Fossilethumb|Squelette de baleine Miocène fossilisé in situ dans le désert d'Ica, Pérou. vignette|Fossile de Lethe corbieri, papillon de l'Oligocène de Provence, France. vignette|Ammonite fossilisée. vignette|Poisson (Coelodus costai) fossilisé exposé au musée d'histoire naturelle de Milan. vignette|Libellule () fossilisée. Un fossile (dérivé du substantif du verbe latin fodere : fossile, littéralement « qui est fouillé ») est la trace plus ou moins minéralisée d'un ancien organisme vivant ou de son activité passée, ou bien son simple moulage, conservés dans une roche sédimentaire.
PhylogénieLa phylogenèse ou phylogénie, du grec ancien , « tribu, famille, clan » et , « création », est l'étude des liens de parenté (relations phylogénétiques ou phylétiques) entre les êtres vivants et ceux qui ont disparu : entre individus (niveau généalogique ; seule une généalogie individuelle peut répondre à la question « qui est l'ancêtre de qui ? », tandis qu'une phylogénie de groupe peut répondre à la question « qui est le plus proche parent de qui ? ») ; entre populations (à l'intérieur d'une même espèce qu
Acidification des océansvignette|upright=1.7|Variation du pH à la surface des océans provoquée par le d'origine anthropique entre les années 1700 et les années 1990 vignette|upright=1.7|Effets : Réduction estimée de la concentration en ions carbonates () dans les eaux de surface entre les années 1700 et les années 1990 L'acidification des océans est la diminution progressive du pH des océans. Il a été estimé que de 1950 à 2021, le pH des eaux superficielles des océans a diminué, passant de 8,15 à 8,05 .
Arbre phylogénétiquevignette|upright=1.5|Arbre phylogénétique, basé sur le génome d'après Ciccarelli et al. (2006), mettant en évidence les trois domaines du vivant : les eucaryotes en rose (animaux, champignons, plantes et protistes), les bactéries en bleu, et les archées en vert. Un arbre phylogénétique est un arbre schématique qui montre les relations de parenté entre des groupes d'êtres vivants. Chacun des nœuds de l'arbre représente l'ancêtre commun de ses descendants ; le nom qu'il porte est celui du clade formé des groupes frères qui lui appartiennent, non celui de l'ancêtre qui reste impossible à déterminer.
Organisme (physiologie)thumb|Les bactéries Escherichia coli sont des organismes unicellulaires. Un organisme (du grec organon, « instrument »), ou organisme vivant, est, en biologie et en écologie, un système vivant complexe, organisé et est le produit de variations successives au cours de l'évolution. Il est constitué d'une ou plusieurs cellules vivantes (on parle alors, respectivement, d'organisme unicellulaire ou pluricellulaire). Les organismes vivants sont classifiés en espèces partageant des caractéristiques génétiques, biologiques et morphologiques communes.
Marine prokaryotesMarine prokaryotes are marine bacteria and marine archaea. They are defined by their habitat as prokaryotes that live in marine environments, that is, in the saltwater of seas or oceans or the brackish water of coastal estuaries. All cellular life forms can be divided into prokaryotes and eukaryotes. Eukaryotes are organisms whose cells have a nucleus enclosed within membranes, whereas prokaryotes are the organisms that do not have a nucleus enclosed within a membrane.
Marine invertebratesMarine invertebrates are the invertebrates that live in marine habitats. Invertebrate is a blanket term that includes all animals apart from the vertebrate members of the chordate phylum. Invertebrates lack a vertebral column, and some have evolved a shell or a hard exoskeleton. As on land and in the air, marine invertebrates have a large variety of body plans, and have been categorised into over 30 phyla. They make up most of the macroscopic life in the oceans.
Classification phylogénétiqueLa classification phylogénétique ou classification cladistique est une forme de classification des êtres vivants qui repose sur leur phylogénie. Elle prend son origine dans les travaux d'une école de taxonomie dite systématique phylogénétique ou systématique cladistique ou cladisme. Cette approche a pour objectif de rendre compte des relations de parenté entre les taxons, s’agissant seulement de l'apparentement, c'est-à-dire des relations de groupes frères et non des relations généalogiques d'ancêtres à descendants, entre des groupes d'organismes quel que soit leur rang taxonomique.
Computational phylogeneticsComputational phylogenetics is the application of computational algorithms, methods, and programs to phylogenetic analyses. The goal is to assemble a phylogenetic tree representing a hypothesis about the evolutionary ancestry of a set of genes, species, or other taxa. For example, these techniques have been used to explore the family tree of hominid species and the relationships between specific genes shared by many types of organisms.
Seuil de compensation des carbonatesLe seuil de compensation des carbonates, ou profondeur de compensation des carbonates, souvent abrégé CCD (de l'anglais Carbonates Compensation Depth) est une surface d'équilibre des mers et océans, utilisée notamment dans la reconstitution des conditions de milieux de dépôts. Elle correspond à la profondeur à laquelle la totalité du carbonate de calcium apporté depuis la surface est dissoute. Les carbonates, présents dans une grande majorité des roches sédimentaires et dans les coquilles des fossiles et microfossiles, sont en équilibre avec les autres paramètres physico-chimiques de l'eau de mer.
Phylogenetic comparative methodsPhylogenetic comparative methods (PCMs) use information on the historical relationships of lineages (phylogenies) to test evolutionary hypotheses. The comparative method has a long history in evolutionary biology; indeed, Charles Darwin used differences and similarities between species as a major source of evidence in The Origin of Species. However, the fact that closely related lineages share many traits and trait combinations as a result of the process of descent with modification means that lineages are not independent.
Phylogénétique moléculairevignette|Séquençage moléculaire La phylogénétique moléculaire est l'utilisation de séquences de macromolécules biologiques pour obtenir des informations sur l'histoire évolutive des organismes vivants, et notamment sur leurs liens de parenté (leur phylogénie). C'est un important outil d'étude parmi ceux de l'évolution moléculaire. Le produit d'une analyse de phylogénétique moléculaire est soit un arbre phylogénétique, soit un graphe du réseau phylogénétique.
