Publication

COBRAxy: Constraint-based metabolic modelling in Galaxy

2025

Résumé

Motivation Metabolic network modeling is essential for understanding metabolic shifts occurring in complex physio-pathological processes. Currently, constraint-based modeling frameworks for metabolic networks primarily rely on Python or MATLAB libraries, requiring some coding skills. In contrast, more user-friendly tools lack essential features such as flux sampling or transcriptomic data integration Results We introduce COBRAxy, a Python-based tool suite integrated into the Galaxy Project. COBRAxy enables constraint-based modeling and sampling techniques, allowing users to compute metabolic flux distributions for multiple biological samples. The tool also enables the integration of medium composition information to refine flux predictions. Additionally, COBRAxy provides a user-friendly interface for visualizing significant flux differences between populations on an enriched metabolic map. This extension provides a comprehensive and accessible framework for advanced metabolic analysis, enabling researchers without extensive programming expertise to explore complex metabolic processes. Availability COBRAxy is available in the Galaxy ToolShed https://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/bimib/cobraxy/9f78303dbd88

Source officielle

https://infoscience.epfl.ch/entities/publication/8d4ec08f-b7f2-49ca-a1ed-b814e6b59a04

À propos de ce résultat

Cette page est générée automatiquement et peut contenir des informations qui ne sont pas correctes, complètes, à jour ou pertinentes par rapport à votre recherche. Il en va de même pour toutes les autres pages de ce site. Veillez à vérifier les informations auprès des sources officielles de l'EPFL.

Graph Chat

Chattez avec Graph Search

Posez n’importe quelle question sur les cours, conférences, exercices, recherches, actualités, etc. de l’EPFL ou essayez les exemples de questions ci-dessous.

AVERTISSEMENT : Le chatbot Graph n'est pas programmé pour fournir des réponses explicites ou catégoriques à vos questions. Il transforme plutôt vos questions en demandes API qui sont distribuées aux différents services informatiques officiellement administrés par l'EPFL. Son but est uniquement de collecter et de recommander des références pertinentes à des contenus que vous pouvez explorer pour vous aider à répondre à vos questions.

2025

Résumé

Source officielle

https://infoscience.epfl.ch/entities/publication/8d4ec08f-b7f2-49ca-a1ed-b814e6b59a04

À propos de ce résultat

Concepts associés (32)

Biologie des systèmes

La biologie des systèmes (ou biologie intégrative) est un domaine récent de la biologie qui étudie les organismes vivants comme les systèmes qu'ils sont en réalité, par opposition aux approches historiques qui tendent à décomposer l'étude à tous les niveaux, en biologie, physiologie, biochimie... La biologie systémique cherche à intégrer différents niveaux d'informations pour comprendre comment fonctionne réellement un système biologique.

Interface utilisateur

L’interface utilisateur est un dispositif matériel ou logiciel qui permet à un usager d'interagir avec un produit informatique. C'est une interface informatique qui coordonne les interactions homme-machine, en permettant à l'usager humain de contrôler le produit et d'échanger des informations avec le produit. Parmi les exemples d’interface utilisateur figurent les aspects interactifs des systèmes d’exploitation informatiques, des logiciels informatiques, des smartphones et, dans le domaine du design industriel, les commandes des opérateurs de machines lourdes et les commandes de processus.

Interface graphique

thumb|Quelques widgets typiques. En informatique, une interface graphique (en anglais GUI pour graphical user interface) ou un environnement graphique est un dispositif de dialogue homme-machine, dans lequel les objets à manipuler sont dessinés sous forme de pictogrammes à l'écran, de sorte que l'usager peut les utiliser en imitant la manipulation physique de ces objets avec un dispositif de pointage, le plus souvent une souris. Ce type d'interface a été créé en 1973 sur le Xerox Alto par les ingénieurs du Xerox PARC pour remplacer les interfaces en ligne de commande.

Afficher plus

Publications associées (14)

Afficher plus

COBRAxy: Constraint-based metabolic modelling in Galaxy

Chattez avec Graph Search

Real-time reinforcement for human-machine interface control

Euclid Quick Data Release (Q1): XII. Quenching precedes bulge formation in dense environments but follows it in the field

The Lemanic Panel, a five-year monitoring of populations' lifestyles-focus on the first wave: recruitment phase, mobility survey and GPS tracking