Microbial loopThe microbial loop describes a trophic pathway where, in aquatic systems, dissolved organic carbon (DOC) is returned to higher trophic levels via its incorporation into bacterial biomass, and then coupled with the classic food chain formed by phytoplankton-zooplankton-nekton. In soil systems, the microbial loop refers to soil carbon. The term microbial loop was coined by Farooq Azam, Tom Fenchel et al. in 1983 to include the role played by bacteria in the carbon and nutrient cycles of the marine environment.
Phage displayL'exposition sur phage (ou présentation sur phage, termes traduisant l'anglais phage display) est une technique in vitro permettant d'étudier les interactions entre protéines, peptides et ADN grâce à des bactériophages. L'exposition sur phage a d'abord été décrite par George P. Smith en 1985, quand il a fait la démonstration de l'exposition de peptides à la surface d'un phage filamenteux, grâce à la fusion du gène codant un peptide d'intérêt avec le gène III du phage.
Temperateness (virology)In virology, temperate refers to the ability of some bacteriophages (notably coliphage λ) to display a lysogenic life cycle. Many (but not all) temperate phages can integrate their genomes into their host bacterium's chromosome, together becoming a lysogen as the phage genome becomes a prophage. A temperate phage is also able to undergo a productive, typically lytic life cycle, where the prophage is expressed, replicates the phage genome, and produces phage progeny, which then leave the bacterium.
Bacterial secretion systemBacterial secretion systems are protein complexes present on the cell membranes of bacteria for secretion of substances. Specifically, they are the cellular devices used by pathogenic bacteria to secrete their virulence factors (mainly of proteins) to invade the host cells. They can be classified into different types based on their specific structure, composition and activity. Generally, proteins can be secreted through two different processes.
Whole genome sequencingWhole genome sequencing (WGS), also known as full genome sequencing, complete genome sequencing, or entire genome sequencing, is the process of determining the entirety, or nearly the entirety, of the DNA sequence of an organism's genome at a single time. This entails sequencing all of an organism's chromosomal DNA as well as DNA contained in the mitochondria and, for plants, in the chloroplast. Whole genome sequencing has largely been used as a research tool, but was being introduced to clinics in 2014.
BeggiatoaBeggiatoa is a genus of Gammaproteobacteria belonging to the order Thiotrichales, in the Pseudomonadota phylum. This genus was one of the first bacteria discovered by Ukrainian botanist Sergei Winogradsky. During his research in Anton de Bary's laboratory of botany in 1887, he found that Beggiatoa oxidized hydrogen sulfide (H2S) as an energy source, forming intracellular sulfur droplets, oxygen is the terminal electron acceptor and CO2 is used as a carbon source.
GénomeLe génome (//), ou plus rarement génôme, est l'ensemble du matériel génétique d'une espèce codé dans son acide désoxyribonucléique (ADN), à l'exception de certains virus dont le génome est constitué d'acide ribonucléique (ARN). Il contient en particulier tous les gènes codant des protéines ou correspondant à des ARN structurés. Il se décompose donc en séquences codantes (transcrites en ARN messagers et traduites en protéines) et non codantes (non transcrites, ou transcrites en ARN, mais non traduites).
FiltrationLa filtration est un procédé de séparation permettant de séparer les constituants d'un mélange qui possède une phase liquide et une phase solide au travers d'un milieu poreux. L'utilisation d'un filtre permet de retenir les particules du mélange hétérogène qui sont plus grosses que les trous du filtre (porosité). Le liquide ayant subi la filtration est nommé filtrat ou perméat, tandis que la fraction retenue par le filtre est nommée résidu, rétentat ou gâteau.
Escherichia coliEscherichia coli, en abrégée E. coli, est une bactérie intestinale des organismes à sang chaud, Gram négatif, du genre Escherichia, en forme de bâtonnet. E. coli est une bactérie aero-anaerobie facultative, appartenant au groupe des colibacilles, très commune chez l'être humain. E. coli constitue, avec d'autres bactéries anaérobies facultatives, 0,1% du microbiote intestinal. Découverte en 1885, par le pédiatre et bactériologiste austro-allemand Theodor Escherich, dans des selles de chèvres, c'est un coliforme fécal généralement commensal.
Microbial biodegradationMicrobial biodegradation is the use of bioremediation and biotransformation methods to harness the naturally occurring ability of microbial xenobiotic metabolism to degrade, transform or accumulate environmental pollutants, including hydrocarbons (e.g. oil), polychlorinated biphenyls (PCBs), polyaromatic hydrocarbons (PAHs), heterocyclic compounds (such as pyridine or quinoline), pharmaceutical substances, radionuclides and metals.
Résilience (écologie)alt=|vignette|Colonisation d'un sol incendié par de jeunes plants de pins d’Alep, une espèce résiliente aux feux : ses cônes sérotineux s’ouvrent sous l’action de la chaleur libérant une grande quantité de graines. La résilience écologique est la capacité d'un système vivant (écosystème, biome, population, biosphère) à retrouver les structures et les fonctions de son état de référence après une perturbation. Une faible résilience peut conduire un système écologique, à changer profondément de structure et de fonctionnement après une perturbation.
Phage T4Le phage T4 (pour bactériophage T4) est un virus de la famille des Myoviridae et de l’ordre des Caudovirales qui s’attaque à la bactérie Escherichia coli (E. coli). Sa structure comporte trois grandes parties : la capside contenant l’ADN double brin, la queue permettant l’injection de cet ADN dans la bactérie infectée et les fibres caudales permettant l’attachement du phage sur la membrane de la bactérie.
