Publication

Spontaneous Vesicle Self-Assembly: A Mesoscopic View of Membrane Dynamics

2012
Journal Articles

Résumé

Amphiphilic vesicles are ubiquitous in living cells and industrially interesting as drug delivery vehicles. Vesicle self-assembly proceeds rapidly from nanometer to micrometer length scales and is too fast to image experimentally but too slow for molecular dynamics simulations. Here, we use parallel dissipative particle dynamics (DPD) to follow spontaneous vesicle self-assembly for up to 445 μs with near-molecular resolution. The mean mass and radius of gyration of growing amphi- philic clusters obey power laws with exponents of 0.85 ( 0.03 and 0.41 ( 0.02, respectively. We show that DPD provides a computational window onto fluid dynam- ics on scales unreachable by other explicit-solvent simulations.

Source officielle

https://infoscience.epfl.ch/entities/publication/d2a5df92-9011-4a75-8d33-0fb701a0658e

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Dynamique moléculaire

La dynamique moléculaire est une technique de simulation numérique permettant de modéliser l'évolution d'un système de particules au cours du temps. Elle est particulièrement utilisée en sciences des matériaux et pour l'étude des molécules organiques, des protéines, de la matière molle et des macromolécules. En pratique, la dynamique moléculaire consiste à simuler le mouvement d'un ensemble de quelques dizaines à quelques milliers de particules dans un certain environnement (température, pression, champ électromagnétique, conditions aux limites.

Microgoutte

A protocell (or protobiont) is a self-organized, endogenously ordered, spherical collection of lipids proposed as a stepping stone toward the origin of life. A central question in evolution is how simple protocells first arose and how they could differ in reproductive output, thus enabling the accumulation of novel biological emergences over time, i.e. biological evolution. Although a functional protocell has not yet been achieved in a laboratory setting, the goal to understand the process appears well within reach.

Modélisation moléculaire

thumb|Animation d'un modèle compact d'ADN en forme B|327x327px|alt=Modèle de l'ADN en forme B La modélisation moléculaire est un ensemble de techniques pour modéliser ou simuler le comportement de molécules. Elle est utilisée pour reconstruire la structure tridimensionnelle de molécules, en particulier en biologie structurale, à partir de données expérimentales comme la cristallographie aux rayons X. Elle permet aussi de simuler le comportement dynamique des molécules et leur mouvements internes.

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