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Publication

Supplementary dataset for Enzyme promiscuous profiles for protein sequence and reaction annotation

Vassily Hatzimanikatis, Ljubisa Miskovic, Anastasia Sveshnikova, Homa Mohammadi Peyhani
2023
Datasets

Résumé

The data and scripts used to produce, analyze, and visualize the results of the manuscript Enzyme promiscuous profiles for protein sequence and reaction annotation by Homa MohammadiPeyhani, Anastasia Sveshnikova, Ljubisa Miskovic, and Vassily Hatzimanikatis. The detailed description of the datafiles and scripts is provided in the accompanying README.rtf file.

Source officielle

https://infoscience.epfl.ch/entities/publication/cd8c71e4-4a86-4b88-b74a-a73ddefbaf96

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Vassily Hatzimanikatis, Ljubisa Miskovic, Anastasia Sveshnikova, Homa Mohammadi Peyhani
2023
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Concepts associés (8)

Sequence analysis

In bioinformatics, sequence analysis is the process of subjecting a DNA, RNA or peptide sequence to any of a wide range of analytical methods to understand its features, function, structure, or evolution. Methodologies used include sequence alignment, searches against biological databases, and others. Since the development of methods of high-throughput production of gene and protein sequences, the rate of addition of new sequences to the databases increased very rapidly.

Modélisation de protéines par enfilage

La modélisation d'une protéine par enfilage ou modélisation par reconnaissance des repliements est une technique utilisée pour modéliser des protéines dont on souhaite qu'elles présentent les mêmes coudes que des structures de protéines connues, mais qui ne possèdent pas de protéines homologues recensées dans la banque de données sur les protéines (PDB). Elle s'oppose donc à la méthode de prédiction de structure basée sur la modélisation par homologie.

Structure primaire

vignette|Structure des protéines, en particulier la structure primaire En biochimie, la structure primaire d'une biomolécule non-ramifiée comme une protéine ou un brin d'ADN ou d'ARN, est la séquence de nucléotides ou d'acides aminés du début à la fin de la molécule. Autrement dit, la structure primaire représente l'exacte composition chimique et la séquence de ses sous-unités monomériques. La structure primaire d'un polymère biologique détermine largement sa forme tridimensionnelle, connue sous le nom de structure tertiaire.

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