Publication

A WebGIS application for the monitoring of Farm Animal Genetic Resources

2014
Talks

Résumé

We developed used a WebGIS platform prototype (GenMon) based on open source software (PostgreSQL, PostGIS, OpenLayers, Geoserver), to assess pedigree information, geographical concentration, socio-economic and environmental information. GenMon includes PopRep developed by the Institute of Farm Animal Genetics (FLI, Germany) to run the pedigree analysis and to provide parameters such as inbreeding coefficient, effective population size. In parallel, the combined socio-economic/environmental index assesses the attractiveness and the risk of potential future agricultural practice abandonment in the regions where populations are bred. Finally, a multi-criteria decision support tool aggregates criteria using the MACBETH method, which is based on a weighted average using satisfaction thresholds. The system permits to upload basic information for each animal (parents, birth date, sex, location, introgression) and to choose relevant weighting parameters and thresholds.

Source officielle

https://infoscience.epfl.ch/entities/publication/d7431eb4-8749-465a-9c18-5b3278e97e92

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Concepts associés (32)

Effective population size

The effective population size (Ne) is a number that, in some simplified scenarios, corresponds to the number of breeding individuals in the population. More generally, Ne is the number of individuals that an idealised population would need to have in order for some specified quantity of interest (typically change of genetic diversity or inbreeding rates) to be the same as in the real population. Idealised populations are based on unrealistic but convenient simplifications such as random mating, simultaneous birth of each new generation, constant population size, and equal numbers of children per parent.

Population size

In population genetics and population ecology, population size (usually denoted N) is a countable quantity representing the number of individual organisms in a population. Population size is directly associated with amount of genetic drift, and is the underlying cause of effects like population bottlenecks and the founder effect. Genetic drift is the major source of decrease of genetic diversity within populations which drives fixation and can potentially lead to speciation events.

Population de petite taille

Une population de petite taille se comporte différemment des grandes populations. Ce type de population est souvent le résultat d'un goulet d'étranglement, qui a des conséquences dramatiques pour la survie de cette population. L'influence de la variation stochastique des taux démographiques (taux de reproduction et de mortalité) est beaucoup plus élevée dans les petites populations que dans les grandes. Cette variation stochastique cause une fluctuation aléatoire de la taille des petites populations : plus la population est petite, plus la probabilité que ces fluctuations conduisent à l'extinction est grande.

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Solidipes, a dataset curation tool

Generating antimicrobial peptides via genomic transfer learning

eFEL: Electrophysiology Feature Extraction Library