Publication

A Single-organoid Workflow for quantitative Imaging classiFication and Tracking (SWIFT)

2026

Résumé

SWIFT (Single-organoid Workflow for quantitative Imaging classiFication and Tracking) is a fast and modular pipeline for quantitative, time-resolved organoid analysis from brightfield images. Requiring only minimal training annotations, SWIFT combines YOLOv8, SAM, and application-specific object classification to deliver accurate single-organoid segmentation, phenotyping, and tracking. The workflow is robust across organoid types and microscope systems. Applied to intestinal organoids, SWIFT uncovers dynamic Wnt-dependent morphological transitions, enabling scalable, high-throughput studies of epithelial plasticity.

Source officielle

https://infoscience.epfl.ch/entities/publication/7180ff15-5cdd-401f-ae3c-2dbf281a1b9b

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Concepts associés (19)

Workflow

Un workflow, flux de travaux ou encore flux opérationnel, est la représentation d'une suite de tâches ou d'opérations effectuées par une personne, un groupe de personnes, un organisme Le terme flow (« flux ») renvoie au passage du produit, du document, de l'information, d'une étape à l'autre. En France, le terme officiellement recommandé par la Commission d'enrichissement de la langue française est « flux de travaux ». Au Canada, le Grand Dictionnaire terminologique propose « flux de travaux » ou « flux des travaux ».

Moteur de workflow

Un moteur de workflow est un dispositif logiciel permettant d'exécuter des instances de workflow (l'enchaînement des activités décrit par la définition de processus de workflow). La WfMC introduit une nuance avec un système de gestion de workflow qui est un logiciel pouvant être constitué d'un ou plusieurs moteurs de workflow et dont le but est de créer, de gérer et d'exécuter des instances de workflow.

Scientific workflow system

A scientific workflow system is a specialized form of a workflow management system designed specifically to compose and execute a series of computational or data manipulation steps, or workflow, in a scientific application. Distributed scientists can collaborate on conducting large scale scientific experiments and knowledge discovery applications using distributed systems of computing resources, data sets, and devices. Scientific workflow systems play an important role in enabling this vision.

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