est une espèce de bacille de la famille des Mycobacteriaceae. Sa structure la rapproche des bactéries à Gram positif bien qu'en pratique la coloration de Gram soit difficilement réalisable sur elle. C'est l'espèce type du genre Mycobacterium et l'agent infectieux responsable de la tuberculose humaine. La découverte de M.
Bronchopneumopathie chronique obstructiveLa , abrégée BPCO, est un groupe de maladies chroniques systémiques respiratoires, affectant souvent les bronches puis les poumons. Au Canada, la maladie est aussi appelée (MPOC). Sa prévalence est difficile à estimer à cause du sous-diagnostic, mais elle constitue la troisième cause de décès dans le monde avec de décès en 2019, touchant pour 80 % des pays peu ou moyennement développés. En France, cette pathologie aurait fortement augmenté depuis quelques décennies (probablement pour partie en lien avec le vieillissement de la population, le tabagisme et la pollution de l'air).
Poumonthumb|upright=2|Poumons humains : Le est un organe intrathoracique pair de l'appareil respiratoire, permettant l'échange des gaz vitaux, notamment l'oxygène et le dioxyde de carbone. L'oxygène est nécessaire au métabolisme de l'organisme, et le dioxyde de carbone doit être évacué. Cet organe est apparus sur des espèces marines il y a au moins 420 millions d’années. Chez l'homme, le poumon droit pèse environ 650 grammes tandis que le poumon gauche pèse 550 grammes environ.
Exome sequencingExome sequencing, also known as whole exome sequencing (WES), is a genomic technique for sequencing all of the protein-coding regions of genes in a genome (known as the exome). It consists of two steps: the first step is to select only the subset of DNA that encodes proteins. These regions are known as exons—humans have about 180,000 exons, constituting about 1% of the human genome, or approximately 30 million base pairs. The second step is to sequence the exonic DNA using any high-throughput DNA sequencing technology.
Infection tuberculeuse latenteL'infection tuberculeuse latente ou ITL, est la forme asymptomatique de portage de tuberculose, sans traduction clinique ou en l'ITL n'est pas contagieuse. On estime qu'un quart de la population mondiale est infecté, et que seulement 5 à 15% des personnes infectée non immunodéprimés développement la tuberculose maladie à partie de l'ILA. Dans 80% des cas la développent de l'affection se fait dans les deux ans qui suivent l'infection. Certains sujets ont un risque supérieur de progression.
